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万見
- PDB-5huz: Solution structure of coiled coil domain of myosin binding subuni... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5huz
タイトルSolution structure of coiled coil domain of myosin binding subunit of myosin light chain phosphatase
要素Protein phosphatase 1 regulatory subunit 12A
キーワードSIGNALING PROTEIN / VASCULAR SMOOTH MUSCLE CELL
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of myosin-light-chain-phosphatase activity / positive regulation of myosin-light-chain-phosphatase activity / phosphatase regulator activity / PTW/PP1 phosphatase complex / contractile muscle fiber / regulation of nucleocytoplasmic transport / negative regulation of catalytic activity / RHO GTPases Activate ROCKs / RHO GTPases activate CIT / enzyme inhibitor activity ...regulation of myosin-light-chain-phosphatase activity / positive regulation of myosin-light-chain-phosphatase activity / phosphatase regulator activity / PTW/PP1 phosphatase complex / contractile muscle fiber / regulation of nucleocytoplasmic transport / negative regulation of catalytic activity / RHO GTPases Activate ROCKs / RHO GTPases activate CIT / enzyme inhibitor activity / centrosome cycle / A band / RHO GTPases activate PAKs / regulation of cell adhesion / stress fiber / RHO GTPases activate PKNs / 14-3-3 protein binding / protein dephosphorylation / kinetochore / Z disc / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / cellular response to xenobiotic stimulus / actin cytoskeleton / mitotic cell cycle / focal adhesion / centrosome / nucleolus / protein kinase binding / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Protein phosphatase 1 regulatory subunit 12A/B/C / cGMP-dependent protein kinase, interacting domain / cGMP-dependent protein kinase interacting domain / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein phosphatase 1 regulatory subunit 12A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, molecular dynamics
データ登録者Sharma, A.K. / Birrane, G. / Anklin, C. / Rigby, A.C. / Pollak, M. / Alper, S.L.
引用
ジャーナル: To Be Published
タイトル: To be published
著者: Sharma, A.K. / Rigby, A.C.
#1: ジャーナル: Protein Pept Lett. / 年: 2014
タイトル: NMR assignment and secondary structure of coiled coil domain of C-terminal myosin binding subunit of myosin phosphatase
著者: Sharma, A.K. / Rigby, A.C.
履歴
登録2016年1月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2016年3月2日ID: 2mxr
改定 1.02016年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2016年8月10日ID: 2MXR
改定 1.12016年8月10日Group: Advisory / Database references / Structure summary
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: database_2 / entity ...database_2 / entity / pdbx_database_status / pdbx_nmr_exptl / pdbx_nmr_refine / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_number_of_molecules / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_exptl.type / _pdbx_nmr_refine.software_ordinal / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein phosphatase 1 regulatory subunit 12A
B: Protein phosphatase 1 regulatory subunit 12A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5772
ポリマ－11,5772
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area2270 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area6910 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1target function

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Protein phosphatase 1 regulatory subunit 12A / Myosin phosphatase-targeting subunit 1 / Myosin phosphatase target subunit 1 / Protein phosphatase ...Myosin phosphatase-targeting subunit 1 / Myosin phosphatase target subunit 1 / Protein phosphatase myosin-binding subunit


分子量: 5788.542 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 931-978 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Bacteria / 遺伝子: PPP1R12A, MBS, MYPT1 / プラスミド: pET28a / 器官 (発現宿主): HOMO SAPIENS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O14974

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic12D 1H-15N HSQC NH2 only
131isotropic12D 1H-13C HSQC
141isotropic13D CBCA(CO)NH
151isotropic13D C(CO)NH
1101isotropic13D HNCO
191isotropic13D HNCA
181isotropic13D HN(CA)CB
171isotropic13D HBHA(CO)NH
161isotropic13D HN(CO)CA
1111isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1121isotropic13D H(CCO)NH
1131isotropic23D 1H-15N NOESY
1141isotropic23D 1H-13C NOESY
1151isotropic22D 1H-1H NOESY
1161anisotropic2isotope filtered 3D 1H-13C NOESY
1171anisotropic2isotope filtered 3D 1H-15N NOESY
1181anisotropic3isotope filtered 2D NOESY
1191isotropic32D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 1.0 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] coiled coil mbs-1, 1.0 mM [U-99% 15N] coiled coil mbs-2, 1.0 mM coiled coil mbs-3, 90% H2O/10% D2O
詳細: 8% D2O, 1.0 MM [U-99% 13C; U-99% 15N] PROTEIN, 1 % DSS, 25 MM POTASSIUM PHOSPHATE, 0.05 % SODIUM AZIDE, 10 MM SODIUM CHLORIDE, 92% H2O/8% D2O
Label: 13C,15N_sample, 15N_sample, unlabeled_sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.0 mMcoiled coil mbs-1[U-99% 13C; U-99% 15N]1
1.0 mMcoiled coil mbs-2[U-99% 15N]1
1.0 mMcoiled coil mbs-3natural abundance1
試料状態イオン強度: 10 mM / Ionic strength err: 0.1 / Label: conditions_1 / pH: 7.0 / PH err: 0.05 / 圧: 1 atm / Pressure err: 0.01 / 温度: 303 K / Temperature err: 0.2

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE7002
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
Analysis2.4.0CCPNchemical shift assignment
ANSIGKraulischemical shift assignment
CYANA3.97Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CNS1.3Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: torsion angle dynamics, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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