+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5hss | ||||||
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Title | Linalool dehydratase/isomerase: Ldi with monoterpene substrate | ||||||
Components | Linalool dehydratase/isomerase | ||||||
Keywords | LYASE / Linalool dehydratase/isomerase / alpha6 alpha6 barrel fold / myrcene / geraniol | ||||||
Function / homology | Function and homology information linalool dehydratase / geraniol isomerase / monoterpene catabolic process / intramolecular hydroxytransferase activity / monoterpenoid metabolic process / hydro-lyase activity / : / protein tetramerization / periplasmic space Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Castellaniella defragrans (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SIRAS / Resolution: 2.5 Å | ||||||
Authors | Weidenweber, S. / Marmulla, R. / Harder, J. / Ermler, U. | ||||||
Funding support | Germany, 1items
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Citation | Journal: Febs Lett. / Year: 2016 Title: X-ray structure of linalool dehydratase/isomerase from Castellaniella defragrans reveals enzymatic alkene synthesis. Authors: Weidenweber, S. / Marmulla, R. / Ermler, U. / Harder, J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5hss.cif.gz | 725.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5hss.ent.gz | 630.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5hss.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5hss_validation.pdf.gz | 492.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5hss_full_validation.pdf.gz | 510.7 KB | Display | |
Data in XML | 5hss_validation.xml.gz | 63.4 KB | Display | |
Data in CIF | 5hss_validation.cif.gz | 85.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hs/5hss ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hs/5hss | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 41862.520 Da / Num. of mol.: 5 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Castellaniella defragrans (bacteria) / Gene: ldi / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) References: UniProt: E1XUJ2, linalool dehydratase, geraniol isomerase #2: Chemical | ChemComp-PG0 / #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.79 Å3/Da / Density % sol: 55.9 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: PEG 550 MME, bicine |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X10SA / Wavelength: 0.97928 Å |
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: May 17, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97928 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.5→50 Å / Num. all: 81656 / Num. obs: 957382 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 11.7 % / CC1/2: 0.997 / Rsym value: 0.014 / Net I/av σ(I): 13.7 / Net I/σ(I): 13.7 |
Reflection shell | Resolution: 2.5→2.6 Å / Redundancy: 11.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 99.2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SIRAS / Resolution: 2.5→49.08 Å / SU ML: 0.35 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 23.48
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.5→49.08 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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