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- PDB-5ic5: Bacteriophytochrome response regulator RtBRR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ic5
タイトルBacteriophytochrome response regulator RtBRR
要素Candidate response regulator, CheY
キーワードSIGNALING PROTEIN / bacteriophytochrome / response regulator / stable dimer / two component system
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay signal transduction system / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CACODYLATE ION / Candidate response regulator, CheY
類似検索 - 構成要素
生物種Ramlibacter tataouinensis
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Baker, A.W. / Satyshur, K.A. / Forest, K.T.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)DGE-1256259 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5T32GM008349-23 米国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB 1518160 米国
引用ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2016
タイトル: Arm-in-Arm Response Regulator Dimers Promote Intermolecular Signal Transduction.
著者: Baker, A.W. / Satyshur, K.A. / Moreno Morales, N. / Forest, K.T.
履歴
登録2016年2月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2016年3月2日ID: 5BRI
改定 1.02016年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年10月21日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / reflns ...pdbx_struct_conn_angle / reflns / reflns_shell / struct_conn
Item: _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id ..._pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _reflns.pdbx_Rsym_value / _reflns_shell.Rmerge_I_obs / _reflns_shell.pdbx_Rsym_value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.42024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Candidate response regulator, CheY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0286
ポリマ－18,6711
非ポリマー3585
水2,216123
1
A: Candidate response regulator, CheY
ヘテロ分子

A: Candidate response regulator, CheY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,05612
ポリマ－37,3412
非ポリマー71510
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_556-x,y,-z+11
Buried area3310 Å2
ΔGint-131 kcal/mol
Surface area17470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.714, 47.714, 193.488
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-205-

CAC

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要素

#1: タンパク質 Candidate response regulator, CheY


分子量: 18670.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ramlibacter tataouinensis (strain ATCC BAA-407 / DSM 14655 / LMG 21543 / TTB310) (バクテリア)
株: ATCC BAA-407 / DSM 14655 / LMG 21543 / TTB310 / 遺伝子: Rta_25480 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: F5Y2U8
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン


分子量: 136.989 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.25 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: zinc acetate, sodium cacodylate, magnesium chloride, isopropanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.83→38.3 Å / Num. obs: 37570 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 1.81 % / Biso Wilson estimate: 33 Å2 / Rsym value: 0.034 / Net I/σ(I): 22.87
反射 シェル解像度: 1.83→1.95 Å / 冗長度: 1.81 % / Mean I/σ(I) obs: 1.13 / Rsym value: 0.664 / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1690精密化
HKL-2000データ削減
PHENIX1.9_1690位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→38.3 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.69
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2128 3245 9.64 %random
Rwork0.1752 ---
obs0.179 33646 99.99 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→38.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1312 0 9 123 1444
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0171437
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6441921
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.615539
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.083222
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007253
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9001-1.92850.40361380.31461351X-RAY DIFFRACTION100
1.9285-1.95860.26441390.29021300X-RAY DIFFRACTION100
1.9586-1.99070.35261420.25391350X-RAY DIFFRACTION100
1.9907-2.0250.30121350.24421283X-RAY DIFFRACTION100
2.025-2.06190.30011460.22341342X-RAY DIFFRACTION100
2.0619-2.10150.24741470.22251309X-RAY DIFFRACTION100
2.1015-2.14440.29061380.21531313X-RAY DIFFRACTION100
2.1444-2.1910.23411400.19351341X-RAY DIFFRACTION100
2.191-2.2420.26141420.19851305X-RAY DIFFRACTION100
2.242-2.2980.22921400.18411324X-RAY DIFFRACTION100
2.298-2.36020.23321420.17871339X-RAY DIFFRACTION100
2.3602-2.42960.24551440.18921312X-RAY DIFFRACTION100
2.4296-2.5080.19671450.18171347X-RAY DIFFRACTION100
2.508-2.59760.2441280.18431310X-RAY DIFFRACTION100
2.5976-2.70160.27071420.19321319X-RAY DIFFRACTION100
2.7016-2.82450.26821490.18041311X-RAY DIFFRACTION100
2.8245-2.97340.25961400.1751326X-RAY DIFFRACTION100
2.9734-3.15960.22391390.18661319X-RAY DIFFRACTION100
3.1596-3.40340.20121410.16641327X-RAY DIFFRACTION100
3.4034-3.74570.21061430.15191315X-RAY DIFFRACTION100
3.7457-4.2870.15531450.14541314X-RAY DIFFRACTION100
4.287-5.39880.17551430.13471320X-RAY DIFFRACTION100
5.3988-38.3660.15881370.1751324X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 5.0602 Å / Origin y: 25.9874 Å / Origin z: 81.1031 Å
111213212223313233
T0.2047 Å2-0.0397 Å20.0294 Å2-0.1636 Å2-0.0127 Å2--0.1781 Å2
L1.9205 °2-0.73 °2-0.1445 °2-0.8896 °20.0999 °2--1.2934 °2
S-0.0084 Å °-0.024 Å °-0.0732 Å °-0.0232 Å °0.0046 Å °0.0818 Å °0.0661 Å °-0.1288 Å °0.0102 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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