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- PDB-5i44: Structure of RacA-DNA complex; P21 form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5i44
タイトルStructure of RacA-DNA complex; P21 form
要素
  • Chromosome-anchoring protein RacA
  • DNA (5'-D(*TP*GP*AP*CP*GP*CP*CP*GP*GP*CP*GP*TP*CP*A)-3')
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / RacA / B. subtilis / axial filament / sporulation / DNA segregation / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


asymmetric cell division / chromosome condensation / sporulation resulting in formation of a cellular spore / chromosome segregation / double-stranded DNA binding / regulation of DNA-templated transcription / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Chromosome-anchoring protein RacA / Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2 - #10 / Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2 / MerR HTH family regulatory protein / MerR-type HTH domain / Putative DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Chromosome-anchoring protein RacA
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.621 Å
データ登録者Schumacher, M.A.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016
タイトル: Molecular insights into DNA binding and anchoring by the Bacillus subtilis sporulation kinetochore-like RacA protein.
著者: Schumacher, M.A. / Lee, J. / Zeng, W.
履歴
登録2016年2月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月29日Group: Database references
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
B: Chromosome-anchoring protein RacA
A: Chromosome-anchoring protein RacA
D: Chromosome-anchoring protein RacA
E: Chromosome-anchoring protein RacA
G: Chromosome-anchoring protein RacA
F: Chromosome-anchoring protein RacA
H: Chromosome-anchoring protein RacA
I: Chromosome-anchoring protein RacA
J: Chromosome-anchoring protein RacA
K: Chromosome-anchoring protein RacA
U: DNA (5'-D(*TP*GP*AP*CP*GP*CP*CP*GP*GP*CP*GP*TP*CP*A)-3')
T: DNA (5'-D(*TP*GP*AP*CP*GP*CP*CP*GP*GP*CP*GP*TP*CP*A)-3')
Z: DNA (5'-D(*TP*GP*AP*CP*GP*CP*CP*GP*GP*CP*GP*TP*CP*A)-3')
R: DNA (5'-D(*TP*GP*AP*CP*GP*CP*CP*GP*GP*CP*GP*TP*CP*A)-3')
P: DNA (5'-D(*TP*GP*AP*CP*GP*CP*CP*GP*GP*CP*GP*TP*CP*A)-3')
W: DNA (5'-D(*TP*GP*AP*CP*GP*CP*CP*GP*GP*CP*GP*TP*CP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,40816
ポリマ－102,40816
非ポリマー00
水3,027168
1
B: Chromosome-anchoring protein RacA
A: Chromosome-anchoring protein RacA
D: Chromosome-anchoring protein RacA
E: Chromosome-anchoring protein RacA
U: DNA (5'-D(*TP*GP*AP*CP*GP*CP*CP*GP*GP*CP*GP*TP*CP*A)-3')
W: DNA (5'-D(*TP*GP*AP*CP*GP*CP*CP*GP*GP*CP*GP*TP*CP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,2516
ポリマ－39,2516
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6780 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area18210 Å2
2
G: Chromosome-anchoring protein RacA
F: Chromosome-anchoring protein RacA
I: Chromosome-anchoring protein RacA
R: DNA (5'-D(*TP*GP*AP*CP*GP*CP*CP*GP*GP*CP*GP*TP*CP*A)-3')
P: DNA (5'-D(*TP*GP*AP*CP*GP*CP*CP*GP*GP*CP*GP*TP*CP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5795
ポリマ－31,5795
非ポリマー00
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5450 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area14990 Å2
3
H: Chromosome-anchoring protein RacA
J: Chromosome-anchoring protein RacA
K: Chromosome-anchoring protein RacA
T: DNA (5'-D(*TP*GP*AP*CP*GP*CP*CP*GP*GP*CP*GP*TP*CP*A)-3')
Z: DNA (5'-D(*TP*GP*AP*CP*GP*CP*CP*GP*GP*CP*GP*TP*CP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5795
ポリマ－31,5795
非ポリマー00
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5320 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area14970 Å2
4
B: Chromosome-anchoring protein RacA
A: Chromosome-anchoring protein RacA
D: Chromosome-anchoring protein RacA
E: Chromosome-anchoring protein RacA
U: DNA (5'-D(*TP*GP*AP*CP*GP*CP*CP*GP*GP*CP*GP*TP*CP*A)-3')
W: DNA (5'-D(*TP*GP*AP*CP*GP*CP*CP*GP*GP*CP*GP*TP*CP*A)-3')

G: Chromosome-anchoring protein RacA
F: Chromosome-anchoring protein RacA
I: Chromosome-anchoring protein RacA
R: DNA (5'-D(*TP*GP*AP*CP*GP*CP*CP*GP*GP*CP*GP*TP*CP*A)-3')
P: DNA (5'-D(*TP*GP*AP*CP*GP*CP*CP*GP*GP*CP*GP*TP*CP*A)-3')

H: Chromosome-anchoring protein RacA
J: Chromosome-anchoring protein RacA
K: Chromosome-anchoring protein RacA
T: DNA (5'-D(*TP*GP*AP*CP*GP*CP*CP*GP*GP*CP*GP*TP*CP*A)-3')
Z: DNA (5'-D(*TP*GP*AP*CP*GP*CP*CP*GP*GP*CP*GP*TP*CP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,40816
ポリマ－102,40816
非ポリマー00
水28816
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y+1/2,-z1
crystal symmetry operation2_755-x+2,y+1/2,-z1
Buried area19290 Å2
ΔGint-89 kcal/mol
Surface area46440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.600, 68.500, 117.400
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.500, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Chromosome-anchoring protein RacA


分子量: 7671.763 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: 168 / 遺伝子: racA, ywkC, BSU37030 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P45870
#2: DNA鎖
DNA (5'-D(*TP*GP*AP*CP*GP*CP*CP*GP*GP*CP*GP*TP*CP*A)-3')


分子量: 4281.779 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.89 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3000, 0.1 M Tris 8.0, lithium sulphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 0.989 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.989 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.62→500 Å / Num. obs: 49675 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 5 % / Net I/σ(I): 15.5

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SOLVE位相決定
RESOLVEモデル構築
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.621→500 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2688 3297 6.3 %
Rwork0.2391 --
obs-49675 94.6 %
溶媒の処理Bsol: 42.4305 Å2
原子変位パラメータBiso max: 126.21 Å2 / Biso mean: 68.5164 Å2 / Biso min: 1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.31 Å20 Å219.126 Å2
2--13.228 Å20 Å2
3----12.919 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.621→500 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5216 1704 168 0 7088
Biso mean--51.17 --
残基数----752
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.234
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.2151.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it5.2492
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it5.0912
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it7.2392.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.paramCNS_TOPPAR:protein.top
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.paramCNS_TOPPAR:dna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.paramCNS_TOPPAR:water.top
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.paramCNS_TOPPAR:ion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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