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万見
- PDB-5imb: Crystal structure of peptidyl-tRNA hydrolase mutant-N14D from Vib... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5imb
タイトルCrystal structure of peptidyl-tRNA hydrolase mutant-N14D from Vibrio cholerae
要素Peptidyl-tRNA hydrolase
キーワードHYDROLASE / Peptidyl-tRNA hydrolase / N14D mutant / Vibrio cholerae
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidyl-tRNA hydrolase / peptidyl-tRNA hydrolase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / rescue of stalled ribosome / tRNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Peptidyl-tRNA hydrolase / Peptidyl-tRNA hydrolase signature 2. / Peptidyl-tRNA hydrolase signature 1. / Peptidyl-tRNA hydrolase / Peptidyl-tRNA hydrolase, conserved site / Peptidyl-tRNA hydrolase superfamily / Peptidyl-tRNA hydrolase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Peptidyl-tRNA hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961 (コレラ菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Shahid, S. / Kabra, A. / Pal, R.K. / Arora, A.
引用ジャーナル: RNA / 年: 2017
タイトル: Unraveling the stereochemical and dynamic aspects of the catalytic site of bacterial peptidyl-tRNA hydrolase.
著者: Kabra, A. / Shahid, S. / Pal, R.K. / Yadav, R. / Pulavarti, S.V. / Jain, A. / Tripathi, S. / Arora, A.
履歴
登録2016年3月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月12日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidyl-tRNA hydrolase
B: Peptidyl-tRNA hydrolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5222
ポリマ－43,5222
非ポリマー00
水50428
1
A: Peptidyl-tRNA hydrolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,7611
ポリマ－21,7611
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Peptidyl-tRNA hydrolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,7611
ポリマ－21,7611
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.617, 72.381, 123.852
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Peptidyl-tRNA hydrolase / PTH


分子量: 21761.152 Da / 分子数: 2 / 変異: N14D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961 (コレラ菌)
株: ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961 / 遺伝子: pth, VC_2184 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3)pLysS AG / 参照: UniProt: Q9KQ21, peptidyl-tRNA hydrolase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細TEV protease site was present cleaved in the purification process

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.78 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M Sodium citrate, 0.2M Ammonium acetate, 27.5% Polyethylene glycol 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年12月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 16047 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 5.7 % / Net I/σ(I): 28.26
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ZXP

4zxp


解像度: 2.4→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 24.081 / SU ML: 0.238 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.465 / ESU R Free: 0.285 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26188 804 5 %RANDOM
Rwork0.20011 ---
obs0.20299 15176 98.04 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 62.717 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.33 Å20 Å20 Å2
2--0.28 Å20 Å2
3----4.61 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.4→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2965 0 0 28 2993
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0193023
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022979
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0221.9744083
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.08936850
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.2695387
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.3424.453128
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.91215523
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7961516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2455
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0213435
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02669
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.4365.1351554
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.4265.1351553
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.0837.6931939
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.0837.6941940
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.7675.531469
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.7665.5321470
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.8118.1232144
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.35139.7553158
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.35139.7653159
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.402→2.464 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.364 53 -
Rwork0.343 913 -
obs--81.59 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4288-0.36940.14050.7171-0.15671.05860.03390.08650.05630.0305-0.0144-0.1159-0.0662-0.0353-0.01940.0406-0.00210.00850.14930.00170.0263-1.1039-5.2499-5.5013
20.55270.0831-0.16440.43390.32571.50910.0396-0.07940.0020.03790.0878-0.0710.02030.0891-0.12740.07260.0224-0.02760.1318-0.0490.0307-1.7652-1.889428.1453
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 196
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 197

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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