ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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HKL-2000 | | データスケーリング | PHENIX | 1.9_1692精密化 | PDB_EXTRACT | 3.2 | データ抽出 | SHELX | | 位相決定 | MLPHARE | | 位相決定 | HKL-3000 | | データ削減 | |
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精密化 | 解像度: 1.3→30.725 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.91 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.174 | 3363 | 4.94 % |
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Rwork | 0.15 | 64738 | - |
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obs | 0.1512 | 68101 | 89.79 % |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL |
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原子変位パラメータ | Biso max: 73.27 Å2 / Biso mean: 19.1155 Å2 / Biso min: 8.45 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.3→30.725 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 2096 | 0 | 1 | 497 | 2594 |
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Biso mean | - | - | 55.83 | 32.13 | - |
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残基数 | - | - | - | - | 285 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.009 | 2216 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d1.242 | 3035 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.071 | 357 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.006 | 414 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d13.09 | 813 | | | | | |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 24 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Num. reflection all | % reflection obs (%) |
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1.3003-1.3189 | 0.2425 | 94 | 0.2194 | 1758 | 1852 | 59 | 1.3189-1.3386 | 0.2213 | 94 | 0.214 | 2015 | 2109 | 69 | 1.3386-1.3595 | 0.2057 | 118 | 0.2126 | 2238 | 2356 | 75 | 1.3595-1.3818 | 0.2134 | 143 | 0.1993 | 2387 | 2530 | 82 | 1.3818-1.4056 | 0.2185 | 126 | 0.1945 | 2463 | 2589 | 83 | 1.4056-1.4312 | 0.205 | 123 | 0.1914 | 2552 | 2675 | 86 | 1.4312-1.4587 | 0.2012 | 148 | 0.1891 | 2549 | 2697 | 86 | 1.4587-1.4885 | 0.1885 | 145 | 0.1731 | 2573 | 2718 | 88 | 1.4885-1.5208 | 0.1773 | 146 | 0.1626 | 2635 | 2781 | 88 | 1.5208-1.5562 | 0.1852 | 145 | 0.1515 | 2626 | 2771 | 90 | 1.5562-1.5951 | 0.155 | 143 | 0.1499 | 2643 | 2786 | 89 | 1.5951-1.6383 | 0.1801 | 111 | 0.1431 | 2727 | 2838 | 90 | 1.6383-1.6865 | 0.1749 | 142 | 0.147 | 2722 | 2864 | 91 | 1.6865-1.7409 | 0.1689 | 153 | 0.1492 | 2748 | 2901 | 92 | 1.7409-1.8031 | 0.1812 | 140 | 0.1515 | 2859 | 2999 | 95 | 1.8031-1.8753 | 0.1857 | 149 | 0.1523 | 2880 | 3029 | 96 | 1.8753-1.9606 | 0.1669 | 171 | 0.1517 | 2898 | 3069 | 97 | 1.9606-2.064 | 0.163 | 158 | 0.1494 | 2968 | 3126 | 99 | 2.064-2.1933 | 0.1577 | 134 | 0.14 | 3036 | 3170 | 99 | 2.1933-2.3625 | 0.1482 | 167 | 0.1369 | 2983 | 3150 | 100 | 2.3625-2.6002 | 0.1575 | 154 | 0.1409 | 3061 | 3215 | 100 | 2.6002-2.9762 | 0.1598 | 146 | 0.1513 | 3079 | 3225 | 100 | 2.9762-3.7486 | 0.182 | 142 | 0.1437 | 3120 | 3262 | 100 | 3.7486-30.7337 | 0.1848 | 171 | 0.1439 | 3218 | 3389 | 99 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | 0.582 | -0.0627 | 0.3915 | 0.8481 | 0.0668 | 1.3527 | 0.0173 | 0.0021 | -0.0012 | -0.08 | 0.042 | -0.0119 | -0.0284 | -0.002 | -0.0571 | 0.1118 | -0.0025 | 0.0009 | 0.0978 | -0.0035 | 0.1039 | 17.2922 | 43.7018 | 43.8348 | 2 | 0.6244 | -0.2292 | -0.5517 | 0.2912 | 0.2697 | 0.8296 | -0.0639 | -0.0048 | -0.0552 | 0.0252 | -0.026 | 0.0602 | 0.0864 | -0.0751 | 0.0856 | 0.1053 | -0.0087 | -0.003 | 0.0995 | -0.0052 | 0.127 | 3.7319 | 36.1948 | 58.4219 | 3 | 0.9393 | 0.0363 | -0.174 | 0.6424 | -0.0239 | 0.9051 | 0.0363 | -0.0775 | 0.1445 | 0.0001 | 0.0008 | 0.106 | -0.1879 | -0.1367 | -0.0289 | 0.1295 | 0.0216 | -0.0069 | 0.1532 | -0.0314 | 0.1404 | -6.4967 | 50.6191 | 70.1966 | 4 | 0.7517 | -0.5418 | -0.8898 | 0.5762 | 0.9637 | 1.5435 | -0.0304 | -0.1246 | 0.0073 | -0.0151 | 0.0385 | 0.0325 | 0.0084 | 0.1087 | 0.001 | 0.132 | 0.0044 | -0.0081 | 0.1193 | -0.0096 | 0.1269 | 14.3688 | 41.7297 | 61.8039 |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details | Auth asym-ID | Auth seq-ID |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | chain 'A' and (resid 32 through 86 )A32 - 86 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | chain 'A' and (resid 87 through 185 )A87 - 185 | 3 | X-RAY DIFFRACTION | 3 | chain 'A' and (resid 186 through 253 )A186 - 253 | 4 | X-RAY DIFFRACTION | 4 | chain 'A' and (resid 254 through 316 )A254 - 316 | | | | | | | | |
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