PDB-5i84: Structure of the Xanthomonas citri phosphate-binding protein PhoX

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5i84

タイトル

Structure of the Xanthomonas citri phosphate-binding protein PhoX

要素

Phosphate-binding protein PstS

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / ABC transporter / periplasmic-binding protein / phosphate-binding protein / PhoX

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphate ion transmembrane transport / phosphate ion binding / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex
類似検索 - 分子機能

生物種

Xanthomonas axonopodis pv. citri (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.98 Å

データ登録者

Pegos, V.R. / Medrano, F.J. / Balan, A.

資金援助

ブラジル, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: A gene duplication in phosphate-binding proteins from pho regulon of Xanthomonas citri: functional and structural studies
著者: Pegos, V.R. / Santos, R.M.L. / Medrano, F.J. / Balan, A.

履歴

登録	2016年2月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年6月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年10月19日	Group: Data collection
改定 1.2	2017年8月9日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2019年4月17日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5i84.cif.gz	908.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5i84.ent.gz	765.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5i84.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i8/5i84 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i8/5i84	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2abhS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2pdo-2 3fv4-d 5m69-d 2d4p-2 5v3x-2 2z22-1 2wi0-d 2wal-d 2dxq-d 3qh1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phosphate-binding protein PstS

B: Phosphate-binding protein PstS

C: Phosphate-binding protein PstS

D: Phosphate-binding protein PstS

E: Phosphate-binding protein PstS

F: Phosphate-binding protein PstS

G: Phosphate-binding protein PstS

H: Phosphate-binding protein PstS

ヘテロ分子

286 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Phosphate-binding protein PstS

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Phosphate-binding protein PstS

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Phosphate-binding protein PstS

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Phosphate-binding protein PstS

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

E: Phosphate-binding protein PstS

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

6

F: Phosphate-binding protein PstS

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

7

G: Phosphate-binding protein PstS

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

8

H: Phosphate-binding protein PstS

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.556, 115.643, 133.323
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.33, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Phosphate-binding protein PstS 分子量: 35364.879 Da / 分子数: 8 / 断片: residues 25-339 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Xanthomonas axonopodis pv. citri (バクテリア) 株: 306 / 遺伝子: phoX, XAC1578 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8PM55
#2: 化合物	... ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.65 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 200 mM sodium iodide 20% PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 110 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

LNLS

/ ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.459 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月22日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.459 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.615
1	1	-h,-k,l	2	0.385

反射

解像度: 2.98→87.36 Å / Num. obs: 46810 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 2.8 % / Net I/σ(I): 8.4

反射シェル

解像度: 2.98→3.11 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2ABH

2abh

解像度: 2.98→17.06 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.917 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.831 / SU B: 38.286 / SU ML: 0.364 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.108 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24922	2333	5 %	RANDOM
R_work	0.17423	-	-	-
obs	0.17804	44230	92.23 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.834 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	27.22 Å²	0 Å²	-34.96 Å²
2-	-	-25.65 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.56 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.98→17.06 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18677	0	170	28	18875

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.02	19281
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	18189
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.173	1.955	26278
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.203	3	41954
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.027	5	2497
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	42.693	25.834	725
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	22.234	15	2945
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.198	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.109	0.2	2872
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	22100
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	4200
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.197	2.483	10015
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.196	2.483	10014
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.041	3.722	12503
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.041	3.722	12504
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.959	2.541	9266
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.899	2.531	9131
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.592	3.772	13572
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.679	23.482	81348
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.679	23.482	81349
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.985→3.062 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.333	142	-
R_work	0.227	2615	-
obs	-	-	74.55 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8244	-0.0308	-0.0428	1.1996	-0.7406	0.6771	-0.0226	0.0284	-0.0454	-0.118	0.024	0.0413	-0.0938	-0.2068	-0.0014	0.3267	0.0666	0.1679	0.2043	-0.0994	0.1958	52.1371	76.2321	63.322
2	0.3662	0.3586	0.1495	0.6562	0.1385	0.8992	-0.0505	-0.0373	-0.026	-0.0812	0.0176	0.0593	0.144	0.0022	0.0329	0.3366	-0.0334	0.1733	0.0399	0.0034	0.1271	73.7489	25.3538	65.4047
3	0.5044	-0.1875	0.1986	1.0224	-0.1524	0.5813	0.0563	-0.0381	0.0477	0.0409	-0.0637	0.0597	-0.0007	-0.1098	0.0073	0.1799	-0.0134	0.1951	0.1939	-0.012	0.2127	52.7803	52.5097	139.462
4	0.2662	-0.0861	0.4075	0.8497	0.5969	1.5163	-0.0171	0.1128	0.0331	0.0613	0.0841	-0.1029	-0.0099	0.111	-0.0669	0.1708	-0.0183	0.2004	0.1862	-0.0211	0.2781	88.4759	48.5865	131.6753
5	0.7158	-0.1034	0.0244	0.7689	0.3358	1.0401	0.1157	0.0099	-0.0197	-0.0232	-0.0615	-0.0266	0.0456	-0.0752	-0.0542	0.1918	-0.0377	0.1713	0.128	0.0189	0.2105	47.8257	45.3707	104.9113
6	0.8064	0.2955	0.1087	1.0803	0.0377	0.7017	-0.0657	0.1386	-0.127	-0.0131	0.1295	-0.1381	-0.0555	-0.0582	-0.0638	0.1801	-0.0076	0.189	0.1303	-0.0317	0.2139	76.9131	22.9131	109.1841
7	0.5776	-0.1473	0.095	0.4348	0.0621	0.8669	0.0445	0.0739	-0.0454	0.1677	-0.0391	0.0463	-0.1266	-0.2095	-0.0053	0.3065	0.0476	0.1876	0.1029	-0.0084	0.1709	49.5369	85.4321	97.5855
8	2.0265	0.5139	-0.052	1.6015	-0.5437	0.6952	0.078	-0.0693	0.0485	0.0175	-0.1054	-0.0399	-0.0808	0.0906	0.0274	0.351	-0.0525	0.1727	0.0191	-0.0184	0.0918	84.5641	51.6515	176.9179

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	27 - 340
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	27 - 340
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	27 - 339
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	27 - 340
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	27 - 340
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	27 - 340
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	27 - 340
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	27 - 336

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)