PDB-5i3d: Sulfolobus solfataricus beta-glycosidase - E387Y mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5i3d

タイトル

Sulfolobus solfataricus beta-glycosidase - E387Y mutant

要素

Beta-galactosidase

キーワード

HYDROLASE / Glycosidase

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-galactosidase / beta-galactosidase activity / beta-glucosidase activity / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Sulfolobus solfataricus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.16 Å

データ登録者

Iglesias-Fernandez, J. / Hancock, S.M. / Lee, S.S. / McAuley, K.E. / Fordham-Skelton, A. / Rovira, C. / Davis, B.D.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2017
タイトル: A front-face 'SNi synthase' engineered from a retaining 'double-SN2' hydrolase.
著者: Iglesias-Fernandez, J. / Hancock, S.M. / Lee, S.S. / Khan, M. / Kirkpatrick, J. / Oldham, N.J. / McAuley, K. / Fordham-Skelton, A. / Rovira, C. / Davis, B.G.

履歴

登録	2016年2月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年2月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年5月31日	Group: Database references / Source and taxonomy
改定 1.2	2017年6月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2017年9月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.4	2020年3月25日	Group: Derived calculations カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly_prop.value
改定 1.5	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5i3d.cif.gz	413.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5i3d.ent.gz	337.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5i3d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i3/5i3d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i3/5i3d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1gowS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1uwt-1 1uwr-1 1uws-1 1gow-1 1uwu-1 1uwi-d 5ixe-4 1uwq-1 4ha3-1 4ha4-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Beta-galactosidase

B: Beta-galactosidase

C: Beta-galactosidase

D: Beta-galactosidase

ヘテロ分子

228 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Beta-galactosidase

D: Beta-galactosidase

ヘテロ分子

A: Beta-galactosidase

C: Beta-galactosidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
228 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.680, 129.060, 191.760
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Beta-galactosidase / Lactase 分子量: 56793.449 Da / 分子数: 4 / 変異: E387Y / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (strain ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2) (古細菌) 遺伝子: lacS, SSO3019 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: P22498, beta-galactosidase
#2: 化合物	ChemComp-PE8 / 3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23-DIOL / オクタエチレングリコ-ル分子量: 370.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₄O₉
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1019 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.27 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.25 / 詳細: PEG 4000, sodium acetate, ammonium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2004年9月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.16→42.528 Å / Num. obs: 119882 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 10.8 % / R_merge(I) obs: 0.19 / Net I/σ(I): 11.2
反射シェル	解像度: 2.16→2.22 Å / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 61

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
xia2	0.4	データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX	1.10.1_2155	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1GOW

1gow

解像度: 2.16→42.528 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.92

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.203	6001	5.01 %
R_work	0.1703	-	-
obs	0.1719	119861	96.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.16→42.528 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15795	0	85	1019	16899

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	16381
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.633	22253
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.508	9423
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	2205
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	2900

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.16-2.1845	0.3267	114	0.2554	2370	X-RAY DIFFRACTION	61
2.1845-2.2102	0.2745	130	0.2507	2334	X-RAY DIFFRACTION	60
2.2102-2.2372	0.3036	174	0.2338	3308	X-RAY DIFFRACTION	86
2.2372-2.2655	0.2552	202	0.2247	3919	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2655-2.2953	0.2717	203	0.2246	3822	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2953-2.3268	0.2653	194	0.2253	3895	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3268-2.36	0.2609	203	0.2181	3862	X-RAY DIFFRACTION	100
2.36-2.3952	0.2554	205	0.2094	3905	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3952-2.4326	0.26	187	0.2057	3899	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4326-2.4725	0.2512	211	0.2026	3865	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4725-2.5152	0.2449	236	0.1954	3876	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5152-2.5609	0.24	185	0.1938	3900	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5609-2.6101	0.2359	199	0.1856	3856	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6101-2.6634	0.2236	230	0.1917	3902	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6634-2.7213	0.2282	181	0.1849	3908	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7213-2.7846	0.2345	201	0.1826	3903	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7846-2.8542	0.2138	218	0.1846	3879	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8542-2.9314	0.2114	204	0.1824	3909	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9314-3.0176	0.2166	188	0.1848	3914	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0176-3.115	0.241	203	0.1815	3923	X-RAY DIFFRACTION	100
3.115-3.2263	0.2071	228	0.1792	3895	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2263-3.3554	0.2295	223	0.1782	3876	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3554-3.5081	0.1994	210	0.1619	3936	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5081-3.6929	0.1697	220	0.1518	3935	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6929-3.9241	0.1553	207	0.1399	3922	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9241-4.2269	0.172	206	0.1361	3969	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2269-4.6518	0.1398	200	0.1229	3983	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6518-5.3238	0.1483	192	0.1311	4000	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3238-6.7031	0.1622	230	0.151	4018	X-RAY DIFFRACTION	100
6.7031-10	0.1666	217	0.1465	4177	X-RAY DIFFRACTION	99

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)