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万見
- PDB-5ij4: Solution structure of AN1-type zinc finger domain from Cuz1 (Cdc4... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ij4
タイトルSolution structure of AN1-type zinc finger domain from Cuz1 (Cdc48 associated ubiquitin-like/zinc-finger protein-1)
要素CDC48-associated ubiquitin-like/zinc finger protein 1
キーワードMETAL BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to arsenic-containing substance / cellular response to arsenite ion / stress granule disassembly / proteasome binding / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Zinc finger, AN1-type / AN1-like Zinc finger / AN1-like Zinc finger / Zinc finger AN1-type profile. / AN1-like Zinc finger
類似検索 - ドメイン・相同性
CDC48-associated ubiquitin-like/zinc finger protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Sun, Z.-Y.J. / Hanna, J. / Wagner, G. / Bhanu, M.K. / Allan, M. / Arthanari, H.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/Office of the Director5DP5-OD019800 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)PO1-GM047467 米国
National Institutes of Health/National Institute of Biomedical Imaging and Bioengineering (NIH/NIBIB)PO1-EB002026 米国
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2016
タイトル: Solution Structure of the Cuz1 AN1 Zinc Finger Domain: An Exposed LDFLP Motif Defines a Subfamily of AN1 Proteins.
著者: Sun, Z.J. / Bhanu, M.K. / Allan, M.G. / Arthanari, H. / Wagner, G. / Hanna, J.
履歴
登録2016年3月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / Structure summary / カテゴリ: entity / pdbx_audit_support
Item: _entity.pdbx_number_of_molecules / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年12月11日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CDC48-associated ubiquitin-like/zinc finger protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,1353
ポリマ－6,0041
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド CDC48-associated ubiquitin-like/zinc finger protein 1 / CDC48-associated UBL/Zn-finger protein 1


分子量: 6003.831 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 11-59 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CUZ1, YNL155W, N1751 / プラスミド: pJH190
詳細 (発現宿主): 6xHIS-Cuz1-AN1-ZnF (residues 11-59) in pET45b
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: P53899
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic13D 1H-15N NOESY
122isotropic13D 1H-13C NOESY
132isotropic13D HNCA
142isotropic13D HN(CO)CA
152isotropic13D HNCO
162isotropic13D HN(CA)CO
172isotropic13D HN(CA)CB
182isotropic13D HN(COCA)CB
192isotropic13D C(CO)NH
1102isotropic13D H(CCO)NH
1112isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1123isotropic22D NOESY
1133isotropic22D TOCSY
1142isotropic12D 1H-15N HSQC
1152isotropic12D 1H-13C HSQC
1162isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution11.0 mM [U-100% 15N] cuz1, 5 mM Tris, 50 mM NaCl, 0.2 mM ZnCl2, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2O15N-cuz190% H2O/10% D2O
solution20.7 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] cuz1, 5 mM Tris, 50 mM NaCl, 0.2 mM ZnCl2, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2O15N/13C-cuz190% H2O/10% D2O
solution30.85 mM cuz1, 5 mM [U-2H] Tris, 50 mM NaCl, 0.2 mM ZnCl2, 1 mM [U-2H] DTT, 100% D2Ounlabeled cuz1100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.0 mMcuz1[U-100% 15N]1
5 mMTrisnatural abundance1
50 mMNaClnatural abundance1
0.2 mMZnCl2natural abundance1
1 mMDTTnatural abundance1
0.7 mMcuz1[U-100% 13C; U-100% 15N]2
5 mMTrisnatural abundance2
50 mMNaClnatural abundance2
0.2 mMZnCl2natural abundance2
1 mMDTTnatural abundance2
0.85 mMcuz1natural abundance3
5 mMTris[U-2H]3
50 mMNaClnatural abundance3
0.2 mMZnCl2natural abundance3
1 mMDTT[U-2H]3
試料状態イオン強度: 50 mM / Label: regular / pH: 7.5 / 圧: 1 atm / 温度: 25 C

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Agilent DD2AgilentDD26001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III7502

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解析

NMR software
名称開発者分類
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
CARAKeller and Wuthrichpeak picking
hmsISTHyberts, S.G and Wagner, G解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: simulated annealing with torsion angle dynamics
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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