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- PDB-5hqj: Crystal structure of ABC transporter Solute Binding Protein B1G1H... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hqj
タイトルCrystal structure of ABC transporter Solute Binding Protein B1G1H7 from Burkholderia graminis C4D1M, target EFI-511179, in complex with D-arabinose
要素Periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator
キーワードSOLUTE-BINDING PROTEIN / ABC TRANSPORTER SOLUTE BINDING PROTEIN / ENZYME FUNCTION INITIATIVE / EFI / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


outer membrane-bounded periplasmic space / carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能
: / Periplasmic binding protein / Periplasmic binding protein domain / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-D-arabinopyranose / Periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia graminis C4D1M (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Roth, Y. / Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Toro, R. / Morisco, L.L. / Benach, J. / Koss, J. / Wasserman, S.R. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of ABC transporter Solute Binding Protein B1G1H7 from Burkholderia graminis C4D1M, target EFI-511179, in complex with D-arabinose
著者: Roth, Y. / Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Toro, R. / Morisco, L.L. / Benach, J. / Koss, J. / Wasserman, S.R. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
履歴
登録2016年1月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.type / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,9193
ポリマ－33,7341
非ポリマー1862
水4,864270
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.094, 37.403, 62.429
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 113.610, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator


分子量: 33733.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia graminis C4D1M (バクテリア)
株: C4D1M / 遺伝子: BgramDRAFT_3172 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B1G1H7
#2: 糖 ChemComp-64K / alpha-D-arabinopyranose / alpha-D-arabinose / D-arabinose / arabinose / α-D-アラビノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C5H10O5
識別子タイププログラム
DArapaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-arabinopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ArapIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
AraSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 270 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.51 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Protein (10 mM HEPES pH 7.5, 5 mM DTT, 10 mM D-Arabinose); Reservoir (MCSG2 B2)(0.2 M Potassium Acetate 20 %(w/v) PEG 3350); Cryoprotection (20% Ethylene Glycol, 80% Reservoir)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月20日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→50 Å / Num. obs: 37889 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 12.81 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.061 / Χ2: 0.892 / Net I/av σ(I): 27.917 / Net I/σ(I): 10.3 / Num. measured all: 282195
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.55-1.617.40.65637480.910.2580.7050.792100
1.61-1.677.40.4737490.9450.1850.5060.799100
1.67-1.757.40.34137840.9660.1340.3670.795100
1.75-1.847.50.23237620.980.0910.2490.777100
1.84-1.957.50.15737720.9890.0610.1680.834100
1.95-2.17.50.10337860.9930.040.1110.879100
2.1-2.327.50.08937760.9940.0350.0961.23100
2.32-2.657.50.07538120.9940.0290.0811.311100
2.65-3.347.50.04438170.9980.0170.0470.833100
3.34-507.20.03338830.9980.0130.0350.65298.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-3000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-3000データ削減
MLPHARE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.55→27.991 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.71 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.254 1721 4.8 %
Rwork0.2057 34159 -
obs0.2081 35880 94.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 331.42 Å2 / Biso mean: 32.4823 Å2 / Biso min: 4.84 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.55→27.991 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2149 0 21 270 2440
Biso mean--21.27 32.46 -
残基数----289
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0122227
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3553017
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055358
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006394
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.817852
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5492-1.59480.2996820.24551875195763
1.5948-1.64630.3141200.26042424254481
1.6463-1.70510.31511370.27232851298895
1.7051-1.77340.30961500.269829763126100
1.7734-1.85410.30081320.265429973129100
1.8541-1.95180.33171440.258629823126100
1.9518-2.07410.2841570.23232985314299
2.0741-2.23410.26921610.22172956311799
2.2341-2.45880.24141730.208629953168100
2.4588-2.81430.28741810.201229713152100
2.8143-3.54470.1951420.179430493191100
3.5447-27.99540.2061420.15083098324099
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1495-0.0001-0.23861.2281-0.20360.64890.1520.09310.1015-0.8622-0.27010.50970.8763-0.51390.11330.5183-0.1545-0.15060.2869-0.03540.039917.53278.347843.0824
20.44160.03030.08940.5965-0.19340.3711-0.0331-0.1346-0.15580.21410.0535-0.1625-0.0391-0.09460.00260.06220.00340.00330.07860.03330.112847.665510.609138.8083
31.00030.41760.13650.52120.08150.3024-0.022-0.16820.3159-0.0887-0.02310.19640.2527-0.0210.02560.14180.05930.04720.1638-0.02030.08633.199417.642349.6958
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 25 through 133 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 134 through 243 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 244 through 313 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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