PDB-5hvz: Crystal structure of smAKAP AKB domain bound RIa dimerization/doc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5hvz

タイトル

Crystal structure of smAKAP AKB domain bound RIa dimerization/docking (D/D) complex at 2.0 A resolution

要素

Small membrane A-kinase anchor protein
cAMP-dependent protein kinase type I-alpha regulatory subunit

キーワード

TRANSFERASE / A-kinase anchoring protein / small membrane AKAP / protein kinase A / regulatory subunit

機能・相同性

機能・相同性情報

sperm head-tail coupling apparatus / PKA activation in glucagon signalling / DARPP-32 events / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / GPER1 signaling / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / PKA activation / nucleotide-activated protein kinase complex / Hedgehog 'off' state / negative regulation of cAMP/PKA signal transduction ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Wu, J. / Burgers, P.P. / Bruystens, J. / Heck, A.J.R. / Taylor, S.S.

資金援助

オランダ,

米国, 2件

組織	認可番号	国
Netherlands Organization for Scientific Research	262067	オランダ
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)	DK54441	米国

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2016
タイトル: Structure of smAKAP and its regulation by PKA-mediated phosphorylation.
著者: Burgers, P.P. / Bruystens, J. / Burnley, R.J. / Nikolaev, V.O. / Keshwani, M. / Wu, J. / Janssen, B.J. / Taylor, S.S. / Heck, A.J. / Scholten, A.

履歴

登録	2016年1月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年4月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年6月15日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月6日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.5	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5hvz.cif.gz	38.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5hvz.ent.gz	25.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5hvz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5hvz_validation.pdf.gz	444.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5hvz_full_validation.pdf.gz	444.8 KB	表示
XML形式データ	5hvz_validation.xml.gz	7.2 KB	表示
CIF形式データ	5hvz_validation.cif.gz	9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hv/5hvz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hv/5hvz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3im4S 3im3 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2dhq-d 6ay1-8 5vts-1 4n0p-5 2y71-d 6i76-d 2ltc-d 2inb-d 4civ-d 6oo1-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (13) #251 - 2020年11月アデニリルシクラーゼ (Adenylyl Cyclase) 類似性 (8) #48 - 2003年12月異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein) 類似性 (8)

登録構造単位

A: cAMP-dependent protein kinase type I-alpha regulatory subunit

B: cAMP-dependent protein kinase type I-alpha regulatory subunit

C: Small membrane A-kinase anchor protein

14.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.511, 55.737, 57.268
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質・ペプチド	cAMP-dependent protein kinase type I-alpha regulatory subunit 分子量: 6005.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: PRKAR1A / 細胞株 (発現宿主): BL21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00514
#2: タンパク質・ペプチド	Small membrane A-kinase anchor protein / smAKAP 分子量: 2792.194 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP Residues 56-79 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BSF0
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.17 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 3.5 詳細: a 2:3 ratio of protein solution:crystallizing (crystallizing solution: 0.1 M Citric acid pH 3.5, 28% w/v Polyethylene glycol 8,000) Temp details: room temperature

-
データ収集

回折	平均測定温度: 200 K / Ambient temp details: cryo under liquid nitrogen
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→50 Å / Num. obs: 8480 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 5.2 % / R_merge(I) obs: 0.076 / R_sym value: 0.061 / Net I/σ(I): 26.9
反射シェル	解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 5.4 % / R_merge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3IM4

3im4

解像度: 2→39.94 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / SU B: 3.823 / SU ML: 0.111 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.214 / ESU R Free: 0.175 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24133	392	4.7 %	RANDOM
R_work	0.20976	-	-	-
obs	0.21127	7937	97.53 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.44 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.43 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.65 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.22 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2→39.94 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	959	0	0	29	988

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.023	0.022	974
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.024
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.891	1.988	1313
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.439	5	117
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.184	24.348	46
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.682	15	182
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.253	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.151	0.2	151
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	717
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.437	1.5	602
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.656	2	959
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.345	3	372
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.258	4.5	354
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.19	29	-
R_work	0.206	587	-
obs	-	-	99.84 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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