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- PDB-5i2s: PREFUSION FORM OF THE VESICULAR STOMATITIS VIRUS GLYCOPROTEIN G E... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5i2s
タイトルPREFUSION FORM OF THE VESICULAR STOMATITIS VIRUS GLYCOPROTEIN G ECTODOMAIN
要素Glycoprotein G
キーワードVIRAL PROTEIN / VIRION PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN / ENVELOPE PROTEIN / MEMBRANE FUSION
機能・相同性
機能・相同性情報


clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
PH-domain like - #130 / Rhabdovirus spike glycoprotein G, lateral domain / Helix Hairpins - #740 / Rhabdovirus glycoprotein / Rhabdovirus spike glycoprotein / Helix Hairpins / PH-domain like / Helix non-globular / Special / SH3 type barrels. ...PH-domain like - #130 / Rhabdovirus spike glycoprotein G, lateral domain / Helix Hairpins - #740 / Rhabdovirus glycoprotein / Rhabdovirus spike glycoprotein / Helix Hairpins / PH-domain like / Helix non-globular / Special / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
YTTERBIUM (III) ION / Glycoprotein G
類似検索 - 構成要素
生物種Vesicular stomatitis Indiana virus (水疱性口内炎インディアナウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Roche, S. / Bressanelli, S.
引用ジャーナル: Science / 年: 2007
タイトル: Structure of the prefusion form of the vesicular stomatitis virus glycoprotein G.
著者: Roche, S. / Rey, F.A. / Gaudin, Y. / Bressanelli, S.
履歴
登録2016年2月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
置き換え2016年3月2日ID: 2J6J, 2j6j
改定 1.02016年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycoprotein G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3345
ポリマ－47,3421
非ポリマー9924
水00
1
A: Glycoprotein G
ヘテロ分子

A: Glycoprotein G
ヘテロ分子

A: Glycoprotein G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,00115
ポリマ－142,0263
非ポリマー2,97512
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area6510 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area55900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.510, 120.510, 183.130
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number177
Space group name H-MP622
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-504-

YB

21A-505-

YB

-
要素

#1: タンパク質 Glycoprotein G


分子量: 47342.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Vesicular stomatitis Indiana virus (strain Mudd-Summers) (ウイルス)
株: Mudd-Summers / 参照: UniProt: P0C2X0
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物 ChemComp-YB / YTTERBIUM (III) ION


分子量: 173.040 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Yb
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.7 / 詳細: 0.1M TRIS PH 8.7, NANO3 0.4M, PEG 4000 24%

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.3861 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年1月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.3861 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→45 Å / Num. obs: 16104 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル解像度: 3→3.2 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 94.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2CMZ

2cmz
PDB 未公開エントリ


解像度: 3→14.942 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / 位相誤差: 21.78
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2395 816 5.07 %Random
Rwork0.1813 ---
obs0.1841 16104 99.23 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→14.942 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3264 0 44 0 3308
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063415
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9074659
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6752002
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054501
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005592
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0004-3.18670.34981520.28542419X-RAY DIFFRACTION98
3.1867-3.430.34261290.24882483X-RAY DIFFRACTION99
3.43-3.77010.29211370.21172518X-RAY DIFFRACTION100
3.7701-4.30420.22541400.16262546X-RAY DIFFRACTION100
4.3042-5.38040.17441290.14262583X-RAY DIFFRACTION100
5.3804-14.94210.18491290.15032739X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.72560.8447-0.21742.4597-1.15611.4652-0.2028-0.0829-0.857-0.16760.1054-0.40840.2270.18110.10780.32480.02660.09020.29610.00980.5534.563545.022658.964
24.55461.3851-1.50583.0111-0.28713.94210.276-0.4344-0.00880.1125-0.18510.04320.03560.1388-0.07240.3311-0.02560.03830.53350.10140.3337-13.77946.545683.553
34.441.05870.26442.87191.21778.0215-0.02950.2286-0.4489-0.3140.0328-0.28930.2209-0.1880.03860.3112-0.05490.12350.3702-0.07830.4963-18.567241.586453.7956
42.35040.1808-0.47491.11550.59280.59650.52231.47340.0801-1.8096-0.42310.52610.4907-0.72830.01271.4831-0.00820.12621.4989-0.14840.6717-21.073941.883126.4262
52.7686-0.0925-1.50933.8450.80373.6098-0.21140.3527-0.2844-0.2438-0.15610.5161-0.1654-0.08690.37420.24770.00730.00780.3405-0.02010.3733-4.075759.643954.7408
63.03853.26953.78464.26655.12446.19760.55580.09-1.21730.05690.24570.07540.24250.676-0.83020.99180.17770.15610.5536-0.06710.8229-10.698334.414167.5236
70.00760.00150.00450.00030.00430.02210.6658-0.2824-0.36180.41080.25910.02490.6835-0.1969-0.80581.3428-0.15090.09860.6708-0.08721.3457-18.384829.392570.4986
81.4727-0.418-0.60190.9823-1.3563.0484-0.15920.09820.07510.12310.24970.4234-0.32540.0468-0.1410.41790.0935-0.02640.37070.04640.427-12.513454.904670.0653
94.9888-2.512-0.48026.2177-2.06769.63480.3594-0.88941.03950.7051-0.4669-0.78150.03860.52050.02670.4909-0.1044-0.02060.5765-0.09950.4411-3.174558.592975.3435
107.17381.91012.04313.79321.49244.9513-0.17820.8398-0.3651-0.54850.2415-0.22690.21820.4289-0.05530.33210.03890.00960.402-0.01840.35118.805356.853752.262
111.01540.1891-2.71280.0355-0.51037.3511-0.5334-0.05350.0441-0.38610.2201-0.1376-0.4086-0.43190.32651.3921-0.0455-0.23771.4725-0.15210.9331-11.560647.083436.3062
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resseq 1:17) or (chain A and resseq 310:382) or (chain A and resseq 1416:1416)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resseq 36:46) or (chain A and resseq 181:258) or (chain A and resseq 1418:1418)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resseq 53:59) or (chain A and resseq 130:172) or (chain A and resseq 1414:1415)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resseq 60:129)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resseq 18:25) or (chain A and resseq 274:309) or (chain A and resseq 1417:1417)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resseq 47:52)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resseq 173:180)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resseq 259:273)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resseq 26:35)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resseq 383:405)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain A and resseq 406:413)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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