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- PDB-5iji: Fragment of nitrate/nitrite sensor histidine kinase NarQ (WT) in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5iji
タイトルFragment of nitrate/nitrite sensor histidine kinase NarQ (WT) in symmetric holo state
要素Nitrate/nitrite sensor histidine kinase NarQ
キーワードTRANSFERASE / membrane protein / sensor / histidine kinase / nitrate
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to nitrate / cellular response to nitrite / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / nitrate assimilation / protein dimerization activity / signal transduction / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
HAMP domain in histidine kinase / Signal transduction histidine kinase, nitrate/nitrite-sensing / NarX-like, N-terminal domain superfamily / NarX-like, N-terminal / Type IV pili methyl-accepting chemotaxis transducer N-term / Signal transduction histidine kinase, subgroup 3, dimerisation and phosphoacceptor domain / : / Histidine kinase / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain ...HAMP domain in histidine kinase / Signal transduction histidine kinase, nitrate/nitrite-sensing / NarX-like, N-terminal domain superfamily / NarX-like, N-terminal / Type IV pili methyl-accepting chemotaxis transducer N-term / Signal transduction histidine kinase, subgroup 3, dimerisation and phosphoacceptor domain / : / Histidine kinase / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. / HAMP domain / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
EICOSANE / NITRATE ION / Nitrate/nitrite sensor protein NarQ
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Gushchin, I. / Melnikov, I. / Polovinkin, V. / Ishchenko, A. / Popov, A. / Gordeliy, V.
引用ジャーナル: Science / 年: 2017
タイトル: Mechanism of transmembrane signaling by sensor histidine kinases.
著者: Gushchin, I. / Melnikov, I. / Polovinkin, V. / Ishchenko, A. / Yuzhakova, A. / Buslaev, P. / Bourenkov, G. / Grudinin, S. / Round, E. / Balandin, T. / Borshchevskiy, V. / Willbold, D. / ...著者: Gushchin, I. / Melnikov, I. / Polovinkin, V. / Ishchenko, A. / Yuzhakova, A. / Buslaev, P. / Bourenkov, G. / Grudinin, S. / Round, E. / Balandin, T. / Borshchevskiy, V. / Willbold, D. / Leonard, G. / Buldt, G. / Popov, A. / Gordeliy, V.
履歴
登録2016年3月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nitrate/nitrite sensor histidine kinase NarQ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2887
ポリマ－26,8131
非ポリマー1,4756
水3,099172
1
A: Nitrate/nitrite sensor histidine kinase NarQ
ヘテロ分子

A: Nitrate/nitrite sensor histidine kinase NarQ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,57514
ポリマ－53,6262
非ポリマー2,94912
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation14_455-x-1/2,-y+1/2,z1
Buried area8150 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area23680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.702, 73.830, 235.813
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number22
Space group name H-MF222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-306-

NO3

21A-306-

NO3

31A-471-

HOH

41A-475-

HOH

51A-510-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Nitrate/nitrite sensor histidine kinase NarQ / Nitrate/nitrite sensor protein NarQ


分子量: 26812.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: narQ, b2469, JW2453 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P27896, histidine kinase
#2: 化合物
ChemComp-LFA / EICOSANE / LIPID FRAGMENT / イコサン


分子量: 282.547 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H42
#3: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 172 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / 詳細: in meso lipidic cubic phase crystallization

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.972 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.972 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→39.4 Å / Num. obs: 17728 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 1.94→1.99 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.989 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
SHELXDE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.94→39.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 4.718 / SU ML: 0.131 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.175 / ESU R Free: 0.172 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25416 946 5.1 %RANDOM
Rwork0.18964 ---
obs0.19277 17728 98.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 34.285 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.33 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.5 Å2-0 Å2
3----2.83 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.94→39.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1793 0 38 172 2003
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0191933
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021937
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0841.9652636
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6234420
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.1245248
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.3323.67887
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.77915322
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.3291513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0570.2307
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022203
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.02478
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.4433.126929
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.4443.132930
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.3014.6611166
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.3074.6671167
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.5813.6741004
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.5833.6791002
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.5875.3111456
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.13326.8052452
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.13626.8162453
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.94→1.99 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.35 62 -
Rwork0.291 1280 -
obs--97.74 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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