PDB-5i81: aSMase with zinc

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5i81

タイトル

aSMase with zinc

要素

Sphingomyelin phosphodiesterase

キーワード

HYDROLASE / acid sphingomyelinase

機能・相同性

機能・相同性情報

acid sphingomyelin phosphodiesterase activity / sphingomyelin catabolic process / sphingomyelin metabolic process / sphingomyelin phosphodiesterase / sphingomyelin phosphodiesterase activity / lamellar body / phospholipase C / phosphatidylcholine phospholipase C activity / endolysosome / termination of signal transduction ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Zhou, Y.F. / Wei, R.R.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Human acid sphingomyelinase structures provide insight to molecular basis of Niemann-Pick disease.
著者: Zhou, Y.F. / Metcalf, M.C. / Garman, S.C. / Edmunds, T. / Qiu, H. / Wei, R.R.

履歴

登録	2016年2月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年9月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年11月16日	Group: Database references
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_comp_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_comp_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2021年3月24日	Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity_src_gen / struct_conn Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5i81.cif.gz	231.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5i81.ent.gz	193 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5i81.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5i81_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5i81_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	5i81_validation.xml.gz	23.9 KB	表示
CIF形式データ	5i81_validation.cif.gz	33.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i8/5i81 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i8/5i81	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5i85C 5i8rC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5i85-d 5i8r-3 3sje-d 5i8r-1 3wkx-d 3bi1-d 7kq3-2 2oot-d 1r4l-d 3zuv-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Sphingomyelin phosphodiesterase

ヘテロ分子

69.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Sphingomyelin phosphodiesterase

ヘテロ分子

A: Sphingomyelin phosphodiesterase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
138 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	132.629, 132.629, 189.565
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	181
Space group name H-M	P6₄22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-718- SO4

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Sphingomyelin phosphodiesterase / Acid sphingomyelinase / aSMase 分子量: 65114.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMPD1, ASM / プラスミド: pIRES2 / 細胞株 (発現宿主): HEK293S Gnt1- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P17405, sphingomyelin phosphodiesterase

#1: タンパク質

Sphingomyelin phosphodiesterase / Acid sphingomyelinase / aSMase

分子量: 65114.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMPD1, ASM / プラスミド: pIRES2 / 細胞株 (発現宿主): HEK293S Gnt1- / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P17405, sphingomyelin phosphodiesterase

-
糖 , 5種, 10分子

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 多糖

beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 多糖

beta-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpb1-3DManpa1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a1122h-1a_1-5][a1122h-1b_1-5]/1-2/a3-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-Manp]{[(3+1)][b-D-Manp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#5: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#6: 糖

ChemComp-BMA / beta-D-mannopyranose / beta-D-mannose / D-mannose / mannose / β-D-マンノピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₂O₆

-
非ポリマー , 3種, 189分子

#7: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#8: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.72 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 1.5 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate pH 5.0-5.5, 12% glycerol PH範囲: 5.0-5.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 90 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1.28304, 1.07213

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月18日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.28304	1
2	1.07213	1

反射

解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 88092 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 10.3 % / B_iso Wilson estimate: 46.96 Å² / R_merge(I) obs: 0.092 / R_pim(I) all: 0.029 / R_rim(I) all: 0.096 / Χ²: 1.039 / Net I/av σ(I): 22.861 / Net I/σ(I): 9.3 / Num. measured all: 909267

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.25-2.33	5	0.732	1	94.9
2.33-2.42	8.4	0.606	1	99.9
2.42-2.53	10.6	0.477	1	100
2.53-2.67	11.3	0.349	1	100
2.67-2.83	11.4	0.259	1	100
2.83-3.05	11.4	0.184	1	100
3.05-3.36	11.4	0.122	1	100
3.36-3.85	11.3	0.086	1	100
3.85-4.85	11.1	0.068	1	100
4.85-50	11.1	0.053	1	99.9

-
位相決定

位相決定

手法
単波長異常分散
分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_2229: ???)	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データスケーリング
SOLVE		位相決定
RESOLVE		位相決定
PHASER	2.5.7	位相決定
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.25→43.809 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.94 / 位相誤差: 20.52 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2047	4369	4.96 %
R_work	0.1837	-	-
obs	0.1847	88030	99.45 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→43.809 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4161	0	241	177	4579

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	4585
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.171	6270
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.192	2649
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.069	686
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	782

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2501-2.2757	0.3137	137	0.2834	2509	X-RAY DIFFRACTION	90
2.2757-2.3025	0.2948	131	0.2516	2639	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3025-2.3306	0.2673	173	0.246	2814	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3306-2.3601	0.2709	171	0.2428	2790	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3601-2.3911	0.262	140	0.2336	2752	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3911-2.4239	0.2443	126	0.2227	2820	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4239-2.4585	0.236	151	0.2085	2828	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4585-2.4952	0.2667	119	0.2169	2818	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4952-2.5342	0.2288	155	0.199	2785	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5342-2.5757	0.2475	185	0.2071	2774	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5757-2.6201	0.2737	131	0.2015	2806	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6201-2.6678	0.2523	164	0.2036	2799	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6678-2.7191	0.2111	132	0.2069	2826	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7191-2.7746	0.2406	152	0.211	2780	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7746-2.8349	0.2304	124	0.2042	2837	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8349-2.9008	0.2467	158	0.2174	2782	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9008-2.9733	0.2554	143	0.2198	2819	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9733-3.0537	0.2434	134	0.2205	2791	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0537-3.1436	0.2489	155	0.2132	2811	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1436-3.245	0.2531	168	0.2191	2803	X-RAY DIFFRACTION	100
3.245-3.3609	0.22	121	0.195	2806	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3609-3.4954	0.2373	153	0.1994	2833	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4954-3.6544	0.2331	139	0.1838	2783	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6544-3.847	0.1721	144	0.1761	2791	X-RAY DIFFRACTION	100
3.847-4.0879	0.1542	121	0.1565	2840	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0879-4.4032	0.1571	144	0.1447	2820	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4032-4.8458	0.1556	161	0.1332	2769	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8458-5.5458	0.1597	137	0.1455	2832	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5458-6.9826	0.1911	172	0.1785	2787	X-RAY DIFFRACTION	100
6.9826-43.817	0.1648	128	0.1735	2817	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0797	1.2942	0.1996	3.6801	-0.6902	1.2152	-0.3621	0.533	0.203	-0.4027	0.4101	0.3683	-0.0088	0.0686	-0.0383	0.5662	-0.3006	-0.046	0.9103	0.0292	0.538	-28.402	-49.0409	-43.958
2	3.2379	0.8617	2.0809	0.3057	0.692	1.5568	0.35	0.0782	-0.8466	-0.0024	0.2146	-0.1536	0.4988	-0.1568	-0.5661	0.56	-0.1907	-0.0712	0.6229	-0.0004	0.5785	-21.0121	-62.0982	-27.7504
3	1.5856	0.1837	0.7167	1.0919	0.1076	1.3559	-0.2416	0.7074	0.0865	-0.2703	0.2305	0.0159	-0.0646	0.3741	0.0152	0.3177	-0.1931	-0.0188	0.6473	0.0262	0.3847	-2.5386	-38.8394	-28.1774
4	1.7209	-0.5192	0.8515	1.7502	-0.9868	2.3363	-0.3525	0.1693	0.4393	0.046	0.2188	0.1237	-0.373	0.0122	0.1023	0.3195	-0.0802	-0.1041	0.3755	0.037	0.4031	-8.2575	-27.3396	-13.348

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 87 through 147 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 148 through 181 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 182 through 510 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 511 through 611 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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