PDB-5ilj: Tobacco 5-epi-aristolochene synthase with BIS-TRIS buffer molecule

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ilj

タイトル

Tobacco 5-epi-aristolochene synthase with BIS-TRIS buffer molecule

要素

5-epi-aristolochene synthase

キーワード

LYASE / terpene synthase / TEAS / BIS-TRIS

機能・相同性

機能・相同性情報

(+)-2-epi-prezizaene synthase / (-)-alpha-cedrene synthase / 5-epiaristolochene synthase / 5-epi-aristolochene synthase activity / sesquiterpene biosynthetic process / diterpenoid biosynthetic process / terpene synthase activity / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Nicotiana tabacum (タバコ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Koo, H.J. / Louie, G.V. / Xu, Y. / Bowman, M. / Noel, J.P.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Small-molecule buffer components can directly affect terpene-synthase activity by interacting with the substrate-binding site of the enzyme
著者: Koo, H.J. / Louie, G.V. / Xu, Y. / Bowman, M. / Noel, J.P.

履歴

登録	2016年3月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年3月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ilj.cif.gz	241.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ilj.ent.gz	194 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ilj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ilj_validation.pdf.gz	442 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ilj_full_validation.pdf.gz	444.9 KB	表示
XML形式データ	5ilj_validation.xml.gz	24 KB	表示
CIF形式データ	5ilj_validation.cif.gz	35.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/il/5ilj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/il/5ilj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5il3C 5il8C 5ildC 5ilhC 5iliC 5ilkC 5ilyC 5ilzC 5im1SC 5ik0 5ik6 5ik9 5ika 5ikh C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5ik0-d 5dhk-d 5il8-d 5ild-d 5ilk-d 3m00-d 3lz9-d 1hxa-d 5ik9-d 5ilz-d 5il3-d 5ili-d 4di5-d 1hxg-d 3m01-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (8) #96 - 2007年12月酸化スクアレン環化酵素 (Oxidosqualene Cyclase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 5-epi-aristolochene synthase

ヘテロ分子

63.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	126.520, 126.520, 122.290
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-986- HOH
2	1	A-1000- HOH

#1: タンパク質	5-epi-aristolochene synthase / EAS 分子量: 63201.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nicotiana tabacum (タバコ) / 遺伝子: EAS3, EAS4 / プラスミド: pH9GW / 詳細 (発現宿主): pET28 derived Gateway vector / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q40577, 5-epiaristolochene synthase
#2: 化合物	ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス分子量: 209.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₉NO₅ / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 366 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.3 %
結晶化	温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 100 mM BIS-TRIS, pH 6.5, 300 mM Ca Acetate, 16% PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月19日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→44.73 Å / Num. obs: 54352 / % possible obs: 86.73 % / 冗長度: 6.8 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.0891 / Net I/σ(I): 11.96
反射シェル	解像度: 2.05→2.123 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.5194 / Mean I/σ(I) obs: 2.01 / % possible all: 82

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5IM1

5im1

解像度: 2.05→44.73 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1883	2690	4.95 %
R_work	0.1596	-	-
obs	0.1611	54338	86.71 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→44.73 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4346	0	14	366	4726

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	4467
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.976	6060
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.553	1653
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	684
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	767

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.05-2.0873	0.3057	134	0.2579	2522	X-RAY DIFFRACTION	82
2.0873-2.1274	0.268	122	0.233	2550	X-RAY DIFFRACTION	82
2.1274-2.1708	0.2692	122	0.2179	2522	X-RAY DIFFRACTION	81
2.1708-2.2181	0.2453	121	0.2112	2511	X-RAY DIFFRACTION	81
2.2181-2.2696	0.2307	132	0.1973	2524	X-RAY DIFFRACTION	81
2.2696-2.3264	0.2504	126	0.1889	2487	X-RAY DIFFRACTION	81
2.3264-2.3893	0.24	128	0.1776	2521	X-RAY DIFFRACTION	81
2.3893-2.4596	0.2205	131	0.1756	2472	X-RAY DIFFRACTION	80
2.4596-2.539	0.1921	148	0.1747	2552	X-RAY DIFFRACTION	83
2.539-2.6297	0.1905	138	0.1747	2661	X-RAY DIFFRACTION	85
2.6297-2.735	0.1891	132	0.172	2626	X-RAY DIFFRACTION	85
2.735-2.8594	0.1984	161	0.1698	2614	X-RAY DIFFRACTION	84
2.8594-3.0102	0.1816	133	0.1667	2629	X-RAY DIFFRACTION	84
3.0102-3.1987	0.1913	125	0.1637	2617	X-RAY DIFFRACTION	83
3.1987-3.4456	0.2119	147	0.1609	2909	X-RAY DIFFRACTION	92
3.4456-3.7922	0.159	176	0.1443	3136	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7922-4.3405	0.1444	158	0.1287	3204	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3405-5.4671	0.1671	177	0.1309	3205	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4671-44.7422	0.1698	179	0.1416	3386	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7415	0.3332	-0.1179	3.1779	0.4342	1.1694	0.0099	-0.2593	-0.1575	0.3624	-0.0226	0.2847	0.1247	-0.1252	-0.0032	0.3563	-0.0433	0.0061	0.2298	-0.0238	0.1602	32.8196	55.7586	23.75
2	5.1968	-0.449	-2.994	4.5086	3.003	3.6689	-0.0994	-0.2248	-0.1279	0.0424	0.4341	-0.9562	-0.0415	0.6875	-0.4092	0.2746	0.0045	-0.055	0.336	-0.1043	0.2703	57.5668	64.0763	16.3025
3	2.5492	-0.3846	-0.9385	1.689	0.6345	2.0001	-0.0031	0.2246	-0.0693	-0.1937	0.0497	-0.2105	-0.0197	0.0841	-0.026	0.2085	-0.0118	-0.0017	0.2168	-0.0461	0.1303	44.486	59.8595	9.2447
4	2.0083	0.1178	0.2169	3.3912	0.7991	0.5632	0.0509	-0.092	0.2523	0.0083	-0.2564	1.1099	0.028	-0.2769	0.1054	0.2311	-0.0266	0.0093	0.2923	-0.0867	0.3927	18.8232	66.5424	19.8428
5	1.5206	0.4322	0.2157	2.5406	0.5076	1.2303	0.0048	-0.2719	0.5633	0.1247	-0.1443	1.2249	-0.1296	-0.344	0.0449	0.2628	0.0617	0.0458	0.3178	-0.1585	0.7724	17.4936	86.9745	22.926
6	2.3549	0.0891	-0.1019	4.1639	-0.1007	1.722	0.0204	0.0561	0.3276	-0.3081	-0.1071	0.2973	-0.2105	-0.0752	0.0296	0.2434	0.0176	-0.026	0.1763	-0.0637	0.2159	34.9729	80.9205	16.5029
7	3.2532	1.0381	0.202	7.0279	-0.5383	2.6407	-0.1044	0.2793	0.1818	-0.9827	0.0073	0.7509	-0.0602	0.0046	0.1246	0.3663	-0.0018	-0.1114	0.2889	-0.0944	0.2987	24.4703	63.8497	8.1307

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 13 through 97 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 98 through 143 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 144 through 222 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 223 through 306 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 307 through 412 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 413 through 519 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 520 through 548 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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