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万見
- PDB-5i3o: Crystal Structure of BMP-2-inducible kinase in complex with an In... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5i3o
タイトルCrystal Structure of BMP-2-inducible kinase in complex with an Indazole inhibitor
要素BMP-2-inducible protein kinase
キーワードTransferase/Transferase Inhibitor / transferase / protein kinase domain / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / Transferase-Transferase Inhibitor Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphatase regulator activity / regulation of clathrin-dependent endocytosis / AP-2 adaptor complex binding / regulation of bone mineralization / positive regulation of Notch signaling pathway / non-specific serine/threonine protein kinase / nuclear speck / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding ...phosphatase regulator activity / regulation of clathrin-dependent endocytosis / AP-2 adaptor complex binding / regulation of bone mineralization / positive regulation of Notch signaling pathway / non-specific serine/threonine protein kinase / nuclear speck / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
BMP-2-inducible protein kinase, C-terminal / BMP-2-inducible protein kinase C-terminus / : / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. ...BMP-2-inducible protein kinase, C-terminal / BMP-2-inducible protein kinase C-terminus / : / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-IDV / BMP-2-inducible protein kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Counago, R.M. / Sorrell, F.J. / Krojer, T. / Savitsky, P. / Elkins, J.M. / Axtman, A. / Drewry, D. / Wells, C. / Zhang, C. / Zuercher, W. ...Counago, R.M. / Sorrell, F.J. / Krojer, T. / Savitsky, P. / Elkins, J.M. / Axtman, A. / Drewry, D. / Wells, C. / Zhang, C. / Zuercher, W. / Willson, T.M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Arruda, P. / Gileadi, O. / Structural Genomics Consortium (SGC)
資金援助 ブラジル, 1件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2013/50724-5 ブラジル
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of BMP-2-inducible kinase in complex with an Indazole inhibitor
著者: Counago, R.M. / Sorrell, F.J. / Krojer, T. / Elkins, J.M. / Gileadi, O. / Willson, T.M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Arruda, P.
履歴
登録2016年2月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月1日Group: Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_assembly_auth_evidence / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年4月17日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BMP-2-inducible protein kinase
B: BMP-2-inducible protein kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,0196
ポリマ－68,0282
非ポリマー9914
水5,098283
1
A: BMP-2-inducible protein kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6064
ポリマ－34,0141
非ポリマー5923
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: BMP-2-inducible protein kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4142
ポリマ－34,0141
非ポリマー3991
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.249, 78.249, 255.382
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
詳細Monomer according to Gel filtration

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要素

#1: タンパク質 BMP-2-inducible protein kinase / BIKe


分子量: 34014.180 Da / 分子数: 2 / 変異: K320A, K321A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BMP2K, BIKE, HRIHFB2017 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9NSY1, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-IDV / N-(6-{3-[(dimethylsulfamoyl)amino]phenyl}-1H-indazol-3-yl)cyclopropanecarboxamide


分子量: 399.467 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H21N5O3S
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 283 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.19 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1M MES pH 6; 0.2M ammonium chloride, 20% PEG 8000, 10% ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97626 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97626 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→29.56 Å / Num. obs: 31839 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 57.08 Å2 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 2.4→2.5 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.0478 / Mean I/σ(I) obs: 0.3 / % possible all: 96.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSMarch 1, 2015データ削減
Aimless0.5.17データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4W9W

4w9w


解像度: 2.4→24.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.311 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.348 / SU Rfree Blow DPI: 0.252 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.245
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.255 1602 5.05 %RANDOM
Rwork0.193 ---
obs0.196 31738 99 %-
原子変位パラメータBiso mean: 67.32 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.7731 Å20 Å20 Å2
2---2.7731 Å20 Å2
3---5.5462 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.37 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.4→24.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4757 0 66 284 5107
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014929HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.136690HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2286SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes125HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes738HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4929HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.14
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.21
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion642SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5614SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.48 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268 141 5.42 %
Rwork0.25 2459 -
obs--90.51 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.42731.49531.90714.34750.93684.3380.0027-0.15330.06740.13280.14480.4043-0.1019-0.3129-0.1475-0.03320.11530.06220.1136-0.0179-0.189322.4574-5.098230.3781
23.25731.529-0.40732.3893-0.11032.63550.0925-0.2285-0.36150.3759-0.061-0.24630.1691-0.1816-0.0315-0.03490.01980.00110.0972-0.0213-0.132130.695-15.389529.3454
30.0201-0.64111.75372.77780.44450.2944-0.05770.07370.3259-0.00090.12470.0351-0.0284-0.2229-0.067-0.07210.09430.09160.13780.0211-0.105424.4856-2.8578.3148
41.63580.36440.24423.2429-1.48092.6745-0.0881-0.1838-0.08690.10560.0107-0.0795-0.00770.1360.0774-0.04940.0440.02880.0532-0.0294-0.108737.9431-10.452412.0089
52.5353-0.9743-0.31254.4637-0.41881.2155-0.0461-0.1737-0.5417-0.2375-0.0725-0.46440.432-0.08450.11860.03010.04070.1008-0.0697-0.00450.033835.1816-30.240812.9563
62.99980.5306-0.17952.13270.50921.0962-0.21210.503-0.4621-0.49630.10170.05360.2698-0.01860.1104-0.0149-0.01070.09770.025-0.0854-0.109534.8835-18.3124-1.7811
73.42190.29491.73882.3074-1.18092.952-0.17090.3106-0.2463-0.0133-0.0571-0.46470.03210.07020.228-0.11420.01650.08260.0476-0.0572-0.023447.627-12.4512-0.2123
83.36181.6789-0.05894.9552.27730.13770.0030.26950.4098-0.1710.297-0.1278-0.02210.294-0.30.0401-0.07240.09610.0461-0.0697-0.165311.9054-27.4098-0.2744
94.42681.0052-1.04662.8873-0.62254.6047-0.08740.2022-0.2507-0.31030.2579-0.50370.32580.542-0.1705-0.0360.04580.04530.0402-0.1466-0.141414.0726-40.11780.8869
101.84-0.87480.80350-2.64140-0.004-0.02680.1907-0.2598-0.0166-0.2723-0.0357-0.00590.0206-0.0435-0.06010.05780.0497-0.0839-0.080611.4208-27.321822.7172
112.3859-0.4798-1.81882.4961.2563.0354-0.06830.2237-0.1864-0.23090.0238-0.04310.5417-0.07980.04450.07850.0337-0.0084-0.0138-0.0611-0.17958.4912-43.953917.6883
120.1814-1.7973-1.8840.39671.73641.35670.0129-0.0237-0.1025-0.01650.0139-0.03270.0580.0409-0.02680.16180.1520.10360.0461-0.1496-0.128126.4176-56.979613.6737
132.36390.9215-0.47170-0.41560.1103-0.0375-0.0853-0.3083-0.18090.022-0.27790.32460.30430.01540.10050.152-0.00690.0485-0.0181-0.155718.717-49.879924.7866
144.2163-0.023-0.17323.38420.4122.8033-0.1349-0.3029-0.54190.34520.1185-0.26820.54420.44070.01640.05890.09610.0473-0.0419-0.0131-0.249510.1316-48.00433.0721
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{A|42 - 74}
2X-RAY DIFFRACTION2{A|75 - 131}
3X-RAY DIFFRACTION3{A|132 - 151}
4X-RAY DIFFRACTION4{A|152 - 196}
5X-RAY DIFFRACTION5{A|197 - 244}
6X-RAY DIFFRACTION6{A|245 - 307}
7X-RAY DIFFRACTION7{A|308 - 343}
8X-RAY DIFFRACTION8{B|42 - 74}
9X-RAY DIFFRACTION9{B|75 - 131}
10X-RAY DIFFRACTION10{B|132 - 151}
11X-RAY DIFFRACTION11{B|152 - 208}
12X-RAY DIFFRACTION12{B|209 - 224}
13X-RAY DIFFRACTION13{B|225 - 261}
14X-RAY DIFFRACTION14{B|262 - 343}

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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