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- PDB-5ily: Tobacco 5-epi-aristolochene synthase with BIS-TRIS buffer molecul... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ily
タイトルTobacco 5-epi-aristolochene synthase with BIS-TRIS buffer molecule and diphosphate (PPi)
要素5-epi-aristolochene synthase
キーワードLYASE / terpene synthase / TEAS / BIS-TRIS / diphosphate
機能・相同性
機能・相同性情報


(+)-2-epi-prezizaene synthase / (-)-alpha-cedrene synthase / 5-epiaristolochene synthase / 5-epi-aristolochene synthase activity / sesquiterpene biosynthetic process / diterpenoid biosynthetic process / terpene synthase activity / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Terpene synthase, N-terminal domain / Terpene synthase, metal-binding domain / Terpene cyclases, class 1, plant / Terpene synthase family, metal binding domain / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpene synthase, N-terminal domain superfamily / Terpene synthase, N-terminal domain / : / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Farnesyl Diphosphate Synthase ...Terpene synthase, N-terminal domain / Terpene synthase, metal-binding domain / Terpene cyclases, class 1, plant / Terpene synthase family, metal binding domain / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpene synthase, N-terminal domain superfamily / Terpene synthase, N-terminal domain / : / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / Isoprenoid synthase domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DIPHOSPHATE / 5-epi-aristolochene synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Nicotiana tabacum (タバコ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Koo, H.J. / Louie, G.V. / Xu, Y. / Bowman, M. / Noel, J.P.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Small-molecule buffer components can directly affect terpene-synthase activity by interacting with the substrate-binding site of the enzyme
著者: Koo, H.J. / Louie, G.V. / Xu, Y. / Bowman, M. / Noel, J.P.
履歴
登録2016年3月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5-epi-aristolochene synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,6586
ポリマ－63,2021
非ポリマー4565
水1,15364
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.740, 126.740, 124.760
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-764-

HOH

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要素

#1: タンパク質 5-epi-aristolochene synthase / EAS


分子量: 63201.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nicotiana tabacum (タバコ) / 遺伝子: EAS3, EAS4 / プラスミド: pH9GW / 詳細 (発現宿主): pET28 derived Gateway vector / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q40577, 5-epiaristolochene synthase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス


分子量: 209.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H19NO5 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-DPO / DIPHOSPHATE / ジホスファ-ト


分子量: 173.943 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O7P2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.04 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Crystallizion reserior:100 mM MOPSO, pH 7, 300 mM Mg Acetate, 13% PEG 8000,Soaked in 50 mM MOPSO (pH 7), 110 mM Mg Acetate, 10% PEG 8000, 10 mM BIS-TRIS (pH 6.5), 1 mM inorganic diphosphate (PPi)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月19日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→51.2 Å / Num. obs: 35732 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 9.8 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.1459 / Net I/σ(I): 10.36
反射 シェル解像度: 2.45→2.538 Å / 冗長度: 9.8 % / Rmerge(I) obs: 3.322 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. measured obs: 3623 / CC1/2: 0.725 / % possible all: 96.87

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5IM1

5im1


解像度: 2.45→51.198 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2173 1451 4.06 %
Rwork0.1818 --
obs0.1833 35732 94.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→51.198 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4346 0 26 64 4436
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0094490
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1616077
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.1281655
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044684
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005768
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.45-2.53760.36581390.33623472X-RAY DIFFRACTION97
2.5376-2.63920.34581370.29563481X-RAY DIFFRACTION97
2.6392-2.75930.36771460.27793451X-RAY DIFFRACTION97
2.7593-2.90470.3161580.25483442X-RAY DIFFRACTION96
2.9047-3.08670.31781400.243446X-RAY DIFFRACTION96
3.0867-3.3250.27811500.22783432X-RAY DIFFRACTION95
3.325-3.65950.23971470.19643424X-RAY DIFFRACTION95
3.6595-4.18880.18431470.15643411X-RAY DIFFRACTION93
4.1888-5.27660.16581420.13673333X-RAY DIFFRACTION90
5.2766-51.20940.15011450.13113389X-RAY DIFFRACTION87
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.7539-1.45870.51554.4366-0.37672.8256-0.0086-0.4698-0.57840.24680.0240.77490.134-0.4082-0.08220.5876-0.07580.05070.3466-0.10470.807329.067155.022221.4937
21.45893.5704-0.01749.3521-2.39999.23530.0779-0.4339-0.36950.95380.0212-0.6580.08081.1337-0.04180.50710.1017-0.1120.4273-0.07680.702550.10459.19726.1201
32.8973-1.6923-0.5992.24032.11287.7276-0.04540.08750.1011-0.07850.2544-0.6736-0.31850.7129-0.15080.4156-0.06890.05520.4418-0.12250.759752.707363.96949.4516
43.5049-0.1697-0.29193.60260.86692.5364-0.0345-0.0149-0.19330.0257-0.17470.9048-0.1382-0.33220.19240.4637-0.04390.08420.3952-0.11890.864423.691863.436818.7957
52.8361-0.6042-0.43972.49540.75811.70270.0199-0.21140.82720.0069-0.08151.224-0.5644-0.50790.01270.75030.09670.07710.5969-0.22591.542617.993887.067223.2468
63.8448-0.4542-1.14847.5822-4.20738.8048-0.04140.23420.7548-0.4219-0.0360.3406-0.4905-0.53320.08090.54960.0271-0.05710.3785-0.16110.952331.665284.047516.0286
72.78330.0302-0.22513.51640.29793.1588-0.09910.22550.2028-0.25270.04880.2321-0.1665-0.03130.05560.42120.0251-0.0040.3582-0.07960.779433.74571.372114.3557
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 13 through 77 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 78 through 116 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 117 through 195 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 196 through 304 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 305 through 412 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 413 through 472 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 473 through 548 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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