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万見
- PDB-5iaz: The C-terminal domain of rice beta-galactosidase 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5iaz
タイトルThe C-terminal domain of rice beta-galactosidase 1
要素beta-galactosidase 1
キーワードHYDROLASE / glycoside hydrolase / exoglycosidase / beta-sandwich
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-galactosidase / beta-galactosidase activity / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Beta-galactosidase, beta-sandwich domain / Beta-sandwich domain in beta galactosidase / D-galactoside/L-rhamnose binding SUEL lectin domain superfamily / D-galactoside/L-rhamnose binding SUEL lectin domain / Galactose binding lectin domain / SUEL-type lectin domain profile. / Glycoside hydrolase 35, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 35 / Glycoside hydrolase, family 35 / Galactose-binding-like domain superfamily / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-galactosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa subsp. indica (イネ)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing
データ登録者Rimlumduan, T. / Hua, Y.-l. / Tanaka, T. / Ketudat-Cairns, J.R.
資金援助 タイ, 1件
組織認可番号国
the Commission on Higher Education of Thailand タイ
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2016
タイトル: Structure of a plant beta-galactosidase C-terminal domain
著者: Rimlumduan, T. / Hua, Y.-L. / Tanaka, T. / Ketudat Cairns, J.R.
履歴
登録2016年2月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月17日Group: Database references
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / Other / Structure summary
カテゴリ: citation / database_2 ...citation / database_2 / entity / pdbx_database_status
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_number_of_molecules / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: beta-galactosidase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,0301
ポリマ－13,0301
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area8220 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)25 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1medoid

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要素

#1: タンパク質 beta-galactosidase 1 / Putative uncharacterized protein


分子量: 13029.779 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain, UNP residues 734-851 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryza sativa subsp. indica (イネ) / 遺伝子: OsI_10152 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami B(DE3) / 参照: UniProt: B8ANX7

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic22D 1H-1H NOESY
122isotropic22D 1H-1H NOESY
133isotropic33D 1H-15N NOESY
143isotropic33D HNHA
154isotropic12D 1H-15N HSQC
164isotropic12D 1H-13C HSQC
174isotropic13D HNCO
184isotropic13D CBCA(CO)NH
194isotropic13D HN(CA)CB
1104isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1114isotropic13D C(CO)NH
1124isotropic13D HBCBCACOCAHA
1134isotropic13D 1H-13C NOESY
1145isotropic22D 1H-13C HSQC

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.5 mM OsBGal1 Cter, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 95 % H2O, 5 % [U-2H] D2O, 95% H2O/5% D2Onon-labelled_sample95% H2O/5% D2O
solution20.54 mM OsBGal1 Cter, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 100 % [U-2H] D2O, 100% D2Onon-labelled_sample100% D2O
solution30.79 mM [U-100% 15N] OsBGal1 Cter, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 95 % H2O, 5 % [U-2H] D2O, 95% H2O/5% D2O15N_sample95% H2O/5% D2O
solution40.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] OsBGal1 Cter, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 95 % H2O, 5 % [U-2H] D2O, 95% H2O/5% D2O13C_15N_sample95% H2O/5% D2O
solution50.18 mM [U-10% 13C] OsBGal1 Cter, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 95 % H2O, 5 % [U-2H] D2O, 95% H2O/5% D2O10%_13C_sample95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMOsBGal1 Cternatural abundance1
20 mMsodium phosphatenatural abundance1
100 mMsodium chloridenatural abundance1
95 %H2Onatural abundance1
5 %D2O[U-2H]1
0.54 mMOsBGal1 Cternatural abundance2
20 mMsodium phosphatenatural abundance2
100 mMsodium chloridenatural abundance2
100 %D2O[U-2H]2
0.79 mMOsBGal1 Cter[U-100% 15N]3
20 mMsodium phosphatenatural abundance3
100 mMsodium chloridenatural abundance3
95 %H2Onatural abundance3
5 %D2O[U-2H]3
0.5 mMOsBGal1 Cter[U-100% 13C; U-100% 15N]4
20 mMsodium phosphatenatural abundance4
100 mMsodium chloridenatural abundance4
95 %H2Onatural abundance4
5 %D2O[U-2H]4
0.18 mMOsBGal1 Cter[U-10% 13C]5
20 mMsodium phosphatenatural abundance5
100 mMsodium chloridenatural abundance5
95 %H2Onatural abundance5
5 %D2O[U-2H]5
試料状態イオン強度: 120 mM / Label: conditions_1 / pH: 7.4 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian UNITY INOVAVarianUNITY INOVA5001
Bruker AVANCE DRXBrukerAVANCE DRX8002
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
PIPPGarrettpeak picking
X-PLORv3.1Brunger精密化
ProcheckNMRLaskowski and MacArthurデータ解析
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 4
代表構造選択基準: medoid
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 25

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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