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万見
- PDB-5imx: Anaplastic lymphoma kinase (ALK) catalytic domain complexed with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5imx
タイトルAnaplastic lymphoma kinase (ALK) catalytic domain complexed with novel inhibitor 3-sulfonylpyrazol-4-amino pyrimidine
要素ALK tyrosine kinase receptor
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Kinase / inhibitor / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ASP-3026-resistant ALK mutants / NVP-TAE684-resistant ALK mutants / alectinib-resistant ALK mutants / brigatinib-resistant ALK mutants / ceritinib-resistant ALK mutants / crizotinib-resistant ALK mutants / lorlatinib-resistant ALK mutants / MDK and PTN in ALK signaling / receptor signaling protein tyrosine kinase activator activity / regulation of dopamine receptor signaling pathway ...ASP-3026-resistant ALK mutants / NVP-TAE684-resistant ALK mutants / alectinib-resistant ALK mutants / brigatinib-resistant ALK mutants / ceritinib-resistant ALK mutants / crizotinib-resistant ALK mutants / lorlatinib-resistant ALK mutants / MDK and PTN in ALK signaling / receptor signaling protein tyrosine kinase activator activity / regulation of dopamine receptor signaling pathway / response to environmental enrichment / ALK mutants bind TKIs / swimming behavior / positive regulation of dendrite development / regulation of neuron differentiation / Signaling by ALK / adult behavior / neuron development / negative regulation of lipid catabolic process / phosphorylation / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / energy homeostasis / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / hippocampus development / receptor protein-tyrosine kinase / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / heparin binding / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / regulation of cell population proliferation / protein tyrosine kinase activity / regulation of apoptotic process / protein autophosphorylation / receptor complex / signal transduction / protein-containing complex / extracellular exosome / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Glycine rich protein / MAM domain, meprin/A5/mu / MAM domain / MAM domain profile. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. / LDL receptor-like superfamily / : ...Glycine rich protein / MAM domain, meprin/A5/mu / MAM domain / MAM domain profile. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. / LDL receptor-like superfamily / : / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CZ4 / ALK tyrosine kinase receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.12 Å
データ登録者Wang, C. / Zhang, P. / Dong, J.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2016
タイトル: Design and synthesis of novel 3-sulfonylpyrazol-4-amino pyrimidines as potent anaplastic lymphoma kinase (ALK) inhibitors.
著者: Zhang, P. / Dong, J. / Zhong, B. / Zhang, D. / Yuan, H. / Jin, C. / Xu, X. / Li, H. / Zhou, Y. / Liang, Z. / Ji, M. / Xu, T. / Song, G. / Zhang, L. / Chen, G. / Meng, X. / Sun, D. / Shih, J. ...著者: Zhang, P. / Dong, J. / Zhong, B. / Zhang, D. / Yuan, H. / Jin, C. / Xu, X. / Li, H. / Zhou, Y. / Liang, Z. / Ji, M. / Xu, T. / Song, G. / Zhang, L. / Chen, G. / Meng, X. / Sun, D. / Shih, J. / Zhang, R. / Hou, G. / Wang, C. / Jin, Y. / Yang, Q.
履歴
登録2016年3月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALK tyrosine kinase receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4862
ポリマ－36,9091
非ポリマー5761
水54030
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area12370 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)51.698, 56.759, 104.556
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 ALK tyrosine kinase receptor / Anaplastic lymphoma kinase


分子量: 36909.355 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 1093-1411 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ALK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9UM73, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-CZ4 / 5-chloro-N~2~-{5-methyl-4-(1-methylpiperidin-4-yl)-2-[(propan-2-yl)oxy]phenyl}-N~4~-{1-methyl-3-[(propan-2-yl)sulfonyl]-1H-pyrazol-4-yl}pyrimidine-2,4-diamine


分子量: 576.154 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H38ClN7O3S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.81 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 18% PEG 3350, 0.1 M Tris-HCl, PH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.12→50 Å / Num. obs: 19144 / % possible obs: 88.8 % / 冗長度: 6.5 % / Net I/σ(I): 34.9
反射 シェル解像度: 2.12→2.15 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.515 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.12→46.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 5.303 / SU ML: 0.143 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.057 / ESU R Free: 0.047
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2593 816 5.1 %RANDOM
Rwork0.2105 ---
obs0.213 15084 87.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 134.88 Å2 / Biso mean: 48.517 Å2 / Biso min: 23.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--17.28 Å2-0 Å2-0 Å2
2---20.43 Å2-0 Å2
3---37.71 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.12→46.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2066 0 39 30 2135
Biso mean--49.11 41.24 -
残基数----266
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0192157
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022056
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.931.9952933
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.92134731
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6275262
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.56623.84691
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.23415348
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.211514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2325
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0212401
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0080.02480
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.0854.7811060
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.0784.7781059
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.9187.1321318
LS精密化 シェル解像度: 2.12→2.175 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.229 65 -
Rwork0.215 1241 -
all-1306 -
obs--99.39 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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