PDB-5im1: Tobacco 5-epi-aristolochene synthase without buffer molecule in t...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5im1

タイトル

Tobacco 5-epi-aristolochene synthase without buffer molecule in the active site

要素

5-epi-aristolochene synthase

キーワード

LYASE / terpene synthase / TEAS / MOPSO

機能・相同性

機能・相同性情報

5-epiaristolochene synthase / 5-epi-aristolochene synthase activity / sesquiterpene biosynthetic process / diterpenoid biosynthetic process / terpene synthase activity / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Nicotiana tabacum (タバコ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.88 Å

データ登録者

Koo, H.J. / Louie, G.V. / Xu, Y. / Bowman, M. / Noel, J.P.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Small-molecule buffer components can directly affect terpene-synthase activity by interacting with the substrate-binding site of the enzyme
著者: Koo, H.J. / Louie, G.V. / Xu, Y. / Bowman, M. / Noel, J.P.

履歴

登録	2016年3月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年3月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5im1.cif.gz	240.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5im1.ent.gz	193.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5im1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5im1_validation.pdf.gz	420.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5im1_full_validation.pdf.gz	425 KB	表示
XML形式データ	5im1_validation.xml.gz	23.2 KB	表示
CIF形式データ	5im1_validation.cif.gz	34.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/5im1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/5im1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5il3C 5il8C 5ildC 5ilhC 5iliC 5iljC 5ilkC 5ilyC 5ilzC 5eatS 5ik0 5ik6 5ik9 5ika 5ikh C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5ild-d 5ika-d 5dhk-d 4rnq-d 3lz9-d 5ilk-d 3g4f-1 5ik0-d 5ilj-d 4di5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (8) #96 - 2007年12月酸化スクアレン環化酵素 (Oxidosqualene Cyclase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 5-epi-aristolochene synthase

63.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	127.770, 127.770, 125.240
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-919- HOH
2	1	A-946- HOH

#1: タンパク質	5-epi-aristolochene synthase / EAS 分子量: 63201.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nicotiana tabacum (タバコ) / 遺伝子: EAS3, EAS4 / プラスミド: pH9GW / 詳細 (発現宿主): pET28 derived Gateway vector / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q40577, 5-epiaristolochene synthase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 360 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

5-epi-aristolochene synthase / EAS

分子量: 63201.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Nicotiana tabacum (タバコ) / 遺伝子: EAS3, EAS4 / プラスミド: pH9GW / 詳細 (発現宿主): pET28 derived Gateway vector / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q40577, 5-epiaristolochene synthase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 360 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.65 %
結晶化	温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: Crystal reservoir solution:100 mM MOPSO, pH 7, 100 mM Mg Acetate, 10% PEG 8000,Soaked in 200 mM Sodium maleate (pH 7) added reservoir.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月20日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.88→45.17 Å / Num. obs: 55532 / % possible obs: 65.78 % / 冗長度: 5 % / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.09851 / Net I/σ(I): 10.16
反射シェル	解像度: 1.88→1.947 Å / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.5142 / Mean I/σ(I) obs: 1.87 / % possible all: 52.76

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5EAT

5eat

解像度: 1.88→45.17 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.77

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1952	2752	4.96 %
R_work	0.1681	-	-
obs	0.1695	55526	65.77 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.88→45.17 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4349	0	0	360	4709

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	4461
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.949	6055
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.202	1650
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.035	683
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	769

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.88-1.9124	0.3159	103	0.2982	2084	X-RAY DIFFRACTION	53
1.9124-1.9472	0.278	116	0.2522	2065	X-RAY DIFFRACTION	53
1.9472-1.9847	0.275	91	0.2223	2102	X-RAY DIFFRACTION	52
1.9847-2.0252	0.2107	100	0.1966	2055	X-RAY DIFFRACTION	52
2.0252-2.0692	0.2596	110	0.1866	2020	X-RAY DIFFRACTION	51
2.0692-2.1173	0.2137	104	0.1844	2019	X-RAY DIFFRACTION	51
2.1173-2.1703	0.2037	102	0.1846	2009	X-RAY DIFFRACTION	50
2.1703-2.229	0.2166	96	0.1726	1977	X-RAY DIFFRACTION	50
2.229-2.2946	0.1872	98	0.1658	1966	X-RAY DIFFRACTION	49
2.2946-2.3686	0.2172	100	0.1737	2105	X-RAY DIFFRACTION	53
2.3686-2.4533	0.2225	128	0.1826	2615	X-RAY DIFFRACTION	65
2.4533-2.5515	0.1852	157	0.1854	2562	X-RAY DIFFRACTION	65
2.5515-2.6676	0.203	145	0.195	2550	X-RAY DIFFRACTION	64
2.6676-2.8082	0.2013	125	0.1808	2530	X-RAY DIFFRACTION	63
2.8082-2.9841	0.2139	172	0.1843	2868	X-RAY DIFFRACTION	72
2.9841-3.2145	0.2105	166	0.1742	3340	X-RAY DIFFRACTION	83
3.2145-3.5378	0.1931	177	0.1621	3393	X-RAY DIFFRACTION	84
3.5378-4.0495	0.1672	215	0.1462	4079	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0495-5.1008	0.1614	222	0.1317	4121	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1008-45.1865	0.2075	225	0.1777	4314	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6189	0.2896	-0.1459	3.5552	0.3243	1.1944	0.0013	-0.2126	-0.1239	0.3237	0.0132	0.3761	0.0981	-0.126	-0.0226	0.318	-0.0417	0.0169	0.1744	-0.0219	0.1817	33.149	56.2734	24.1522
2	5.1155	-0.3158	-3.3528	3.9358	3.3568	7.9325	0.0266	-0.2651	-0.1367	0.0639	0.3794	-1.0231	-0.1041	0.8653	-0.3815	0.1998	0.0104	-0.0817	0.2401	-0.1099	0.3186	58.1701	64.5885	16.5518
3	2.7939	-0.8224	-0.9611	1.4384	0.3286	1.7558	-0.0617	0.2346	-0.0173	-0.1122	0.0391	-0.1862	0.0106	-0.0005	-0.0139	0.181	-0.0199	-0.0022	0.1726	-0.0547	0.1373	44.9694	60.3734	9.4896
4	1.9151	0.3402	0.259	3.7551	0.3767	0.656	-0.0365	-0.1449	0.3236	-0.0242	-0.1112	1.156	-0.0061	-0.2868	0.0649	0.2026	-0.0187	0.0143	0.236	-0.0824	0.4239	19.0052	67.0288	20.496
5	1.5453	0.476	0.0197	3.3199	-0.1905	1.2473	0.0347	-0.243	0.4976	0.2362	-0.0704	1.3226	-0.2194	-0.298	0.0368	0.2646	0.0662	0.062	0.2722	-0.1542	0.7889	17.693	87.6919	23.5564
6	2.4256	0.3345	-0.2811	4.454	-0.3819	2.0783	0.0696	0.0497	0.3995	-0.3258	-0.0364	0.3592	-0.2017	-0.0787	-0.0142	0.2226	0.0106	-0.032	0.1381	-0.0755	0.2631	35.355	81.5882	16.8427
7	4.0149	1.7242	-0.4655	8.837	-1.194	3.5196	-0.1583	0.5546	0.1475	-1.1284	0.1035	0.7999	-0.2298	-0.0693	0.0311	0.4135	-0.025	-0.1231	0.3192	-0.1033	0.3141	24.6905	64.3947	8.5305

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 13 through 97 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 98 through 143 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 144 through 222 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 223 through 306 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 307 through 412 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 413 through 519 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 520 through 548 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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