PDB-5ikw: Crystal Structure of BMP-2-inducible kinase in complex with an In...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ikw

タイトル

Crystal Structure of BMP-2-inducible kinase in complex with an Indazole inhibitor

要素

BMP-2-inducible protein kinase

キーワード

Transferase/Transferase Inhibitor / transferase / protein kinase domain / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / Transferase-Transferase Inhibitor Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphatase regulator activity / regulation of clathrin-dependent endocytosis / AP-2 adaptor complex binding / regulation of bone mineralization / positive regulation of Notch signaling pathway / non-specific serine/threonine protein kinase / nuclear speck / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.41 Å

データ登録者

Counago, R.M. / Sorrell, F.J. / Krojer, T. / Savitsky, P. / Elkins, J.M. / Axtman, A. / Drewry, D. / Wells, C. / Zhang, C. / Zuercher, W. ...

資金援助

ブラジル, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of BMP-2-inducible kinase in complex with a 3-acylaminoindazole inhibitor GSK3236425A
著者: Counago, R.M. / Sorrell, F.J. / Krojer, T. / Savitsky, P. / Elkins, J.M. / Axtman, A. / Drewry, D. / Wells, C. / Zhang, C. / Zuercher, W. / Willson, T.M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / ...

履歴

登録	2016年3月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年6月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ikw.cif.gz	135.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ikw.ent.gz	104.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ikw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ikw_validation.pdf.gz	706.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ikw_full_validation.pdf.gz	706.5 KB	表示
XML形式データ	5ikw_validation.xml.gz	13.2 KB	表示
CIF形式データ	5ikw_validation.cif.gz	18.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ik/5ikw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ik/5ikw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4w9wS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4wsq-1 4l3o-3 5i3r-2 5i3o-2 5h3x-d 3pxq-d 6q4c-d 6vni-2 5cl5-d 1wm0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: BMP-2-inducible protein kinase

ヘテロ分子

35.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.957, 111.155, 164.053
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

#1: タンパク質	BMP-2-inducible protein kinase / BIKe 分子量: 34791.035 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 38-345 / 変異: K320A, K321A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BMP2K, BIKE, HRIHFB2017 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q9NSY1, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-6BU / N-(6-{3-[(cyclopropylsulfonyl)amino]phenyl}-1H-indazol-3-yl)cyclopropanecarboxamide 分子量: 396.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₀N₄O₃S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.25 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 10% (v/v) Broad MW PEG smear; 3.2 M MgCl2, 100 mM Hepes pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→29.56 Å / Num. obs: 87521 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 52.61 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 11.2
反射シェル	解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 6.8 % / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.2	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4W9W

4w9w

解像度: 2.41→21.75 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / SU R Cruickshank DPI: 0.284 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.299 / SU R_free Blow DPI: 0.21 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.208

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.216	747	4.93 %	RANDOM
R_work	0.176	-	-	-
obs	0.178	15146	99 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.1 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-6.8587 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.5352 Å²	0 Å²
3-	-	-	10.3938 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.27 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.41→21.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2317	0	28	89	2434

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	2399	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.04	3258	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		1110	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		57	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		363	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		2399	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.26
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	3.12
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		314	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		2686	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.41→2.58 Å / R_factor R_free error: 0

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.227	140	5.27 %
R_work	0.197	2515	-
obs	-	-	97.46 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.689	-1.5349	-0.667	4.8268	0.0312	4.3548	0.0765	0.2284	-0.5323	-0.4726	-0.2608	0.3231	0.3039	-0.3106	0.1843	0.0085	-0.0525	-0.1097	-0.2112	-0.0246	0.012	-0.2986	9.7003	36.4172
2	4.2398	-1.6209	2.0305	0.1315	1.4449	0.3869	0.0221	0.0387	0.0543	-0.2055	-0.0604	-0.0357	0.1259	0.0895	0.0382	0.1966	0.1447	0.0248	0.0625	0.1077	-0.1207	11.7538	16.2059	26.1593
3	2.4718	-0.6399	1.078	3.2275	-0.9715	2.8547	0.1518	0.1937	-0.2688	-0.1828	-0.0908	0.1151	0.4274	-0.058	-0.061	-0.0076	-0.0077	0.0115	-0.1389	0.0165	-0.1098	-0.3921	18.8511	33.082
4	2.7248	-0.0883	-1.2884	2.7338	0.6255	4.6307	0.092	0.1294	0.0647	0.1208	-0.0769	-0.1101	0.2402	0.3986	-0.0152	0.0162	0.1179	0.007	-0.0088	0.0551	-0.0965	2.7518	32.7336	26.9654
5	4.4353	0.4688	-0.9807	0.8007	-2.6694	0.6002	0.1262	0.2149	-0.1317	-0.1316	-0.2227	0.0204	0.3532	0.2696	0.0965	0.0443	0.1166	0.0226	-0.0311	0.0283	-0.1322	3.8484	26.5172	27.4684
6	0.9128	-2.7512	-0.1118	2.7325	-0.6137	0.8065	-0.0083	0.0349	-0.047	0.0889	0.0353	-0.0559	0.0909	0.0447	-0.0269	0.2872	0.152	0.1036	0.0713	-0.0048	-0.2426	6.9867	20.6757	7.5182
7	3.634	-0.3277	-1.6875	1.9213	0.2109	6.2838	-0.1131	0.3668	0.0053	-0.1089	0.1024	0.1136	0.2592	-0.542	0.0107	-0.0592	0.087	0.0169	0.0456	0.054	-0.1885	-5.4873	33.7834	14.5115
8	2.389	-0.9014	0.0877	2.4322	-0.22	3.7962	0.013	0.1291	0.5203	-0.058	-0.168	-0.148	-0.5355	0.3769	0.155	-0.0324	0.0529	0.0302	-0.0548	0.0783	-0.022	2.6457	45.7205	21.7752

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{A\|42 - 85}
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{A\|86 - 102}
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{A\|103 - 151}
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{A\|152 - 185}
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{A\|186 - 208}
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{A\|209 - 224}
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{A\|225 - 287}
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{A\|288 - 338}

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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