PDB-5i5e: Crystal Structure of Transketolase mutants-H66/261C complex with ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5i5e

タイトル

Crystal Structure of Transketolase mutants-H66/261C complex with xylulose-5-phoaphate from Pichia Stipitis

要素

Transketolase

キーワード

TRANSFERASE / Transketolase / xylulose-5-phosphate

機能・相同性

機能・相同性情報

purine nucleotide metabolic process / transketolase / transketolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Scheffersomyces stipitis CBS 6054 (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.62 Å

データ登録者

Li, T.L. / Hsu, L.J. / Hsu, N.S.

引用

ジャーナル: Protein Eng. Des. Sel. / 年: 2016
タイトル: Structural and biochemical interrogation on transketolase from Pichia stipitis for new functionality
著者: Hsu, L.J. / Hsu, N.S. / Wang, Y.L. / Wu, C.J. / Li, T.L.

履歴

登録	2016年2月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年2月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年7月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5i5e.cif.gz	275 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5i5e.ent.gz	216.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5i5e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5i5e_validation.pdf.gz	772.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5i5e_full_validation.pdf.gz	775.8 KB	表示
XML形式データ	5i5e_validation.xml.gz	33.4 KB	表示
CIF形式データ	5i5e_validation.cif.gz	52.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i5/5i5e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i5/5i5e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5hgxC 5hjeC 5hyvC 5i4iC 5i51C 5i5gC 1gpuS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5i5g-1 5i4i-1 1tka-d 5xsm-1 5xsb-1 5xuf-1 5xt4-1 1ay0-d 5hgx-1 5hje-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (7) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (2) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Transketolase

ヘテロ分子

75.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Transketolase

ヘテロ分子

A: Transketolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
151 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.885, 182.084, 98.263
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-819- HOH
2	1	A-1066- HOH
3	1	A-1499- HOH
4	1	A-1516- HOH
5	1	A-1562- HOH

#1: タンパク質	Transketolase / TK 分子量: 74984.438 Da / 分子数: 1 / 変異: H66C, H261C / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Scheffersomyces stipitis CBS 6054 (菌類) 株: CBS 6054 / 遺伝子: TKT, TKT1, PICST_67105 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P34736, transketolase
#2: 化合物	ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE / 3-[(4-アミノ-2-メチル-5-ピリミジニル)メチル]-4-メチル-5-[2-(ホスホノオキシホスフィナトオキシ)(以下略) 分子量: 425.314 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₉N₄O₇P₂S
#3: 糖	ChemComp-5SP / 5-O-phosphono-D-xylulose / D-xylulose 5-phosphate / D-キシルロ-ス5-りん酸タイプ: saccharide / 分子量: 230.110 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₅H₁₁O₈P
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 777 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.98 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: MES, NaCl, PEG400

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSRRC

/ ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月3日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.62→30 Å / Num. obs: 113628 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.9 % / B_iso Wilson estimate: 22.24 Å² / R_merge(I) obs: 0.104 / Χ²: 1.248 / Net I/av σ(I): 14.402 / Net I/σ(I): 9.9 / Num. measured all: 559503

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.62-1.68	4.4	0.72	1	100
1.68-1.75	4.5	0.588	1	100
1.75-1.82	4.5	0.454	1	99.9
1.82-1.92	4.5	0.328	1	99.9
1.92-2.04	4.7	0.258	1	99.9
2.04-2.2	5	0.199	1	99.9
2.2-2.42	5.3	0.151	1	99.9
2.42-2.77	5.4	0.112	1	99.7
2.77-3.49	5.4	0.083	1	99.7
3.49-30	5.6	0.081	1	99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	(1.10_2152: ???)	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1GPU

1gpu

解像度: 1.62→23.839 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 18.53

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1815	5686	5.02 %
R_work	0.158	-	-
obs	0.1592	113342	99.26 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 126.43 Å² / B_iso mean: 27.073 Å² / B_iso min: 13.91 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.62→23.839 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5128	0	66	777	5971
B_iso mean	-	-	44.9	37.37	-
残基数	-	-	-	-	676

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	5314
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.204	7226
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.064	807
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	937
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.512	3148

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.6165-1.6349	0.2323	170	0.2118	3204	3374	89
1.6349-1.6541	0.2472	203	0.2062	3572	3775	100
1.6541-1.6743	0.2468	197	0.1943	3584	3781	100
1.6743-1.6955	0.2452	203	0.1975	3551	3754	100
1.6955-1.7178	0.2161	202	0.196	3576	3778	100
1.7178-1.7413	0.2438	182	0.1882	3578	3760	100
1.7413-1.7662	0.2373	195	0.1809	3605	3800	100
1.7662-1.7925	0.2113	179	0.1825	3598	3777	100
1.7925-1.8205	0.2139	187	0.1736	3579	3766	100
1.8205-1.8504	0.2163	205	0.1794	3565	3770	100
1.8504-1.8823	0.2225	195	0.1668	3575	3770	100
1.8823-1.9165	0.1966	198	0.1673	3577	3775	100
1.9165-1.9533	0.2244	190	0.1672	3584	3774	100
1.9533-1.9932	0.2129	185	0.1707	3588	3773	100
1.9932-2.0365	0.1961	168	0.1682	3617	3785	100
2.0365-2.0838	0.193	190	0.1638	3585	3775	100
2.0838-2.1359	0.195	182	0.1647	3576	3758	100
2.1359-2.1936	0.183	172	0.1601	3614	3786	100
2.1936-2.2581	0.2021	175	0.1581	3605	3780	99
2.2581-2.3309	0.1806	212	0.1588	3550	3762	99
2.3309-2.4142	0.1859	187	0.1558	3614	3801	99
2.4142-2.5107	0.1678	197	0.1542	3558	3755	99
2.5107-2.6249	0.1695	181	0.1571	3573	3754	99
2.6249-2.7631	0.1771	195	0.1504	3587	3782	99
2.7631-2.9359	0.1848	170	0.157	3639	3809	99
2.9359-3.1621	0.1878	194	0.1604	3597	3791	99
3.1621-3.4794	0.1778	201	0.1576	3645	3846	100
3.4794-3.9809	0.1478	198	0.1397	3667	3865	100
3.9809-5.0079	0.144	174	0.1293	3692	3866	99
5.0079-23.8413	0.1771	199	0.1685	3801	4000	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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