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万見
- PDB-5il7: Leucine rich repeat domain of the Chlorobium tepidum Roco protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5il7
タイトルLeucine rich repeat domain of the Chlorobium tepidum Roco protein
要素Rab family protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / Leucine rich repeat domain
機能・相同性
機能・相同性情報


GTP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / C-terminal of Roc (COR) domain / C-terminal of Roc, COR-A domain / Ras of Complex, Roc, domain of DAPkinase / Leucine rich repeat 4 / Leucine Rich repeats (2 copies) / Roc domain profile. / Roc domain / Leucine rich repeat, ribonuclease inhibitor type / Leucine Rich repeat ...: / C-terminal of Roc (COR) domain / C-terminal of Roc, COR-A domain / Ras of Complex, Roc, domain of DAPkinase / Leucine rich repeat 4 / Leucine Rich repeats (2 copies) / Roc domain profile. / Roc domain / Leucine rich repeat, ribonuclease inhibitor type / Leucine Rich repeat / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Leucine-rich repeats, bacterial type / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Alpha-Beta Horseshoe / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Rab subfamily of small GTPases / Leucine-rich repeat domain superfamily / Small GTP-binding protein domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Rab family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chlorobium tepidum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Gotthardt, K. / Wittinghofer, A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Structural model of the dimeric Parkinson's protein LRRK2 reveals a compact architecture involving distant interdomain contacts.
著者: Guaitoli, G. / Raimondi, F. / Gilsbach, B.K. / Gomez-Llorente, Y. / Deyaert, E. / Renzi, F. / Li, X. / Schaffner, A. / Jagtap, P.K. / Boldt, K. / von Zweydorf, F. / Gotthardt, K. / Lorimer, D. ...著者: Guaitoli, G. / Raimondi, F. / Gilsbach, B.K. / Gomez-Llorente, Y. / Deyaert, E. / Renzi, F. / Li, X. / Schaffner, A. / Jagtap, P.K. / Boldt, K. / von Zweydorf, F. / Gotthardt, K. / Lorimer, D.D. / Yue, Z. / Burgin, A. / Janjic, N. / Sattler, M. / Versees, W. / Ueffing, M. / Ubarretxena-Belandia, I. / Kortholt, A. / Gloeckner, C.J.
履歴
登録2016年3月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月29日Group: Database references
改定 1.22016年7月13日Group: Database references
改定 1.32016年8月10日Group: Database references
改定 1.42017年1月25日Group: Database references
改定 1.52024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rab family protein
B: Rab family protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,4082
ポリマ－97,4082
非ポリマー00
水1,78399
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3010 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area33970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.223, 98.941, 155.397
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Rab family protein


分子量: 48703.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlorobium tepidum (strain ATCC 49652 / DSM 12025 / NBRC 103806 / TLS) (バクテリア)
遺伝子: CT1526 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: Q8KC98
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Na Acetate, 2.2 M Ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→47.14 Å / Num. obs: 37250 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rsym value: 0.12 / Net I/σ(I): 13.77
反射 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 4.42 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 106v

106v


解像度: 2.3→47.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / SU B: 8.363 / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.468 / ESU R Free: 0.269 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26082 1863 5 %RANDOM
Rwork0.21417 ---
obs0.21649 35387 99.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 29.868 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.62 Å20 Å2-0 Å2
2---2.2 Å20 Å2
3---0.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→47.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6720 0 0 99 6819
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.026876
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026706
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1242.0099378
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.771315588
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.395904
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.28627.115260
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.484151286
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4651519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.21171
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0217685
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021302
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9022.9693544
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9012.9673543
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5744.4464433
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.5744.4484434
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.9333.0973332
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.9333.0993333
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.6284.5894932
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined2.9322.8147157
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.92522.8127150
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.328 134 -
Rwork0.255 2551 -
obs--99.89 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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