PDB-5ilk: Tobacco 5-epi-aristolochene synthase with partial density from MO...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ilk

タイトル

Tobacco 5-epi-aristolochene synthase with partial density from MOPSO or BIS-TRIS buffer molecule in the active site

要素

5-epi-aristolochene synthase

キーワード

LYASE / terpene synthase / TEAS / MOPSO / BIS-TRIS

機能・相同性

機能・相同性情報

5-epiaristolochene synthase / 5-epi-aristolochene synthase activity / sesquiterpene biosynthetic process / diterpenoid biosynthetic process / terpene synthase activity / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Nicotiana tabacum (タバコ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Koo, H.J. / Louie, G.V. / Xu, Y. / Bowman, M. / Noel, J.P.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Small-molecule buffer components can directly affect terpene-synthase activity by interacting with the substrate-binding site of the enzyme
著者: Koo, H.J. / Louie, G.V. / Xu, Y. / Bowman, M. / Noel, J.P.

履歴

登録	2016年3月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年3月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ilk.cif.gz	235.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ilk.ent.gz	189.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ilk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ilk_validation.pdf.gz	423.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ilk_full_validation.pdf.gz	429 KB	表示
XML形式データ	5ilk_validation.xml.gz	21.2 KB	表示
CIF形式データ	5ilk_validation.cif.gz	29.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/il/5ilk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/il/5ilk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5il3C 5il8C 5ildC 5ilhC 5iliC 5iljC 5ilyC 5ilzC 5im1SC 5ik0 5ik6 5ik9 5ika 5ikh C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5il8-d 1hxg-d 3lz9-d 3g4d-2 5eat-d 5ilj-d 5dhk-d 5ild-d 1hxa-d 3m00-d 3m02-d 5ik0-d 5ilz-d 4di5-d 1hxc-d 3m01-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (8) #96 - 2007年12月酸化スクアレン環化酵素 (Oxidosqualene Cyclase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 5-epi-aristolochene synthase

63.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	126.960, 126.960, 123.110
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-744- HOH

#1: タンパク質	5-epi-aristolochene synthase / EAS 分子量: 63201.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nicotiana tabacum (タバコ) / 遺伝子: EAS3, EAS4 / プラスミド: pH9GW / 詳細 (発現宿主): pET28 derived Gateway vector / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q40577, 5-epiaristolochene synthase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

5-epi-aristolochene synthase / EAS

分子量: 63201.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Nicotiana tabacum (タバコ) / 遺伝子: EAS3, EAS4 / プラスミド: pH9GW / 詳細 (発現宿主): pET28 derived Gateway vector / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q40577, 5-epiaristolochene synthase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.73 %
結晶化	温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: Reservoir: 100 mM MOPSO, pH 7, 300 mM Mg Acetate, 13% PEG 8000 Soaked in 50 mM MOPSO (pH 7), 10 mM BIS-TRIS (pH 6.5) 110 mM Mg Acetate, 10% PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月19日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→50.77 Å / Num. obs: 35665 / % possible obs: 83.97 % / 冗長度: 6.3 % / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.09516 / Net I/σ(I): 10.1
反射シェル	解像度: 2.35→2.434 Å / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.386 / Mean I/σ(I) obs: 2.52 / % possible all: 64.51

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5IM1

5im1

解像度: 2.35→50.767 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.31

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.24	1789	5.05 %
R_work	0.2011	-	-
obs	0.2031	35423	83.41 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→50.767 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4346	0	0	144	4490

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	4454
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.981	6044
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.144	1645
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.035	682
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	767

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.35-2.4135	0.2892	89	0.2418	1987	X-RAY DIFFRACTION	65
2.4135-2.4846	0.2853	126	0.2161	1931	X-RAY DIFFRACTION	64
2.4846-2.5648	0.253	99	0.2191	1954	X-RAY DIFFRACTION	64
2.5648-2.6564	0.252	113	0.2115	1928	X-RAY DIFFRACTION	64
2.6564-2.7628	0.2347	105	0.2143	2067	X-RAY DIFFRACTION	67
2.7628-2.8885	0.2942	174	0.229	2796	X-RAY DIFFRACTION	92
2.8885-3.0408	0.264	143	0.2349	2839	X-RAY DIFFRACTION	92
3.0408-3.2312	0.2714	139	0.2307	2825	X-RAY DIFFRACTION	91
3.2312-3.4807	0.293	142	0.2277	2819	X-RAY DIFFRACTION	91
3.4807-3.8308	0.3188	159	0.2924	2895	X-RAY DIFFRACTION	93
3.8308-4.3849	0.1945	149	0.1756	3101	X-RAY DIFFRACTION	99
4.3849-5.5235	0.1777	177	0.1458	3175	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5235-50.7792	0.1921	174	0.1431	3317	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4649	0.3228	-0.4939	3.1443	0.4563	0.9254	0.1044	-0.1912	-0.0753	0.3907	-0.0189	0.561	0.1346	-0.173	-0.035	0.3688	-0.0665	0.0238	0.2646	-0.0188	0.4922	28.752	55.3233	21.4197
2	0.3141	0.7014	0.7405	3.6618	0.4	3.2725	0.2228	-0.2569	-0.3292	0.6295	0.0372	-0.6321	0.245	0.5237	-0.2441	0.4088	0.0461	-0.1765	0.2696	-0.0754	0.3728	49.8808	59.6213	26.0585
3	1.2017	-0.5695	-0.3486	3.2256	2.1377	3.9	-0.0353	0.0638	0.0824	-0.2839	0.1447	-0.5505	-0.349	0.4467	-0.1142	0.2862	-0.0437	0.0503	0.2958	-0.0959	0.3484	52.674	64.1339	9.3451
4	2.1313	0.4862	0.1402	4.8111	-0.1781	1.9999	0.0692	0.1166	-0.3869	-0.2443	-0.0762	-0.1514	0.2175	0.1571	0.0543	0.2648	-0.0133	0.032	0.1977	-0.0965	0.3541	37.0715	54.7025	13.4841
5	1.9949	0.5473	-0.0714	4.3065	0.1389	0.9791	0.0402	-0.0766	0.4653	-0.071	-0.1394	1.0958	-0.1351	-0.2204	0.0519	0.2707	0.0454	0.0051	0.2648	-0.1134	0.5574	24.1158	79.1948	19.8694
6	3.5428	1.2096	0.2646	8.3155	-1.2121	4.2044	-0.0775	0.387	0.0966	-0.9602	-0.2344	0.6615	-0.2821	0.1926	0.2519	0.4295	-0.0255	-0.1204	0.3403	-0.0908	0.3724	24.6234	64.0712	8.2146

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 13 through 77 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 78 through 116 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 117 through 195 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 196 through 222 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 223 through 519 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 520 through 548 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)