+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5i85 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | aSMase with zinc and phosphocholine | |||||||||
![]() | Sphingomyelin phosphodiesterase | |||||||||
![]() | HYDROLASE / acid sphingomyelinase / phosphocholine | |||||||||
機能・相同性 | ![]() acid sphingomyelin phosphodiesterase activity / sphingomyelin catabolic process / sphingomyelin metabolic process / sphingomyelin phosphodiesterase / sphingomyelin phosphodiesterase activity / lamellar body / phospholipase C / phosphatidylcholine phospholipase C activity / endolysosome / termination of signal transduction ...acid sphingomyelin phosphodiesterase activity / sphingomyelin catabolic process / sphingomyelin metabolic process / sphingomyelin phosphodiesterase / sphingomyelin phosphodiesterase activity / lamellar body / phospholipase C / phosphatidylcholine phospholipase C activity / endolysosome / termination of signal transduction / glycosphingolipid catabolic process / ceramide biosynthetic process / plasma membrane repair / Glycosphingolipid catabolism / response to type I interferon / hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / response to ionizing radiation / positive regulation of endocytosis / response to tumor necrosis factor / : / negative regulation of MAP kinase activity / cellular response to calcium ion / response to interleukin-1 / cholesterol metabolic process / lysosomal lumen / lipid droplet / response to cocaine / wound healing / response to virus / cellular response to UV / nervous system development / endosome / positive regulation of viral entry into host cell / lysosome / response to xenobiotic stimulus / symbiont entry into host cell / positive regulation of apoptotic process / signal transduction / extracellular space / zinc ion binding / extracellular exosome / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Zhou, Y.F. / Wei, R.R. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Human acid sphingomyelinase structures provide insight to molecular basis of Niemann-Pick disease. 著者: Zhou, Y.F. / Metcalf, M.C. / Garman, S.C. / Edmunds, T. / Qiu, H. / Wei, R.R. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 237 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 188.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-
要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 65114.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
---|
-糖 , 4種, 6分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
#2: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
---|---|
#3: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
#4: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
#5: 糖 |
-非ポリマー , 4種, 275分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/PC.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/PC.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-SO4 / #8: 化合物 | ChemComp-PC / | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.02 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: phosphocholine soaked in well solution containing 1.5 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate pH 5.0-5.5, 12% glycerol. PH範囲: 5.0-5.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 90 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2015年1月8日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.5→48.7 Å / Num. obs: 34056 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 17.3 % / Biso Wilson estimate: 30.76 Å2 / Rsym value: 0.2 / Net I/av σ(I): 3.476 / Net I/σ(I): 12.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
|
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Phasing MR |
|
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5I81 解像度: 2.5→31.175 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.73 / 立体化学のターゲット値: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→31.175 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|