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- PDB-5imi: Crystal structure of S303A Aspergillus terreus aristolochene synt... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5imi
タイトルCrystal structure of S303A Aspergillus terreus aristolochene synthase complexed with (1S,8S,9aR)-1,9a-dimethyl-8-(prop-1-en-2-yl)decahydroquinolizin-5-ium
要素Aristolochene synthase
キーワードLYASE/LYASE INHIBITOR / Lyase / terpene cyclases / LYASE-LYASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


aristolochene synthase / aristolochene synthase activity / isoprenoid biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Terpene cyclase-like 2 / Terpene synthase family 2, C-terminal metal binding / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Isoprenoid synthase domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-JF1 / PYROPHOSPHATE 2- / Aristolochene synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus terreus (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.462 Å
データ登録者Chen, M. / Christianson, D.W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM56838 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: Probing the Role of Active Site Water in the Sesquiterpene Cyclization Reaction Catalyzed by Aristolochene Synthase.
著者: Chen, M. / Chou, W.K. / Al-Lami, N. / Faraldos, J.A. / Allemann, R.K. / Cane, D.E. / Christianson, D.W.
履歴
登録2016年3月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月1日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aristolochene synthase
B: Aristolochene synthase
C: Aristolochene synthase
D: Aristolochene synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,74325
ポリマ－144,8224
非ポリマー1,92121
水10,845602
1
A: Aristolochene synthase
ヘテロ分子

B: Aristolochene synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,41713
ポリマ－72,4112
非ポリマー1,00711
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-y-1,x-y-1,z+1/31
Buried area3170 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area25020 Å2
2
C: Aristolochene synthase
ヘテロ分子

D: Aristolochene synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,32512
ポリマ－72,4112
非ポリマー91410
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_545y,x-1,-z1
Buried area3340 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area25110 Å2
3
B: Aristolochene synthase
D: Aristolochene synthase
ヘテロ分子

A: Aristolochene synthase
ヘテロ分子

C: Aristolochene synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,74325
ポリマ－144,8224
非ポリマー1,92121
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_544-x+y,-x-1,z-1/31
crystal symmetry operation4_655y+1,x,-z1
Buried area9460 Å2
ΔGint-137 kcal/mol
Surface area47170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.127, 124.127, 203.411
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Aristolochene synthase / AS / Sesquiterpene cyclase


分子量: 36205.395 Da / 分子数: 4 / 変異: S303A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus terreus (カビ) / 遺伝子: Ari1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UR08, aristolochene synthase

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非ポリマー , 5種, 623分子

#2: 化合物
ChemComp-POP / PYROPHOSPHATE 2-


分子量: 175.959 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O7P2
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-JF1 / (1S,5S,8S,9aR)-1,9a-dimethyl-8-(prop-1-en-2-yl)octahydro-2H-quinolizinium


分子量: 208.363 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H26N
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 602 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.62 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 200 mM ammonium acetate, 20% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.46→50 Å / Num. obs: 66366 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.9 % / Net I/σ(I): 19.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_1803精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4KUX

4kux


解像度: 2.462→47.521 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.88
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2505 2003 3.02 %
Rwork0.2122 --
obs0.2134 66303 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.462→47.521 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9857 0 114 602 10573
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00210210
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.58313845
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4993864
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0281520
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031769
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4616-2.52320.35271440.29324514X-RAY DIFFRACTION100
2.5232-2.59140.33321430.2764579X-RAY DIFFRACTION100
2.5914-2.66770.34881390.2784491X-RAY DIFFRACTION100
2.6677-2.75380.31861370.26294555X-RAY DIFFRACTION100
2.7538-2.85220.3261450.24624538X-RAY DIFFRACTION100
2.8522-2.96640.35371440.264569X-RAY DIFFRACTION100
2.9664-3.10130.27561410.25194549X-RAY DIFFRACTION100
3.1013-3.26480.27011430.24014589X-RAY DIFFRACTION100
3.2648-3.46930.27441390.23024550X-RAY DIFFRACTION100
3.4693-3.73710.25631410.22034592X-RAY DIFFRACTION100
3.7371-4.1130.22981410.18824636X-RAY DIFFRACTION100
4.113-4.70760.22241430.17734620X-RAY DIFFRACTION100
4.7076-5.92930.23251510.19434679X-RAY DIFFRACTION100
5.9293-47.52960.16291520.15954839X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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