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万見
- PDB-5ijg: Crystal structure of O-acetylhomoserine sulfhydrolase from Brucel... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ijg
タイトルCrystal structure of O-acetylhomoserine sulfhydrolase from Brucella melitensis at 2.0 A resolution
要素Cys/Met metabolism pyridoxal-phosphate-dependent enzyme
キーワードHYDROLASE / O-acetylhomoserine / sulfhydrolase / Brucella melitensis / PLP / pyridoxal / Transferase
機能・相同性
機能・相同性情報


cystathionine gamma-synthase / cystathionine gamma-synthase activity (acts on O-phosphohomoserine) / cystathionine gamma-synthase activity / transsulfuration / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
Cys/Met metabolism enzymes pyridoxal-phosphate attachment site. / Cys/Met metabolism, pyridoxal phosphate-dependent enzyme / Cys/Met metabolism PLP-dependent enzyme / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase ...Cys/Met metabolism enzymes pyridoxal-phosphate attachment site. / Cys/Met metabolism, pyridoxal phosphate-dependent enzyme / Cys/Met metabolism PLP-dependent enzyme / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Cystathionine gamma-synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Brucella melitensis biotype 1 (マルタ熱菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Boyko, K.M. / Nikolaeva, A.Y. / Koolikova, V.V. / Kotlov, M.I. / Demidkina, T.V. / Popov, V.O.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of O-acetylhomoserine sulfhydrolase from Brucella melitensis at 2.0 A resolution
著者: Boyko, K.M. / Nikolaeva, A.Y. / Koolikova, V. / Demidkina, T.V. / Popov, V.O.
履歴
登録2016年3月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cys/Met metabolism pyridoxal-phosphate-dependent enzyme
B: Cys/Met metabolism pyridoxal-phosphate-dependent enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,1905
ポリマ－91,6042
非ポリマー5863
水8,773487
1
A: Cys/Met metabolism pyridoxal-phosphate-dependent enzyme
B: Cys/Met metabolism pyridoxal-phosphate-dependent enzyme
ヘテロ分子

A: Cys/Met metabolism pyridoxal-phosphate-dependent enzyme
B: Cys/Met metabolism pyridoxal-phosphate-dependent enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)184,38110
ポリマ－183,2084
非ポリマー1,1736
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_554-x,-x+y,-z-1/31
Buried area16440 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area50620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.710, 109.710, 110.770
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Cys/Met metabolism pyridoxal-phosphate-dependent enzyme / Cystathionine gamma-synthase


分子量: 45802.004 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brucella melitensis biotype 1 (strain 16M / ATCC 23456 / NCTC 10094) (マルタ熱菌)
遺伝子: BMEI0103, BAWG_0092 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8YJI0, cystathionine gamma-synthase
#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 487 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.45 % / 解説: rod-like
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 100 mM di-ammonium tartrate pH 7.0, 12% PEG3350, 4 mM n-decyl-b-D-maltopyranoside

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年6月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→95.01 Å / Num. obs: 52389 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 18.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.107 / Net I/σ(I): 19.6 / Num. measured all: 960069 / Scaling rejects: 236
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 16 % / Rmerge(I) obs: 1.164 / % possible all: 99.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
HKL-2000データ収集
Aimless0.5.17データスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
iMOSFLMデータ削減
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3NMY

3nmy
PDB 未公開エントリ


解像度: 2→95.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 3.614 / SU ML: 0.103 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.036 / ESU R Free: 0.034 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22346 2599 5 %RANDOM
Rwork0.16965 ---
obs0.17246 49750 99.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.576 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-12.67 Å20 Å20 Å2
2--12.67 Å20 Å2
3----25.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→95.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5617 0 6 487 6110
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0195746
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025450
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9511.9657802
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.503312491
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8255750
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.15623.787235
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.27815874
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.8271536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1450.2915
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.026548
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021282
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.8754.0243018
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.8754.0233017
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.846.0153762
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.8396.0163763
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.5874.3812728
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.5844.3812728
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.3346.4324041
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.67733.2226641
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.67833.2256642
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 170 -
Rwork0.219 3636 -
obs--99.22 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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