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万見
- PDB-5hzs: Crystal structure of Dronpa-Co2+ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hzs
タイトルCrystal structure of Dronpa-Co2+
要素Fluorescent protein Dronpa
キーワードLUMINESCENT PROTEIN / Fluorescent Protein
機能・相同性
機能・相同性情報


bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Fluorescent protein Dronpa
類似検索 - 構成要素
生物種Echinophyllia sp. SC22 (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.17 Å
データ登録者Hwang, K.Y. / Nam, K.H.
資金援助 韓国, 2件
組織認可番号国
National Research Foundation of Korea (NRF) grant funded by the Korea government (MEST)NRF-2014R1A1A2059440 韓国
National Research Foundation of Korea (NRF) grant funded by the Korea government (MEST)NRF-2014R1212513 韓国
引用ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2016
タイトル: Crystal structures of Dronpa complexed with quenchable metal ions provide insight into metal biosensor development
著者: Kim, I.J. / Kim, S. / Park, J. / Eom, I. / Kim, S. / Kim, J.H. / Ha, S.C. / Kim, Y.G. / Hwang, K.Y. / Nam, K.H.
履歴
登録2016年2月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年11月20日Group: Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.12024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fluorescent protein Dronpa
B: Fluorescent protein Dronpa
C: Fluorescent protein Dronpa
D: Fluorescent protein Dronpa
E: Fluorescent protein Dronpa
F: Fluorescent protein Dronpa
G: Fluorescent protein Dronpa
H: Fluorescent protein Dronpa
I: Fluorescent protein Dronpa
J: Fluorescent protein Dronpa
K: Fluorescent protein Dronpa
L: Fluorescent protein Dronpa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)297,27236
ポリマ－295,85712
非ポリマー1,41424
水24,2481346
1
A: Fluorescent protein Dronpa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7733
ポリマ－24,6551
非ポリマー1182
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area110 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area9820 Å2
手法PISA
2
B: Fluorescent protein Dronpa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7733
ポリマ－24,6551
非ポリマー1182
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area120 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area9760 Å2
手法PISA
3
C: Fluorescent protein Dronpa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7733
ポリマ－24,6551
非ポリマー1182
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area110 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area9920 Å2
手法PISA
4
D: Fluorescent protein Dronpa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7733
ポリマ－24,6551
非ポリマー1182
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area120 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area9830 Å2
手法PISA
5
E: Fluorescent protein Dronpa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7733
ポリマ－24,6551
非ポリマー1182
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area110 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area9800 Å2
手法PISA
6
F: Fluorescent protein Dronpa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7733
ポリマ－24,6551
非ポリマー1182
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area120 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area9860 Å2
手法PISA
7
G: Fluorescent protein Dronpa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7733
ポリマ－24,6551
非ポリマー1182
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area110 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area9760 Å2
手法PISA
8
H: Fluorescent protein Dronpa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7733
ポリマ－24,6551
非ポリマー1182
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area120 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area9680 Å2
手法PISA
9
I: Fluorescent protein Dronpa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7733
ポリマ－24,6551
非ポリマー1182
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area110 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area9690 Å2
手法PISA
10
J: Fluorescent protein Dronpa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7733
ポリマ－24,6551
非ポリマー1182
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area120 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area9780 Å2
手法PISA
11
K: Fluorescent protein Dronpa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7733
ポリマ－24,6551
非ポリマー1182
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area120 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area9660 Å2
手法PISA
12
L: Fluorescent protein Dronpa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7733
ポリマ－24,6551
非ポリマー1182
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area120 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area9830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.330, 105.479, 109.776
Angle α, β, γ (deg.)115.790, 109.510, 93.950
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Fluorescent protein Dronpa


分子量: 24654.785 Da / 分子数: 12 / 断片: UNP residues 2-218 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Echinophyllia sp. SC22 (無脊椎動物)
遺伝子: Dronpa / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5TLG6
#2: 化合物...
ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1346 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.09 %
結晶化温度: 295.5 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: PEG 4000, Tris-HCl, MgCl2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.17→30 Å / Num. obs: 130970 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 3.1 % / Net I/σ(I): 25.02

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2GX2

2gx2


解像度: 2.17→29.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 6.235 / SU ML: 0.155 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.295 / ESU R Free: 0.215
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2254 6546 5 %RANDOM
Rwork0.1659 ---
obs0.1689 124396 93.13 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 93.3 Å2 / Biso mean: 31.303 Å2 / Biso min: 11.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.96 Å2-0.37 Å2-2.1 Å2
2--0.07 Å2-0.6 Å2
3----0.36 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.17→29.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20748 0 24 1346 22118
Biso mean--48.21 33.46 -
残基数----2569
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.01921324
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0219660
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9521.96128748
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.857345460
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.66552533
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.43424.5141050
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.2153583
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.6571584
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.22917
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02124079
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.025005
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4152.91310240
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.4142.91310239
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.4874.36112713
LS精密化 シェル解像度: 2.172→2.229 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 337 -
Rwork0.241 6682 -
all-7019 -
obs--67.38 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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