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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5icw | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of human NatF (hNaa60) homodimer bound to Coenzyme A | |||||||||||||||||||||
![]() | N-alpha-acetyltransferase 60 | |||||||||||||||||||||
![]() | TRANSFERASE / Acetylation / GNAT / NAT | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() N-terminal methionine Nalpha-acetyltransferase NatF / N-terminal peptidyl-methionine acetylation / N-terminal protein amino acid acetylation / peptide alpha-N-acetyltransferase activity / histone H4 acetyltransferase activity / histone acetyltransferase activity / histone acetyltransferase / chromosome segregation / nucleosome assembly / cell population proliferation ...N-terminal methionine Nalpha-acetyltransferase NatF / N-terminal peptidyl-methionine acetylation / N-terminal protein amino acid acetylation / peptide alpha-N-acetyltransferase activity / histone H4 acetyltransferase activity / histone acetyltransferase activity / histone acetyltransferase / chromosome segregation / nucleosome assembly / cell population proliferation / Golgi membrane / protein homodimerization activity 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
![]() | Stove, S.I. / Magin, R.S. / Marmorstein, R. / Arnesen, T. | |||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of the Golgi-Associated Human N alpha-Acetyltransferase 60 Reveals the Molecular Determinants for Substrate-Specific Acetylation. 著者: Stve, S.I. / Magin, R.S. / Foyn, H. / Haug, B.E. / Marmorstein, R. / Arnesen, T. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 168.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 133.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20767.590 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9H7X0, histone acetyltransferase, EC: 2.3.1.88 #2: 化合物 | ChemComp-COA / #3: 化合物 | ChemComp-CL / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 3% Tascimate, 0.1 M Bistris pH 6.5 and 16% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月2日 |
放射 | モノクロメーター: Rigaku Osmic VariMax HF / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.951→46.458 Å / Num. obs: 52859 / % possible obs: 94.63 % / 冗長度: 13 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 12.82 |
反射 シェル | 解像度: 1.951→1.989 Å |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4LX9 解像度: 1.951→46.249 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 31.57 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.951→46.249 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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