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- PDB-5im1: Tobacco 5-epi-aristolochene synthase without buffer molecule in t... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5im1 | ||||||
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Title | Tobacco 5-epi-aristolochene synthase without buffer molecule in the active site | ||||||
![]() | 5-epi-aristolochene synthase | ||||||
![]() | LYASE / terpene synthase / TEAS / MOPSO | ||||||
Function / homology | ![]() (+)-2-epi-prezizaene synthase / (-)-alpha-cedrene synthase / 5-epiaristolochene synthase / 5-epi-aristolochene synthase activity / sesquiterpene biosynthetic process / diterpenoid biosynthetic process / terpene synthase activity / magnesium ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Koo, H.J. / Louie, G.V. / Xu, Y. / Bowman, M. / Noel, J.P. | ||||||
![]() | ![]() Title: Small-molecule buffer components can directly affect terpene-synthase activity by interacting with the substrate-binding site of the enzyme Authors: Koo, H.J. / Louie, G.V. / Xu, Y. / Bowman, M. / Noel, J.P. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 240.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 193.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 5il3C ![]() 5il8C ![]() 5ildC ![]() 5ilhC ![]() 5iliC ![]() 5iljC ![]() 5ilkC ![]() 5ilyC ![]() 5ilzC ![]() 5eatS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 63201.703 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.05 Å3/Da / Density % sol: 69.65 % |
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Crystal grow | Temperature: 278 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: Crystal reservoir solution:100 mM MOPSO, pH 7, 100 mM Mg Acetate, 10% PEG 8000,Soaked in 200 mM Sodium maleate (pH 7) added reservoir. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Apr 20, 2013 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: double crystal si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.88→45.17 Å / Num. obs: 55532 / % possible obs: 65.78 % / Redundancy: 5 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.09851 / Net I/σ(I): 10.16 |
Reflection shell | Resolution: 1.88→1.947 Å / Redundancy: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.5142 / Mean I/σ(I) obs: 1.87 / % possible all: 52.76 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5EAT Resolution: 1.88→45.17 Å / SU ML: 0.2 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 21.77
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.88→45.17 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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