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- PDB-5iip: Staphylococcus aureus OpuCA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5iip
タイトルStaphylococcus aureus OpuCA
要素Glycine betaine/carnitine/choline ABC transporter%2C ATP-binding protein%2C putative
キーワードTRANSPORT PROTEIN / CBS domain / osmoprotection / c-di-AMP
機能・相同性
機能・相同性情報


ABC-type quaternary amine transporter / glycine betaine transport / amino acid transport / oxidoreductase activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Glycine betaine transport ATP-binding subunit / CBS-domain / CBS-domain / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. ...Glycine betaine transport ATP-binding subunit / CBS-domain / CBS-domain / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Roll / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Quaternary amine transport ATP-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Tosi, T. / Campeotto, I. / Freemont, P.S. / Grundling, A.
引用ジャーナル: Sci.Signal. / 年: 2016
タイトル: The second messenger c-di-AMP inhibits the osmolyte uptake system OpuC in Staphylococcus aureus.
著者: Schulte, L.E. / Schuster, C.F. / Tosi, T. / Campeotto, I. / Corrigan, R.M. / Freemont, P.S. / Grundling, A.
履歴
登録2016年3月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月7日Group: Database references
改定 1.22018年11月21日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues ...pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / struct_conn
改定 1.32024年1月10日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycine betaine/carnitine/choline ABC transporter%2C ATP-binding protein%2C putative
B: Glycine betaine/carnitine/choline ABC transporter%2C ATP-binding protein%2C putative
C: Glycine betaine/carnitine/choline ABC transporter%2C ATP-binding protein%2C putative
D: Glycine betaine/carnitine/choline ABC transporter%2C ATP-binding protein%2C putative


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,4904
ポリマ－87,4904
非ポリマー00
水27015
1
A: Glycine betaine/carnitine/choline ABC transporter%2C ATP-binding protein%2C putative
D: Glycine betaine/carnitine/choline ABC transporter%2C ATP-binding protein%2C putative


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7452
ポリマ－43,7452
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Glycine betaine/carnitine/choline ABC transporter%2C ATP-binding protein%2C putative
C: Glycine betaine/carnitine/choline ABC transporter%2C ATP-binding protein%2C putative


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7452
ポリマ－43,7452
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.150, 88.260, 61.790
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 114.790, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Glycine betaine/carnitine/choline ABC transporter%2C ATP-binding protein%2C putative / Glycine/betaine ABC transporter ATP-binding protein


分子量: 21872.396 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 237-408 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: opuCA, CH51_13130, ERS445052_00945, RL02_02500 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0D6GYR3, UniProt: A0A160MQL0*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.96 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% Peg3350, 100 mM MES pH 6, 0.2M NH4Cl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→88.26 Å / Num. all: 17664 / Num. obs: 17664 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.135 / Net I/σ(I): 3.2
反射 シェルRmerge(I) obs: 1.162

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
xia2データスケーリング
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
MR-Rosetta位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3kpb

3kpb


解像度: 2.5→47.344 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 32.79
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2804 881 5 %
Rwork0.2444 --
obs0.2463 17618 99.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 111.02 Å2 / Biso mean: 49.7837 Å2 / Biso min: 22.79 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→47.344 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3717 0 0 15 3732
Biso mean---44.12 -
残基数----462
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043760
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7175089
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.029628
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002655
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5961427
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5-2.65670.39391210.286927722893100
2.6567-2.86180.30841480.278627852933100
2.8618-3.14970.32031950.284827392934100
3.1497-3.60530.32961250.25428252950100
3.6053-4.54170.24631500.211727882938100
4.5417-47.35250.24731420.23792828297099

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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