PDB-5id4: Crystal structure of Proteus mirabilis ScsC in an extended confor...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5id4

タイトル

Crystal structure of Proteus mirabilis ScsC in an extended conformation

要素

DsbA-like protein

キーワード

ISOMERASE / thioredoxin fold / disulfide isomerase / trimer / copper resistance

機能・相同性

:

機能・相同性情報

生物種

Proteus mirabilis ATCC 29906 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.921 Å

データ登録者

Furlong, E.J. / Kurth, F. / Choudhury, H.G. / Martin, J.L.

資金援助

オーストラリア, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Proteus mirabilis ScsC is a highly dynamic, novel trimeric protein disulfide isomerase
著者: Kurth, F. / Furlong, E.J. / Lo, A.W. / Premkumar, L. / Totsika, M. / Whitten, A.E. / Achard, M.E.S. / Halili, M.A. / Heras, B. / Choudhury, H.G. / Schembri, M.A. / Martin, J.L.

履歴

登録	2016年2月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年7月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年1月17日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5id4.cif.gz	138.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5id4.ent.gz	113.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5id4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5id4_validation.pdf.gz	423.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5id4_full_validation.pdf.gz	428.9 KB	表示
XML形式データ	5id4_validation.xml.gz	9.9 KB	表示
CIF形式データ	5id4_validation.cif.gz	12.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/id/5id4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/id/5id4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4yx8 PDB 未公開エントリS 5idr 6nen S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	487 5937 3e0o-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: DsbA-like protein

24.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DsbA-like protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
74.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.745, 86.745, 330.858
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

#1: タンパク質	DsbA-like protein 分子量: 24800.443 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 22-243 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Proteus mirabilis ATCC 29906 (バクテリア) 遺伝子: HMPREF0693_3732 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: C2LPE2
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 74.53 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 32% Jeffamine M-600 pH 7, 0.1 M HEPES pH 8, 2.5 mM Copper(II) chloride PH範囲: 7-8

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Australian Synchrotron

/ ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月10日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9537 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.92→110.29 Å / Num. obs: 10755 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.1 % / B_iso Wilson estimate: 85.97 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.059 / R_pim(I) all: 0.033 / R_rim(I) all: 0.068 / Net I/σ(I): 14.2 / Num. measured all: 44513

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.92-3.08	4.3	0.554	6606	1536	0.97	0.302	0.632	2.8	99.8
9.24-110.29	3.4	0.038	1200	357	0.997	0.022	0.044	33.6	91.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
Aimless	0.5.8	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4YX8

4yx8
PDB 未公開エントリ

解像度: 2.921→40.363 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 35.3 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2634	517	4.85 %
R_work	0.2506	10135	-
obs	0.2512	10652	98.28 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 214.71 Å² / B_iso mean: 108.8807 Å² / B_iso min: 9.16 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.921→40.363 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1714	0	0	0	1714
残基数	-	-	-	-	221

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	1746
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.172	2364
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	281
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	306
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.074	673

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.9211-3.215	0.36	136	0.3658	2460	2596	98
3.215-3.6799	0.3374	114	0.2986	2505	2619	98
3.6799-4.6352	0.2802	129	0.2557	2542	2671	99
4.6352-40.3671	0.2221	138	0.219	2628	2766	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9171	-0.4511	-2.4934	0.4077	1.8547	5.0687	0.1338	-0.4117	0.4602	-0.1279	0.2857	-0.0833	-0.2797	-0.0995	-0.3332	0.9224	0.1749	-0.0681	0.8345	0.0449	0.7002	-9.9066	-42.3468	7.223
2	6.2482	0.3511	0.4297	6.469	0.6449	9.0715	-0.1559	0.2782	-0.3729	-0.3519	0.3666	-0.9828	0.3588	3.2507	-0.1417	0.9405	0.1557	-0.0111	1.9308	-0.1997	0.7688	-21.3829	-30.4545	39.0052

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 67 )	A	2 - 67
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 68 through 222 )	A	68 - 222

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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