PDB-5ild: Tobacco 5-epi-aristolochene synthase with MES buffer molecule and...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ild

タイトル

Tobacco 5-epi-aristolochene synthase with MES buffer molecule and Mg2+ ions

要素

5-epi-aristolochene synthase

キーワード

LYASE / terpene synthase / TEAS / MES

機能・相同性

機能・相同性情報

5-epiaristolochene synthase / 5-epi-aristolochene synthase activity / sesquiterpene biosynthetic process / diterpenoid biosynthetic process / terpene synthase activity / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Nicotiana tabacum (タバコ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.12 Å

データ登録者

Koo, H.J. / Louie, G.V. / Xu, Y. / Bowman, M. / Noel, J.P.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Small-molecule buffer components can directly affect terpene-synthase activity by interacting with the substrate-binding site of the enzyme
著者: Koo, H.J. / Louie, G.V. / Xu, Y. / Bowman, M. / Noel, J.P.

履歴

登録	2016年3月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年3月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ild.cif.gz	239.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ild.ent.gz	192.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ild.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ild_validation.pdf.gz	439.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ild_full_validation.pdf.gz	444.3 KB	表示
XML形式データ	5ild_validation.xml.gz	22.3 KB	表示
CIF形式データ	5ild_validation.cif.gz	32 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/il/5ild ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/il/5ild	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5il3C 5il8C 5ilhC 5iliC 5iljC 5ilkC 5ilyC 5ilzC 5im1SC 5ik0 5ik6 5ik9 5ika 5ikh C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5il3-d 3lz9-d 5ilj-d 5ik0-d 5im1-d 5ilk-d 1hxg-d 3m01-d 5dhk-d 5ili-d 3g4d-2 5ik9-d 5ilz-d 5eat-d 5il8-d 5eas-d 5ily-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (8) #96 - 2007年12月酸化スクアレン環化酵素 (Oxidosqualene Cyclase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 5-epi-aristolochene synthase

ヘテロ分子

63.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	126.910, 126.910, 123.190
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-883- HOH
2	1	A-889- HOH

#1: タンパク質	5-epi-aristolochene synthase / EAS 分子量: 63201.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nicotiana tabacum (タバコ) / 遺伝子: EAS3, EAS4 / プラスミド: pH9GW / 詳細 (発現宿主): pET28 derived Gateway vector / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q40577, 5-epiaristolochene synthase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.73 %
結晶化	温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 100 mM MOPSO, pH 7, 100 mM Mg Acetate, 10% PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月19日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.12→42.16 Å / Num. obs: 57249 / % possible obs: 99.55 % / 冗長度: 8.4 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.08166 / Net I/σ(I): 13.17
反射シェル	解像度: 2.12→2.196 Å / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.5387 / Mean I/σ(I) obs: 2.36 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5IM1

5im1

解像度: 2.12→42.16 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.3

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2009	1997	3.49 %
R_work	0.1731	-	-
obs	0.1741	57165	99.41 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.12→42.16 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4346	0	14	196	4556

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	4483
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.934	6079
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.228	1664
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.036	683
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	767

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.12-2.173	0.2809	137	0.2703	3869	X-RAY DIFFRACTION	100
2.173-2.2318	0.3219	147	0.2513	3908	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2318-2.2975	0.2676	141	0.2453	3909	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2975-2.3716	0.2558	145	0.2136	3902	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3716-2.4564	0.2658	140	0.2022	3920	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4564-2.5547	0.1926	140	0.1898	3897	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5547-2.6709	0.2283	139	0.1946	3927	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6709-2.8117	0.2063	147	0.1942	3926	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8117-2.9879	0.2593	137	0.2009	3933	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9879-3.2185	0.2317	144	0.1932	3941	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2185-3.5422	0.2069	143	0.1796	3955	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5422-4.0544	0.188	144	0.1527	3946	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0544-5.1067	0.1616	143	0.1358	4001	X-RAY DIFFRACTION	99
5.1067-42.1683	0.1523	150	0.1434	4134	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3521	0.1191	-0.2557	4.2507	0.3403	1.5857	-0.0055	-0.2788	-0.1402	0.5004	0.008	0.3889	0.1019	-0.1631	-0.034	0.4765	-0.0621	-0.0246	0.2795	-0.0177	0.4487	33.0073	55.8367	23.8989
2	6.2099	-0.6791	-4.0038	3.807	2.9496	4.6662	-0.0298	-0.4821	-0.1142	-0.0209	0.3358	-1.124	-0.1712	1.076	-0.3621	0.3871	-0.0228	-0.101	0.4222	-0.0961	0.7122	57.7166	64.0467	16.4144
3	3.1305	-0.5634	-0.882	1.4712	0.2394	2.5529	-0.0487	0.2244	-0.1042	-0.0586	0.0914	-0.3581	-0.0229	0.1258	-0.0326	0.2751	-0.0306	-0.0226	0.2633	-0.0715	0.3832	44.6483	59.9707	9.3508
4	2.8508	0.2153	0.0454	4.2007	0.9014	1.1284	0.006	-0.0224	0.3269	-0.0386	-0.2156	1.1968	-0.0457	-0.3582	0.1538	0.3707	-0.0413	0.0031	0.3451	-0.1039	0.6726	18.9489	66.6912	20.1205
5	1.7656	0.5403	-0.0856	3.0608	-0.2167	1.3793	0.0458	-0.226	0.7084	0.1903	-0.0252	1.3045	-0.143	-0.3612	-0.0235	0.4649	0.0525	0.0452	0.4157	-0.1594	1.1628	17.6285	87.1356	23.3288
6	2.6991	0.2281	-0.457	5.7374	-1.3188	3.5023	0.0657	0.1236	0.4462	-0.3323	-0.0681	0.2366	-0.2648	-0.0983	-0.0359	0.3603	0.0091	-0.0499	0.2397	-0.0838	0.5156	35.1822	81.0801	16.7439
7	9.1339	3.1033	-1.0625	6.9695	-6.6631	8.4321	-0.1959	0.6985	0.5285	-0.5924	0.159	0.7839	-0.2446	-0.0791	-0.0307	0.477	-0.0278	-0.0954	0.4087	-0.1277	0.5229	24.6305	64.093	8.293

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 13 through 97 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 98 through 143 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 144 through 222 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 223 through 306 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 307 through 412 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 413 through 519 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 520 through 548 )

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