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- PDB-5ibv: Crystal Structure of Human Astrovirus capsid protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ibv
タイトルCrystal Structure of Human Astrovirus capsid protein
要素Capsid polyprotein VP90
キーワードVIRAL PROTEIN / Astrovirus / Capsid
機能・相同性Turkey astrovirus capsid protein / Turkey astrovirus capsid protein / Capsid, astroviral / Astrovirus capsid protein nucleoplasmin-like domain / T=3 icosahedral viral capsid / Viral coat protein subunit / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / identical protein binding / Capsid polyprotein VP90
機能・相同性情報
生物種Human astrovirus-8 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Tao, Y.J. / Toh, Y.S.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI103777 米国
Welch FoundationC-1565 米国
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2016
タイトル: Crystal Structure of the Human Astrovirus Capsid Protein.
著者: Toh, Y. / Harper, J. / Dryden, K.A. / Yeager, M. / Arias, C.F. / Mendez, E. / Tao, Y.J.
履歴
登録2016年2月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月10日Group: Database references
改定 1.22016年10月12日Group: Database references
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support ...citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification / _software.name
改定 1.42019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid polyprotein VP90


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7731
ポリマ－37,7731
非ポリマー00
水1,31573
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.983, 59.236, 56.197
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.45, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Capsid polyprotein VP90


分子量: 37772.746 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 71-416 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Human astrovirus-8 (ウイルス) / 遺伝子: ORF2 / プラスミド: HSstV-8 CP71-415 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9IFX1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.55 % / 解説: rod shape
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, 0.2 M ammoium phosphate, 22% PEG 4000

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→30 Å / Num. obs: 18278 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4 % / CC1/2: 0.706 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 17.9
反射 シェル解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.507 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 97.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
HKL-2000データスケーリング
PHASES位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.15→30 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.18
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2458 3573 10.14 %0.05
Rwork0.2095 ---
obs0.2132 35248 97.55 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2437 0 0 73 2510
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012512
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2073432
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4791479
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071402
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008434
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1554-2.18370.3283680.3524718X-RAY DIFFRACTION57
2.1837-2.21360.39011160.35181187X-RAY DIFFRACTION95
2.2136-2.24520.38531410.32151232X-RAY DIFFRACTION98
2.2452-2.27870.3311570.3081214X-RAY DIFFRACTION98
2.2787-2.31430.30861250.28441210X-RAY DIFFRACTION99
2.3143-2.35230.3051400.28411289X-RAY DIFFRACTION99
2.3523-2.39280.31561360.24971240X-RAY DIFFRACTION100
2.3928-2.43630.30311710.25451214X-RAY DIFFRACTION100
2.4363-2.48310.28211290.26211259X-RAY DIFFRACTION100
2.4831-2.53380.29341360.22941249X-RAY DIFFRACTION100
2.5338-2.58880.29141420.23841244X-RAY DIFFRACTION100
2.5888-2.6490.26581350.22391237X-RAY DIFFRACTION100
2.649-2.71520.31431540.23141274X-RAY DIFFRACTION100
2.7152-2.78860.33871450.20911210X-RAY DIFFRACTION100
2.7886-2.87060.21311290.20951246X-RAY DIFFRACTION100
2.8706-2.96320.26061430.20741249X-RAY DIFFRACTION100
2.9632-3.0690.26521440.21991252X-RAY DIFFRACTION100
3.069-3.19170.22821450.20541231X-RAY DIFFRACTION99
3.1917-3.33680.25281140.18971274X-RAY DIFFRACTION100
3.3368-3.51240.19591460.17561246X-RAY DIFFRACTION99
3.5124-3.73210.24141440.18421259X-RAY DIFFRACTION100
3.7321-4.01960.19121380.18751221X-RAY DIFFRACTION99
4.0196-4.42290.19571480.1641221X-RAY DIFFRACTION99
4.4229-5.06020.17831520.15181226X-RAY DIFFRACTION98
5.0602-6.36490.21951420.19031235X-RAY DIFFRACTION99
6.3649-29.62080.24081330.211238X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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