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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ify
タイトルCrystal structure of Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase from Burkholderia vietnamiensis in complex with 2 -Deoxyuridine-5'-monophosphate and 2'-Deoxy-Thymidine-B-L-Rhamnose
要素Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase
キーワードTRANSFERASE / SSGCID / Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase / 2'-Deoxy-Thymidine-B-L-Rhamnose / 2 -Deoxyuridine-5'-monophosphate / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


glucose-1-phosphate thymidylyltransferase / glucose-1-phosphate thymidylyltransferase activity / extracellular polysaccharide biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase, short form / Nucleotidyl transferase domain / Nucleotidyl transferase / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXY-THYMIDINE-BETA-L-RHAMNOSE / 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia vietnamiensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase from Burkholderia vietnamiensis in complex with 2'-Deoxyuridine-5'-monophosphate and 2'-Deoxy-Thymidine-B-L-Rhamnose
著者: Abendroth, J. / Dranow, D.M. / Lorimer, D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2016年2月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase
B: Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase
C: Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase
D: Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase
E: Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase
F: Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)209,53918
ポリマ－204,4006
非ポリマー5,13912
水15,079837
1
A: Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase
B: Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase
C: Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase
D: Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,69312
ポリマ－136,2674
非ポリマー3,4268
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18610 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area40170 Å2
手法PISA
2
E: Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase
F: Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase
ヘテロ分子

E: Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase
F: Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,69312
ポリマ－136,2674
非ポリマー3,4268
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area19950 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area39630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.600, 254.720, 82.050
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11E-691-

HOH

21F-647-

HOH

31F-701-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 2:57 or (resid 58 and (name...
21(chain B and (resid 2:57 or (resid 58 and (name...
31(chain C and (resid 2:57 or (resid 58 and (name...
41(chain D and (resid 2:65 or resid 67:100 or resid...
51(chain E and (resid 2:57 or (resid 58 and (name...
61(chain F and (resid 2:57 or (resid 58 and (name...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALAPROPRO(chain A and (resid 2:57 or (resid 58 and (name...AA2 - 5710 - 65
12GLNGLNGLNGLN(chain A and (resid 2:57 or (resid 58 and (name...AA5866
13ALAALAUMPUMP(chain A and (resid 2:57 or (resid 58 and (name...AA - H2 - 50110
14ALAALAUMPUMP(chain A and (resid 2:57 or (resid 58 and (name...AA - H2 - 50110
15ALAALAUMPUMP(chain A and (resid 2:57 or (resid 58 and (name...AA - H2 - 50110
16ALAALAUMPUMP(chain A and (resid 2:57 or (resid 58 and (name...AA - H2 - 50110
21ALAALAPROPRO(chain B and (resid 2:57 or (resid 58 and (name...BB2 - 5710 - 65
22GLNGLNGLNGLN(chain B and (resid 2:57 or (resid 58 and (name...BB5866
23METMETUMPUMP(chain B and (resid 2:57 or (resid 58 and (name...BB - J1 - 5019
24METMETUMPUMP(chain B and (resid 2:57 or (resid 58 and (name...BB - J1 - 5019
25METMETUMPUMP(chain B and (resid 2:57 or (resid 58 and (name...BB - J1 - 5019
26METMETUMPUMP(chain B and (resid 2:57 or (resid 58 and (name...BB - J1 - 5019
31ALAALAPROPRO(chain C and (resid 2:57 or (resid 58 and (name...CC2 - 5710 - 65
32GLNGLNGLNGLN(chain C and (resid 2:57 or (resid 58 and (name...CC5866
33ALAALAUMPUMP(chain C and (resid 2:57 or (resid 58 and (name...CC - L2 - 50110
34ALAALAUMPUMP(chain C and (resid 2:57 or (resid 58 and (name...CC - L2 - 50110
35ALAALAUMPUMP(chain C and (resid 2:57 or (resid 58 and (name...CC - L2 - 50110
36ALAALAUMPUMP(chain C and (resid 2:57 or (resid 58 and (name...CC - L2 - 50110
41ALAALASERSER(chain D and (resid 2:65 or resid 67:100 or resid...DD2 - 6510 - 73
42LEULEUGLYGLY(chain D and (resid 2:65 or resid 67:100 or resid...DD67 - 10075 - 108
43GLUGLUGLUGLU(chain D and (resid 2:65 or resid 67:100 or resid...DD102 - 123110 - 131
44ARGARGALAALA(chain D and (resid 2:65 or resid 67:100 or resid...DD124 - 125132 - 133
45ALAALAUMPUMP(chain D and (resid 2:65 or resid 67:100 or resid...DD - N2 - 50110
46ALAALAUMPUMP(chain D and (resid 2:65 or resid 67:100 or resid...DD - N2 - 50110
47ALAALAUMPUMP(chain D and (resid 2:65 or resid 67:100 or resid...DD - N2 - 50110
48ALAALAUMPUMP(chain D and (resid 2:65 or resid 67:100 or resid...DD - N2 - 50110
51ALAALAPROPRO(chain E and (resid 2:57 or (resid 58 and (name...EE2 - 5710 - 65
52GLNGLNGLNGLN(chain E and (resid 2:57 or (resid 58 and (name...EE5866
53ALAALAUMPUMP(chain E and (resid 2:57 or (resid 58 and (name...EE - P2 - 50110
54ALAALAUMPUMP(chain E and (resid 2:57 or (resid 58 and (name...EE - P2 - 50110
55ALAALAUMPUMP(chain E and (resid 2:57 or (resid 58 and (name...EE - P2 - 50110
56ALAALAUMPUMP(chain E and (resid 2:57 or (resid 58 and (name...EE - P2 - 50110
61ALAALAPROPRO(chain F and (resid 2:57 or (resid 58 and (name...FF2 - 5710 - 65
62GLNGLNGLNGLN(chain F and (resid 2:57 or (resid 58 and (name...FF5866
63ALAALAUMPUMP(chain F and (resid 2:57 or (resid 58 and (name...FF - R2 - 50110
64ALAALAUMPUMP(chain F and (resid 2:57 or (resid 58 and (name...FF - R2 - 50110
65ALAALAUMPUMP(chain F and (resid 2:57 or (resid 58 and (name...FF - R2 - 50110
66ALAALAUMPUMP(chain F and (resid 2:57 or (resid 58 and (name...FF - R2 - 50110

-
要素

#1: タンパク質
Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase


分子量: 34066.629 Da / 分子数: 6 / 断片: BuviA.00118.a.B1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia vietnamiensis (strain G4 / LMG 22486) (バクテリア)
株: G4 / LMG 22486 / 遺伝子: Bcep1808_0806 / プラスミド: BuviA.00118.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A4JC15, glucose-1-phosphate thymidylyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-TRH / 2'-DEOXY-THYMIDINE-BETA-L-RHAMNOSE / dTDP-L-ラムノ-ス


分子量: 548.330 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H26N2O15P2
#3: 化合物
ChemComp-UMP / 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / DUMP / dUMP


分子量: 308.182 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H13N2O8P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 837 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: MCSG1 b8: 25.5% PEG 4000, 15% Glycerol, 170mM NaOAc, 100mM Tris base/HCl pH 8.5 BuviA.00118.a.B1.PS02510 (21mg/ml) + 4mM each Glucose-1-phosphate, dUTP (neither of which is bound); cryo: ...詳細: MCSG1 b8: 25.5% PEG 4000, 15% Glycerol, 170mM NaOAc, 100mM Tris base/HCl pH 8.5 BuviA.00118.a.B1.PS02510 (21mg/ml) + 4mM each Glucose-1-phosphate, dUTP (neither of which is bound); cryo: direct; tray 267382b8, puck zto7-1

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月19日
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→46.197 Å / Num. obs: 109242 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 33.85 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 14.52
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.25-2.3150.4843.07199.9
2.31-2.370.4253.54199.9
2.37-2.440.3773.95199.9
2.44-2.520.2955.02199.9
2.52-2.60.2416.16199.8
2.6-2.690.2077.11199.8
2.69-2.790.1738.46199.9
2.79-2.90.13710.51199.8
2.9-3.030.1112.8199.8
3.03-3.180.08915.45199.8
3.18-3.350.07418.39199.7
3.35-3.560.06122.09199.5
3.56-3.80.05225.13199.4
3.8-4.110.04528.81199.3
4.11-4.50.04131.38199.2
4.5-5.030.03832.78198.9
5.03-5.810.03831.92198.8
5.81-7.120.0431.43198.5
7.12-10.060.03635.37197.8
10.06-46.1970.03533.81192.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIXdev_2328精密化
PDB_EXTRACTデータ抽出
XDSデータ削減
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1fxo, chain A

1fxo


解像度: 2.25→46.197 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.04
Rfactor反射数%反射
Rfree0.197 1984 1.82 %
Rwork0.1569 --
obs0.1576 109167 99.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 121.78 Å2 / Biso mean: 42.2469 Å2 / Biso min: 13.21 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.25→46.197 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13303 0 330 837 14470
Biso mean--37.87 40.98 -
残基数----1753
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00913996
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.99519143
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0592151
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072554
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8698346
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A7307X-RAY DIFFRACTION8.595TORSIONAL
12B7307X-RAY DIFFRACTION8.595TORSIONAL
13C7307X-RAY DIFFRACTION8.595TORSIONAL
14D7307X-RAY DIFFRACTION8.595TORSIONAL
15E7307X-RAY DIFFRACTION8.595TORSIONAL
16F7307X-RAY DIFFRACTION8.595TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.25-2.30630.28271280.211276047732100
2.3063-2.36870.26351390.201676407779100
2.3687-2.43840.22611260.190276017727100
2.4384-2.51710.23391580.177475647722100
2.5171-2.6070.21491290.170276207749100
2.607-2.71140.22991480.1875927740100
2.7114-2.83480.21841680.175276587826100
2.8348-2.98420.25371320.170676267758100
2.9842-3.17110.21671340.173876577791100
3.1711-3.41590.18451500.167376697819100
3.4159-3.75950.2081350.149776617796100
3.7595-4.30320.17491410.12627699784099
4.3032-5.42020.13551450.12447745789099
5.4202-46.2070.18011510.15497847799897
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3845-0.6919-0.99721.18090.34842.4618-0.2842-0.5366-0.39270.14830.16660.03190.38130.20490.08450.21210.06850.07740.29330.11250.2997-32.405243.8033-18.9121
22.7567-0.38830.10062.91070.18050.9016-0.01690.0438-0.4437-0.1867-0.05990.11030.1746-0.09010.07330.23360.01490.05440.18030.01290.256-31.526643.6211-31.61
34.2946-0.03371.72480.2150.91195.545-0.0954-0.17230.9738-0.8218-0.2194-0.547-0.91050.24430.07010.53780.08790.12270.15930.12650.459-16.669361.5913-28.8248
42.9283-0.31830.59782.05421.43473.0308-0.01240.0123-0.0178-0.17780.0912-0.4730.10450.1561-0.04040.18590.01540.10170.15660.04580.3072-15.556449.2112-31.2216
50.59780.0504-0.28312.73832.52472.5227-0.05570.0785-0.1529-0.344-0.0423-0.1054-0.62530.3914-0.05760.3147-0.02480.08340.16750.01180.2706-15.464151.3933-37.9392
62.11080.3763-0.7692.19990.10461.5027-0.0591-0.0774-0.2697-0.1242-0.01820.16480.1021-0.0860.10830.16670.04040.01020.18560.05690.2725-42.93752.5609-26.6072
72.7381-1.04982.61582.6835-4.38149.0839-0.1742-0.26040.02070.00710.20020.8068-0.3888-1.2145-0.08860.26310.0086-0.00240.3469-0.00420.5276-55.106451.1079-29.3986
81.4179-0.38651.03432.5583-1.52174.6838-0.0344-0.16310.03260.18120.17370.3309-0.4737-0.332-0.08440.19130.0498-0.02310.17140.00290.2204-44.938281.8534-16.8332
92.1878-0.75220.32212.3691-0.10921.0869-0.04040.03690.2299-0.0455-0.0365-0.1449-0.23920.00460.07020.21880.0242-0.03810.16670.0270.1512-42.686985.0956-28.5711
102.2249-0.0753-0.42713.8778-0.78182.1638-0.04550.0226-0.1-0.17710.03290.46430.0433-0.14940.01620.15890.0425-0.07460.2385-0.01050.1884-57.815675.9268-33.4545
112.0664-0.08231.02950.85870.14711.0746-0.02290.0526-0.0179-0.07270.01090.0427-0.02180.01970.02290.17470.0290.01240.1824-0.00410.1459-40.615274.0872-27.7154
122.53140.2301-0.74575.5411-2.5842.27510.0037-0.04820.1018-0.145-0.0982-0.09170.03310.47470.15770.21380.0127-0.06170.28870.04320.3102-19.648280.9007-20.0327
130.54080.3485-1.19910.6007-1.47764.7833-0.1639-0.4115-0.38240.04160.05590.08840.71240.23210.06340.36140.15620.10270.46430.18040.3937-42.443240.7092-1.4341
142.2822-0.2333-0.34291.6484-0.8481.3943-0.0643-0.1953-0.6741-0.3371-0.3096-0.22771.00040.50210.28730.67670.2660.20920.49180.16790.4477-44.466434.64763.1517
153.9590.3557-0.28852.6152-0.81842.45830.0048-0.09780.16220.2973-0.11470.0279-0.08430.26030.00650.30930.03270.08480.41010.09230.2803-56.076450.718511.4257
161.64950.4256-1.211.4737-0.60512.3118-0.1394-0.3452-0.33440.0915-0.0609-0.1240.3760.45980.07450.28020.13550.04510.48620.12220.2604-45.444745.87585.6489
170.6092-0.6808-1.43710.97930.87926.86260.319-0.77020.59960.4464-0.050.0591-0.74280.6375-0.2420.341-0.00870.02010.404-0.05880.2773-37.355780.5641-0.8215
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200.58740.25910.29452.544-0.31592.30620.0143-0.6582-0.00550.2694-0.01950.3698-0.1052-0.1349-0.00850.23450.00420.02050.48810.01530.2179-48.482970.53633.5062
212.19090.1823-1.72592.2444-0.7897.48290.0103-0.2254-0.19830.13110.2441.13560.5054-0.9602-0.50850.33610.03340.05880.63380.04420.5429-61.236270.20273.1268
221.6212-0.4981-0.62971.81770.99212.27790.06180.04210.14670.04790.19340.1735-0.2468-0.1463-0.16850.27860.00380.02950.20770.06780.3625-13.51314.6728-32.9274
232.6179-0.613-0.13972.64310.64511.5053-0.1138-0.14280.09270.3720.1910.5327-0.016-0.214-0.09630.32990.04950.0920.21290.07280.3681-18.211615.2858-22.5584
244.63811.3969-2.37066.6035-1.46363.4594-0.3046-0.5649-0.06420.46840.1919-0.43540.33460.43150.06940.41540.139-0.07090.2385-0.02320.31610.863715.0404-15.2115
251.3257-0.42090.08322.40330.44721.0615-0.0778-0.15070.06380.43280.23550.10850.0186-0.061-0.14410.33690.05750.01960.18790.02990.2635-7.701112.946-20.5863
263.2818-2.91670.95767.7615-5.52764.4994-0.1342-0.246-0.76710.0521-0.09370.41981.2926-0.12780.20720.5458-0.02440.06350.32480.12310.7996-19.9074-9.6743-25.5765
270.34990.23630.08431.7473-0.36928.7343-0.01850.0464-0.0769-0.10230.22150.6165-0.2592-0.9486-0.10390.2981-0.094-0.12670.36120.14940.6679-22.42435.2689-47.9208
281.37270.5583-0.11891.81260.08771.20010.06520.0016-0.153-0.19680.23720.629-0.3924-0.5782-0.2130.31190.0028-0.05930.32980.12440.4226-17.558312.2911-52.3894
290.6592-0.1953-0.00932.1748-0.09151.0575-0.01770.1544-0.2588-0.52530.25730.8952-0.0438-0.4868-0.16350.3988-0.0945-0.21640.45090.17040.6253-22.6639.0894-59.8332
304.55050.54180.73850.2443-0.37454.45-0.14790.4394-0.2542-0.83910.16330.47160.4530.0025-0.0650.631-0.1254-0.1740.314-0.00540.37-13.6043-6.9725-64.9105
310.538-0.6621-0.32892.7787-0.13611.6556-0.03720.1899-0.2688-0.63570.2720.88080.3779-0.4413-0.08560.4992-0.2398-0.27350.34070.10640.5261-17.7653-4.3645-59.6175
321.90030.19971.14155.8783-0.22613.5398-0.00870.2091-0.0075-0.58140.1142-0.1224-0.07030.1483-0.25690.3094-0.06440.0060.19670.02050.2366-3.560422.3685-57.0856
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 34 )A2 - 34
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 35 through 138 )A35 - 138
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 139 through 155 )A139 - 155
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 156 through 198 )A156 - 198
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 199 through 216 )A199 - 216
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 217 through 275 )A217 - 275
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 276 through 294 )A276 - 294
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 1 through 34 )B1 - 34
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 35 through 138 )B35 - 138
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 139 through 198 )B139 - 198
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 199 through 264 )B199 - 264
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 265 through 293 )B265 - 293
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 2 through 55 )C2 - 55
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 56 through 117 )C56 - 117
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 118 through 155 )C118 - 155
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 156 through 290 )C156 - 290
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 2 through 34 )D2 - 34
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 35 through 138 )D35 - 138
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 139 through 217 )D139 - 217
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 218 through 275 )D218 - 275
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 276 through 294 )D276 - 294
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'E' and (resid 2 through 34 )E2 - 34
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'E' and (resid 35 through 117 )E35 - 117
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'E' and (resid 118 through 155 )E118 - 155
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'E' and (resid 156 through 275 )E156 - 275
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'E' and (resid 276 through 294 )E276 - 294
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'F' and (resid 2 through 24 )F2 - 24
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'F' and (resid 25 through 67 )F25 - 67
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'F' and (resid 68 through 117 )F68 - 117
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'F' and (resid 118 through 155 )F118 - 155
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'F' and (resid 156 through 246 )F156 - 246
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'F' and (resid 247 through 293 )F247 - 293

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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