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- PDB-5ikm: 1.9 Angstrom Crystal Structure of NS5 Methyl Transferase from Den... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ikm
タイトル1.9 Angstrom Crystal Structure of NS5 Methyl Transferase from Dengue Virus 1 in Complex with S-Adenosylmethionine and Beta-D-Fructopyranose.
要素NS5 Methyl Transferase
キーワードTRANSFERASE / NS5 Methyl Transferase / Dengue virus 1 / S-Adenosylmethionine / Beta-D-Fructopyranose / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


: / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport ...: / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / methyltransferase cap1 activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / protein dimerization activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated activation of host autophagy / serine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell nucleus / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / extracellular region / ATP binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C superfamily / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A ...Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C superfamily / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / Vaccinia Virus protein VP39 / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-fructopyranose / D-MALATE / S-ADENOSYLMETHIONINE / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Dengue virus 1 (デング熱ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Minasov, G. / Shuvalova, L. / Winsor, J. / Dubrovska, I. / Flores, K. / Shatsman, S. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: 1.9 Angstrom Crystal Structure of NS5 Methyl Transferase from Dengue Virus 1 in Complex with S-Adenosylmethionine and Beta-D-Fructopyranose.
著者: Minasov, G. / Shuvalova, L. / Winsor, J. / Dubrovska, I. / Flores, K. / Shatsman, S. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases
履歴
登録2016年3月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / software
Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.name
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NS5 Methyl Transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,91515
ポリマ－30,2101
非ポリマー1,70514
水5,080282
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2170 Å2
ΔGint-98 kcal/mol
Surface area13090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.380, 86.230, 144.307
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-414-

HOH

21A-423-

HOH

31A-577-

HOH

41A-624-

HOH

51A-633-

HOH

61A-678-

HOH

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 NS5 Methyl Transferase


分子量: 30209.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dengue virus 1 (デング熱ウイルス)
プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-Magic / 参照: UniProt: I6XG39
#5: 糖 ChemComp-BDF / beta-D-fructopyranose / beta-D-fructose / D-fructose / fructose / β-D-フルクトピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DFrupbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-fructopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-FrupIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
FruSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 6種, 295分子

#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#6: 化合物 ChemComp-MLT / D-MALATE / (2R)-2-HYDROXYBUTANEDIOIC ACID / 2-HYDROXY-SUCCINIC ACID / D-りんご酸


分子量: 134.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O5
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 282 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.9 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Protein: 6.8 mg/ml, 0.25M Sodium chloride, 0.1M Tris HCl (pH 8.3); Screen: JCSG+ (E2), 0.2M Sodium chloride, 0.1M Sodium cacodylate (pH 6.5) 2M Ammonium sulfate; Cryo: 4M Ammonium sulfate : 50% Sucrose (1:1).

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月11日 / 詳細: C(111)
放射モノクロメーター: beryllium lenses / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 29015 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 17 Å2 / CC1/2: 0.882 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rsym value: 0.111 / Net I/σ(I): 16.2
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.641 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
MoRDa位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4V0Q

4v0q


解像度: 1.9→29.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 4.723 / SU ML: 0.073 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.116 / ESU R Free: 0.11 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18422 1386 4.8 %RANDOM
Rwork0.15299 ---
obs0.15449 27572 99.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 19.827 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.13 Å20 Å20 Å2
2---1.93 Å20 Å2
3---3.06 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.9→29.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2053 0 100 282 2435
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0192371
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022236
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5052.0033223
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.86635178
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.3565296
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg26.19922.55198
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.5115429
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.9451522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2341
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0230.0212666
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0180.02547
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.640.8071136
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6390.8071136
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.1081.21448
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.1071.2021449
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.2781.1181233
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.2751.1181233
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.0521.6221776
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.0798.8442919
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.6837.7032772
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.271 107 -
Rwork0.201 2012 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.9626-1.57271.0422.2904-0.08683.07540.14980.3494-0.0935-0.2931-0.10490.00940.1339-0.1301-0.04490.1466-0.03860.01140.14920.00450.005917.001137.93467.0912
20.61320.40320.50215.0988-0.26030.9643-0.02110.0558-0.0323-0.3242-0.0364-0.20370.10190.04050.05750.0580.00540.03720.06550.00240.033623.683523.825126.1017
32.8093-0.54630.60482.47940.0431.9812-0.02390.009-0.05930.00610.04250.0403-0.0153-0.0059-0.01860.08590.00080.00710.06860.01750.032414.710625.710836.0795
41.6414-0.01280.11330.8687-0.53840.915-0.02710.0591-0.00090.00380.01680.0898-0.0609-0.02120.01030.1039-0.00320.00460.1049-0.01190.07136.070937.960930.1972
51.0147-0.1353-0.71950.92020.62131.86670.02230.09130.1032-0.11840.01330.0123-0.0363-0.0032-0.03550.1013-0.01090.00040.10050.01750.040218.885843.43420.4578
61.5794-0.4501-1.93251.1142-1.890610.7061-0.029-0.01030.10820.0297-0.0068-0.0787-0.16640.29010.03580.0406-0.0026-0.00890.05340.01320.060326.521221.676635.9222
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 34
2X-RAY DIFFRACTION2A35 - 71
3X-RAY DIFFRACTION3A72 - 127
4X-RAY DIFFRACTION4A128 - 176
5X-RAY DIFFRACTION5A177 - 251
6X-RAY DIFFRACTION6A252 - 264

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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