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- PDB-5hti: Crystal structure of c-Met kinase domain in complex with LXM108 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hti
タイトルCrystal structure of c-Met kinase domain in complex with LXM108
要素Hepatocyte growth factor receptor
キーワードTRANSFERASE / c-Met inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of guanyl-nucleotide exchange factor activity / hepatocyte growth factor receptor activity / Drug-mediated inhibition of MET activation / endothelial cell morphogenesis / MET activates STAT3 / negative regulation of hydrogen peroxide-mediated programmed cell death / MET interacts with TNS proteins / MET Receptor Activation / semaphorin-plexin signaling pathway involved in axon guidance / semaphorin receptor activity ...negative regulation of guanyl-nucleotide exchange factor activity / hepatocyte growth factor receptor activity / Drug-mediated inhibition of MET activation / endothelial cell morphogenesis / MET activates STAT3 / negative regulation of hydrogen peroxide-mediated programmed cell death / MET interacts with TNS proteins / MET Receptor Activation / semaphorin-plexin signaling pathway involved in axon guidance / semaphorin receptor activity / MET receptor recycling / semaphorin receptor complex / pancreas development / MET activates PTPN11 / MET activates RAP1 and RAC1 / Sema4D mediated inhibition of cell attachment and migration / MET activates PI3K/AKT signaling / negative regulation of stress fiber assembly / positive regulation of endothelial cell chemotaxis / negative regulation of Rho protein signal transduction / MET activates PTK2 signaling / branching morphogenesis of an epithelial tube / positive chemotaxis / negative regulation of thrombin-activated receptor signaling pathway / semaphorin-plexin signaling pathway / establishment of skin barrier / MET activates RAS signaling / phagocytosis / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / positive regulation of microtubule polymerization / negative regulation of autophagy / basal plasma membrane / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / liver development / molecular function activator activity / neuron differentiation / Negative regulation of MET activity / receptor protein-tyrosine kinase / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / cell migration / PIP3 activates AKT signaling / nervous system development / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / RAF/MAP kinase cascade / protein phosphatase binding / protein tyrosine kinase activity / cell surface receptor signaling pathway / receptor complex / phosphorylation / cell surface / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase, HGF/MSP receptor / Plexin family / Plexin repeat / Plexin repeat / Sema domain / semaphorin domain / Sema domain / Sema domain superfamily / Sema domain profile. / IPT/TIG domain ...Tyrosine-protein kinase, HGF/MSP receptor / Plexin family / Plexin repeat / Plexin repeat / Sema domain / semaphorin domain / Sema domain / Sema domain superfamily / Sema domain profile. / IPT/TIG domain / ig-like, plexins, transcription factors / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / IPT domain / Immunoglobulin E-set / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-66L / Hepatocyte growth factor receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.66 Å
データ登録者Liu, Q.F. / Xu, Y.C.
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of c-Met kinase domain in complex with LXM108
著者: Xu, Y.C. / Long, Y.
履歴
登録2016年1月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hepatocyte growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6232
ポリマ－36,0341
非ポリマー5901
水3,873215
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area13730 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)42.894, 80.557, 91.449
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Hepatocyte growth factor receptor / HGF receptor / HGF/SF receptor / Proto-oncogene c-Met / Scatter factor receptor / SF receptor / ...HGF receptor / HGF/SF receptor / Proto-oncogene c-Met / Scatter factor receptor / SF receptor / Tyrosine-protein kinase Met


分子量: 36033.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MET / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: P08581, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-66L / N-[3-fluoro-4-({7-[2-(morpholin-4-yl)ethoxy]-1,6-naphthyridin-4-yl}oxy)phenyl]-N'-(4-fluorophenyl)cyclopropane-1,1-dicarboxamide


分子量: 589.589 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H29F2N5O5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.1
詳細: 10-11% PEG5000MME, 11% isopropanol, 0.1M HEPES pH 7.1

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.66→50 Å / Num. obs: 38131 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 10.8 % / Biso Wilson estimate: 17.12 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/av σ(I): 38.262 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.66-1.6910.80.307199.9
1.69-1.7210.80.284199.6
1.72-1.7510.70.247199.9
1.75-1.7910.70.229199.8
1.79-1.8310.80.1881100
1.83-1.8710.60.173199.8
1.87-1.9210.50.1561100
1.92-1.979.60.145199.2
1.97-2.0310.10.132199.8
2.03-2.0911.40.111199.9
2.09-2.1711.30.104199.8
2.17-2.2511.30.093199.8
2.25-2.3611.20.085199.9
2.36-2.4811.20.079199.9
2.48-2.6310.70.071100
2.63-2.849.50.068198.9
2.84-3.1211.30.0611100
3.12-3.5811.40.0561100
3.58-4.510.90.051199.9
4.5-5010.20.058198.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation6.51 Å31.28 Å
Translation6.51 Å31.28 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
HKL-3000データスケーリング
HKL-30002.5.5data processing
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MXC

4mxc


解像度: 1.66→31.283 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.44
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2056 2000 5.25 %
Rwork0.181 --
obs0.1823 38060 99.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 66.54 Å2 / Biso mean: 23.6161 Å2 / Biso min: 7.94 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.66→31.283 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2306 0 43 215 2564
Biso mean--19.48 27.97 -
残基数----290
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082423
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4463289
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.261363
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005411
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.211887
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6595-1.7010.2361360.19212436X-RAY DIFFRACTION96
1.701-1.7470.2391400.18572545X-RAY DIFFRACTION100
1.747-1.79840.22311420.18612552X-RAY DIFFRACTION100
1.7984-1.85640.20231410.18042548X-RAY DIFFRACTION100
1.8564-1.92270.24381410.17832546X-RAY DIFFRACTION100
1.9227-1.99970.22481410.18742551X-RAY DIFFRACTION99
1.9997-2.09070.19381430.18472557X-RAY DIFFRACTION100
2.0907-2.20090.20631420.18182568X-RAY DIFFRACTION100
2.2009-2.33870.23871430.17722587X-RAY DIFFRACTION100
2.3387-2.51920.18781430.17322581X-RAY DIFFRACTION100
2.5192-2.77260.20841440.18982591X-RAY DIFFRACTION100
2.7726-3.17350.23231460.19482611X-RAY DIFFRACTION100
3.1735-3.9970.19041450.17792643X-RAY DIFFRACTION100
3.997-4.50.18711530.16562744X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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