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万見
- PDB-5im8: Solution Structure of the Microtubule-Targeting COS Domain of MID1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5im8
タイトルSolution Structure of the Microtubule-Targeting COS Domain of MID1
要素E3 ubiquitin-protein ligase Midline-1
キーワードLIGASE / helix-loop-helix / microtubules / spectrin
機能・相同性
機能・相同性情報


protein localization to microtubule / positive regulation of stress-activated MAPK cascade / pattern specification process / negative regulation of microtubule depolymerization / microtubule associated complex / centriolar satellite / regulation of microtubule cytoskeleton organization / phosphoprotein binding / RING-type E3 ubiquitin transferase / microtubule cytoskeleton organization ...protein localization to microtubule / positive regulation of stress-activated MAPK cascade / pattern specification process / negative regulation of microtubule depolymerization / microtubule associated complex / centriolar satellite / regulation of microtubule cytoskeleton organization / phosphoprotein binding / RING-type E3 ubiquitin transferase / microtubule cytoskeleton organization / spindle / Interferon gamma signaling / transferase activity / microtubule binding / microtubule / ubiquitin protein ligase binding / Golgi apparatus / enzyme binding / protein homodimerization activity / zinc ion binding / identical protein binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Midline-1 / : / Midline-1, COS domain / TRIM C-terminal subgroup One Signature domain / COS domain / COS domain profile. / B-box, C-terminal / B-Box C-terminal domain / Zinc finger, RING-type, eukaryotic / RING-type zinc-finger ...Midline-1 / : / Midline-1, COS domain / TRIM C-terminal subgroup One Signature domain / COS domain / COS domain profile. / B-box, C-terminal / B-Box C-terminal domain / Zinc finger, RING-type, eukaryotic / RING-type zinc-finger / Butyrophylin-like, SPRY domain / B-box zinc finger / B-Box-type zinc finger / B-box-type zinc finger / Zinc finger B-box type profile. / SPRY domain / B30.2/SPRY domain / B30.2/SPRY domain profile. / SPRY domain / B30.2/SPRY domain superfamily / Domain in SPla and the RYanodine Receptor. / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase Midline-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Wright, K.M. / Du, H. / Dagnachew, M. / Massiah, M.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)1052520, MAM 米国
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2016
タイトル: Solution structure of the microtubule-targeting COS domain of MID1.
著者: Wright, K.M. / Du, H. / Dagnachew, M. / Massiah, M.A.
履歴
登録2016年3月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月31日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / Structure summary / カテゴリ: entity / pdbx_audit_support
Item: _entity.pdbx_number_of_molecules / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年11月27日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_nmr_software
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42021年11月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.52023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.62024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase Midline-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,7561
ポリマ－7,7561
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 60target function
代表モデルモデル #1target function

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要素

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase Midline-1 / Midin / Putative transcription factor XPRF / RING finger protein 59 / RING finger protein Midline-1 ...Midin / Putative transcription factor XPRF / RING finger protein 59 / RING finger protein Midline-1 / Tripartite motif-containing protein 18


分子量: 7755.716 Da / 分子数: 1 / 断片: COS Domain (UNP residues 320-379) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MID1, FXY, RNF59, TRIM18, XPRF
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: O15344, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic13D HN(CA)CB
121isotropic13D HNCO
131isotropic13D 1H-15N NOESY
141isotropic13D 1H-13C NOESY
161isotropic13D (H)CCH-TOCSY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 50 mM TRIS, 10 mM beta-mercaptoethanol, 0.2 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O
Label: MID1 COS Domain / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
50 mMTRISnatural abundance1
10 mMbeta-mercaptoethanolnatural abundance1
0.2 %sodium azidenatural abundance1
試料状態イオン強度: 0 mM / Label: Conditions_1 / pH: 7.8 / 圧: 1 atm / 温度: 37 C

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Agilent Direct Drive / 製造業者: Agilent / モデル: Direct Drive / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardpeak picking
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 60 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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