PDB-5i7g: Metal free Glucose Isomerase collected at room temperature using ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5i7g

タイトル

Metal free Glucose Isomerase collected at room temperature using the HC1b humidity controller

要素

Xylose isomerase

キーワード

ISOMERASE / Room temperature Metal-free

機能・相同性

機能・相同性情報

xylose isomerase / xylose isomerase activity / D-xylose metabolic process / magnesium ion binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces rubiginosus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.21 Å

データ登録者

Sandy, J.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Metal free Glucose Isomerase collected at room temperature using the HC1b humidity controller
著者: Sandy, J.

履歴

登録	2016年2月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年2月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2024年5月8日	Group: Atomic model / Data collection / Database references カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5i7g.cif.gz	231.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5i7g.ent.gz	190.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5i7g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5i7g_validation.pdf.gz	419.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5i7g_full_validation.pdf.gz	421.8 KB	表示
XML形式データ	5i7g_validation.xml.gz	18 KB	表示
CIF形式データ	5i7g_validation.cif.gz	27.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i7/5i7g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i7/5i7g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3qys-1 2g4j-1 7e03-1 3u3h-1 7xim-d 4a8l-1 8xim-d 6vrs-d 4a8i-1 7cvk-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Xylose isomerase

43.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Xylose isomerase

ソフトウェアが定義した集合体
173 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.815, 99.698, 102.755
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-426- HOH
2	1	A-652- HOH

#1: タンパク質	Xylose isomerase 分子量: 43283.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Streptomyces rubiginosus (バクテリア) / 参照: UniProt: P24300, xylose isomerase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 295 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.68 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 10 mM Hepes pH 7.5, 1.6 M Ammonium Sulphate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 295 K Ambient temp details: Collected using HC1b humidity controller
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月17日
放射	モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.21→69.28 Å / Num. obs: 145645 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.5 % / CC_1/2: 0.992 / R_merge(I) obs: 0.121 / Net I/σ(I): 6
反射シェル	解像度: 1.21→1.24 Å / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 1.68 / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
DIALS		データ削減
DIALS		データスケーリング
PH		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.21→51.378 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 20.66

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1617	7173	4.94 %
R_work	0.1371	-	-
obs	0.1383	145344	99.55 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.34 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.21→51.378 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2998	0	0	295	3293

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.016	3184
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.606	4340
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.145	1187
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.178	459
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	589

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.21-1.2238	0.384	219	0.3443	4573	X-RAY DIFFRACTION	98
1.2238-1.2382	0.3482	262	0.3358	4422	X-RAY DIFFRACTION	98
1.2382-1.2533	0.3502	257	0.3317	4518	X-RAY DIFFRACTION	99
1.2533-1.2691	0.3545	230	0.3238	4487	X-RAY DIFFRACTION	98
1.2691-1.2858	0.3438	232	0.3207	4550	X-RAY DIFFRACTION	99
1.2858-1.3034	0.3802	265	0.3137	4525	X-RAY DIFFRACTION	99
1.3034-1.3221	0.3261	230	0.3032	4544	X-RAY DIFFRACTION	99
1.3221-1.3418	0.3319	248	0.2861	4573	X-RAY DIFFRACTION	99
1.3418-1.3628	0.3069	204	0.2708	4626	X-RAY DIFFRACTION	99
1.3628-1.3851	0.2685	241	0.2638	4532	X-RAY DIFFRACTION	99
1.3851-1.409	0.2875	255	0.2498	4547	X-RAY DIFFRACTION	100
1.409-1.4346	0.2776	247	0.2359	4577	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4346-1.4622	0.2734	243	0.2138	4592	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4622-1.4921	0.2195	254	0.2014	4605	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4921-1.5245	0.2191	231	0.1839	4585	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5245-1.56	0.2067	217	0.1706	4629	X-RAY DIFFRACTION	100
1.56-1.599	0.1956	232	0.1494	4599	X-RAY DIFFRACTION	100
1.599-1.6422	0.182	251	0.1365	4628	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6422-1.6905	0.1533	233	0.1195	4583	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6905-1.7451	0.1525	232	0.1092	4647	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7451-1.8075	0.1465	247	0.1029	4603	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8075-1.8799	0.1271	194	0.0985	4670	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8799-1.9654	0.1191	205	0.0907	4656	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9654-2.069	0.1224	217	0.0916	4660	X-RAY DIFFRACTION	100
2.069-2.1987	0.1136	283	0.0916	4627	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1987-2.3684	0.1152	255	0.0913	4626	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3684-2.6068	0.1187	238	0.0987	4690	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6068-2.9839	0.139	259	0.1123	4668	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9839-3.7593	0.1221	285	0.1116	4700	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7593-51.4239	0.1254	207	0.119	4929	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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