PDB-5ilz: Tobacco 5-epi-aristolochene synthase with BIS-TRIS propane (BTP) ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ilz

タイトル

Tobacco 5-epi-aristolochene synthase with BIS-TRIS propane (BTP) buffer molecule

要素

5-epi-aristolochene synthase

キーワード

LYASE / terpene synthase / TEAS / BIS-TRIS propane / BTP

機能・相同性

機能・相同性情報

(+)-2-epi-prezizaene synthase / (-)-alpha-cedrene synthase / 5-epiaristolochene synthase / 5-epi-aristolochene synthase activity / sesquiterpene biosynthetic process / diterpenoid biosynthetic process / terpene synthase activity / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Nicotiana tabacum (タバコ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.92 Å

データ登録者

Koo, H.J. / Louie, G.V. / Xu, Y. / Bowman, M. / Noel, J.P.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Small-molecule buffer components can directly affect terpene-synthase activity by interacting with the substrate-binding site of the enzyme
著者: Koo, H.J. / Louie, G.V. / Xu, Y. / Bowman, M. / Noel, J.P.

履歴

登録	2016年3月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年3月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ilz.cif.gz	246.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ilz.ent.gz	197.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ilz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/il/5ilz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/il/5ilz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5il3C 5il8C 5ildC 5ilhC 5iliC 5iljC 5ilkC 5ilyC 5im1SC 5ik0 5ik6 5ik9 5ika 5ikh C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5il8-d 5ili-d 3m01-d 3m02-d 4di5-d 5dhi-d 1hxa-d 5ik0-d 3lz9-d 5dhk-d 1hxg-d 3m00-d 5ik6-d 3g4d-2 5eas-d 5ik9-d 5eat-d 5ilk-d 5ilj-d 5eau-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (8) #96 - 2007年12月酸化スクアレン環化酵素 (Oxidosqualene Cyclase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 5-epi-aristolochene synthase

ヘテロ分子

63.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	125.030, 125.030, 117.540
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-735- HOH
2	1	A-889- HOH
3	1	A-1198- HOH
4	1	A-1225- HOH

#1: タンパク質	5-epi-aristolochene synthase / EAS 分子量: 63201.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nicotiana tabacum (タバコ) / 遺伝子: EAS3, EAS4 / プラスミド: pH9GW / 詳細 (発現宿主): pET28 derived Gateway vector / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q40577, 5-epiaristolochene synthase
#2: 化合物	ChemComp-B3P / 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / 2,2′-(トリメチレンビスイミノ)ビス[2-(ヒドロキシメチル)プロパン-1,3-ジオ-ル] 分子量: 282.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₂₆N₂O₆ / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 564 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.23 %
結晶化	温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 100 mM BTP, pH 7, 75 mM Li Citrate, 12% PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月17日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.92→41.38 Å / Num. obs: 71347 / % possible obs: 99.89 % / 冗長度: 11.4 % / CC_1/2: 0.949 / R_merge(I) obs: 0.4594 / Net I/σ(I): 4.62
反射シェル	解像度: 1.92→1.989 Å / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 1.406 / Mean I/σ(I) obs: 0.69 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5IM1

5im1

解像度: 1.92→41.375 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.84

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2159	1934	2.79 %
R_work	0.1829	-	-
obs	0.1838	69385	97.15 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.92→41.375 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4349	0	19	564	4932

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	4475
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.093	6071
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.831	1659
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.09	684
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	768

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.92-1.968	0.3367	108	0.2998	4096	X-RAY DIFFRACTION	84
1.968-2.0212	0.3061	116	0.2809	4312	X-RAY DIFFRACTION	88
2.0212-2.0807	0.3274	129	0.2485	4551	X-RAY DIFFRACTION	93
2.0807-2.1479	0.2308	142	0.2245	4738	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1479-2.2246	0.2681	143	0.2156	4816	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2246-2.3137	0.2445	143	0.2104	4905	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3137-2.419	0.2388	137	0.1974	4919	X-RAY DIFFRACTION	100
2.419-2.5465	0.2463	141	0.1961	4914	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5465-2.706	0.2484	150	0.1882	4922	X-RAY DIFFRACTION	100
2.706-2.9149	0.2129	136	0.1811	4964	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9149-3.2082	0.2099	146	0.1789	4960	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2082-3.6721	0.1826	139	0.1636	5021	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6721-4.6255	0.1769	149	0.1419	5051	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6255-41.3851	0.177	155	0.1586	5282	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1549	-0.3922	0.0783	2.0809	0.2046	1.3514	-0.0957	-0.1382	-0.1369	0.2483	0.0399	0.1148	0.1392	-0.1052	0.0382	0.2817	-0.0226	0.0126	0.1413	-0.0507	0.1499	31.6506	55.5334	23.2957
2	4.9811	-0.1943	-2.1287	2.7587	2.9243	3.8446	-0.0761	-0.0685	0.1474	0.0565	0.5401	-0.5402	0.0503	0.8459	-0.2946	0.1714	0.0064	-0.0503	0.3123	-0.1253	0.2835	56.5715	63.2902	16.2839
3	1.7203	0.0628	-0.8805	1.5583	0.5239	2.0251	-0.0411	0.1224	-0.1152	-0.0613	0.0861	-0.1545	0.0412	0.1557	-0.045	0.112	0.0042	0.0044	0.1427	-0.0502	0.1697	43.7158	59.0513	9.0771
4	1.2868	-1.2416	-0.036	4.1443	0.0706	0.694	0.103	0.0629	-0.0976	-0.2239	-0.1264	0.5744	0.0599	-0.2224	0.0112	0.1805	-0.0283	0.0242	0.1824	-0.068	0.2589	17.9373	66.1386	18.8022
5	1.3091	0.475	-0.4382	1.9621	-0.6834	1.5666	0.0017	-0.0266	0.3039	0.111	0.1195	0.4676	-0.2085	-0.3078	-0.1069	0.2562	0.0575	0.0766	0.1754	-0.0427	0.3753	15.9333	87.6261	20.6604
6	3.1957	0.7486	-2.0111	3.2735	-0.1952	6.1495	-0.0328	0.0002	0.2582	-0.13	-0.0544	0.2157	-0.2382	-0.1518	0.0704	0.1577	0.0144	0.0184	0.0567	-0.0815	0.2652	29.6793	80.1095	19.9631
7	2.4556	-0.7246	0.01	5.7292	-2.4567	6.0827	0.3458	0.6211	0.3417	-0.9773	-0.1851	0.0891	-0.1789	0.0206	-0.05	0.3888	0.0217	0.0365	0.2328	0.0122	0.2581	37.7992	85.2779	6.364
8	3.2346	2.0735	1.2392	3.6432	1.8244	2.399	-0.1555	0.3308	0.0594	-0.4461	0.0837	0.2239	-0.2537	0.014	0.0977	0.2039	0.0175	-0.0045	0.1514	-0.0509	0.1786	28.9103	66.7622	14.4069

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 13 through 97 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 98 through 143 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 144 through 222 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 223 through 306 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 307 through 402 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 403 through 454 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 455 through 495 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 496 through 548 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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