PDB-5il3: Tobacco 5-epi-aristolochene synthase with MOPSO buffer molecule a...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5il3

タイトル

Tobacco 5-epi-aristolochene synthase with MOPSO buffer molecule and Mg2+ ions

要素

5-epi-aristolochene synthase

キーワード

LYASE / terpene synthase / TEAS / MOPSO

機能・相同性

機能・相同性情報

5-epiaristolochene synthase / 5-epi-aristolochene synthase activity / sesquiterpene biosynthetic process / diterpenoid biosynthetic process / terpene synthase activity / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Nicotiana tabacum (タバコ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Koo, H.J. / Louie, G.V. / Xu, Y. / Bowman, M. / Noel, J.P.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Small-molecule buffer components can directly affect terpene-synthase activity by interacting with the substrate-binding site of the enzyme
著者: Koo, H.J. / Louie, G.V. / Xu, Y. / Bowman, M. / Noel, J.P.

履歴

登録	2016年3月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年3月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5il3.cif.gz	245.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5il3.ent.gz	197 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5il3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5il3_validation.pdf.gz	460.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5il3_full_validation.pdf.gz	465.5 KB	表示
XML形式データ	5il3_validation.xml.gz	25.4 KB	表示
CIF形式データ	5il3_validation.cif.gz	38.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/il/5il3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/il/5il3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5il8C 5ildC 5ilhC 5iliC 5iljC 5ilkC 5ilyC 5ilzC 5im1SC 5ik0 5ik6 5ik9 5ika 5ikh C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5ik9-d 5ik0-d 5il8-d 5dhi-d 5ili-d 5ild-d 1hxg-d 3m00-d 5dhk-d 5ilz-d 5eau-d 5ilj-d 3m02-d 3m01-d 4di5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (8) #96 - 2007年12月酸化スクアレン環化酵素 (Oxidosqualene Cyclase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 5-epi-aristolochene synthase

ヘテロ分子

63.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	126.730, 126.730, 123.050
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1131- HOH
2	1	A-1146- HOH
3	1	A-1154- HOH
4	1	A-1158- HOH

#1: タンパク質	5-epi-aristolochene synthase / EAS 分子量: 63201.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nicotiana tabacum (タバコ) / 遺伝子: EAS3, EAS4 / プラスミド: pH9GW / 詳細 (発現宿主): pET28 derived Gateway vector / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q40577, 5-epiaristolochene synthase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-6BX / (2S)-2-hydroxy-3-(morpholin-4-yl)propane-1-sulfonic acid 分子量: 225.263 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₅NO₅S
#4: 化合物	ChemComp-6BY / (2R)-2-hydroxy-3-(morpholin-4-yl)propane-1-sulfonic acid 分子量: 225.263 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₅NO₅S
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 471 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.6 %
結晶化	温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 100 mM MOPSO, pH 7, 100 mM Mg Acetate, 10% PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月17日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→42.1 Å / Num. obs: 85647 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11 % / R_merge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 12.76
反射シェル	解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 11 % / R_merge(I) obs: 1.66 / Mean I/σ(I) obs: 1.59 / Num. measured obs: 8429 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5IM1

5im1

解像度: 1.85→42.1 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 20.99

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.187	1732	2.02 %
R_work	0.167	-	-
obs	0.167	85621	100 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→42.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4349	0	30	471	4850

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	4490
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.901	6093
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.736	1684
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.036	685
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	769

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.85-1.9045	0.3407	148	0.33	6893	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9045-1.9659	0.3423	140	0.284	6883	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9659-2.0362	0.2751	145	0.224	6894	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0362-2.1177	0.2208	149	0.1991	6913	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1177-2.2141	0.2273	144	0.1841	6916	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2141-2.3308	0.2161	141	0.1787	6939	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3308-2.4768	0.1817	137	0.1723	6955	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4768-2.668	0.2063	142	0.1724	6972	X-RAY DIFFRACTION	100
2.668-2.9365	0.163	146	0.1702	7003	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9365-3.3612	0.2083	142	0.1669	7024	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3612-4.2342	0.1499	144	0.1418	7121	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2342-42.1125	0.154	154	0.1382	7376	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4289	0.6088	-0.0869	3.5625	0.4449	1.2632	0.0335	-0.2119	-0.0434	0.3578	-0.0294	0.4285	0.1018	-0.1349	-0.0561	0.3432	-0.0353	0.0258	0.2131	-0.0131	0.2336	32.8603	55.8789	23.7131
2	5.0713	-0.3965	-3.2736	3.8413	3.5941	7.3917	0.021	-0.2373	0.0071	-0.0344	0.427	-0.6579	-0.1417	0.8804	-0.3129	0.2337	-0.0035	-0.0541	0.299	-0.0756	0.291	57.6044	63.9558	16.3262
3	1.936	-0.681	-0.4576	5.237	3.5418	4.1802	-0.0225	0.2287	0.0268	-0.2557	0.086	-0.1839	-0.1723	0.1286	-0.0797	0.2335	-0.0431	0.0144	0.2732	-0.0173	0.1753	48.7491	62.8416	7.0237
4	3.2685	0.1245	0.2299	6.8098	-1.5648	3.1273	-0.0346	0.1444	-0.3598	-0.2759	0.1025	-0.0218	0.2484	-0.0051	-0.0481	0.2049	-0.0233	-0.0076	0.2164	-0.0472	0.1985	37.087	54.5132	13.4924
5	2.0005	0.0611	0.0066	3.366	0.9713	0.8068	-0.0093	-0.06	0.1667	-0.0237	-0.1552	1.206	-0.0441	-0.2888	0.1224	0.2616	-0.0257	0.0226	0.2829	-0.0619	0.5567	18.9704	66.5996	19.9839
6	1.6822	0.5655	-0.1905	3.7191	-0.016	1.0864	-0.0104	-0.1815	0.4789	0.1731	-0.082	1.2265	-0.1973	-0.2529	0.0137	0.2744	0.0567	0.0347	0.2654	-0.1157	0.707	21.4838	85.3865	22.4104
7	1.6646	0.6763	-0.1532	3.8363	0.3601	1.0475	-0.0584	0.2216	0.2566	-0.5877	0.0303	0.5108	-0.197	-0.1092	0.0054	0.3254	0.026	-0.0596	0.2436	-0.0179	0.2713	33.4366	75.5148	12.0433

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 13 THROUGH 97 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 98 THROUGH 143 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 144 THROUGH 195 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 196 THROUGH 222 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'A' AND (RESID 223 THROUGH 306 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'A' AND (RESID 307 THROUGH 454 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'A' AND (RESID 455 THROUGH 548 )

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