+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5imn | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of N299A/S303A Aspergillus terreus aristolochene synthase complexed with (1S,8S,9aR)-1,9a-dimethyl-8-(prop-1-en-2-yl)decahydroquinolizin-5-ium | ||||||
要素 | Aristolochene synthase | ||||||
キーワード | LYASE/LYASE INHIBITOR / Lyase / terpene cyclases / LYASE-LYASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 aristolochene synthase / aristolochene synthase activity / small molecule metabolic process / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Aspergillus terreus (カビ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.527 Å | ||||||
データ登録者 | Chen, M. / Christianson, D.W. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016 タイトル: Probing the Role of Active Site Water in the Sesquiterpene Cyclization Reaction Catalyzed by Aristolochene Synthase. 著者: Chen, M. / Chou, W.K. / Al-Lami, N. / Faraldos, J.A. / Allemann, R.K. / Cane, D.E. / Christianson, D.W. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5imn.cif.gz | 263.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb5imn.ent.gz | 212.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5imn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5imn_validation.pdf.gz | 496.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 5imn_full_validation.pdf.gz | 516.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5imn_validation.xml.gz | 47.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5imn_validation.cif.gz | 65.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/5imn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/5imn | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
3 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 36162.371 Da / 分子数: 4 / 変異: N299A, S303A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus terreus (カビ) / 遺伝子: Ari1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UR08, aristolochene synthase |
---|
-非ポリマー , 5種, 309分子
#2: 化合物 | ChemComp-POP / #3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 化合物 | ChemComp-GOL / | #5: 化合物 | ChemComp-JF1 / ( #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.63 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 200 mM NaCl, 100 mM HEPES (pH 7.5), 25% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.52→50 Å / Num. obs: 61282 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.8 % / Net I/σ(I): 14.8 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4KUX 解像度: 2.527→47.532 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.84
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.527→47.532 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|