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- PDB-5hpn: A circularly permuted PduA forming an icosahedral cage -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hpn
タイトルA circularly permuted PduA forming an icosahedral cage
要素Permuted PduA
キーワードDE NOVO PROTEIN / PduA / protein design / icosahedron / cage / BMC / MCP / microcompartment / design
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.509 Å
データ登録者Leibly, D.J. / Jorda, J. / Yeates, T.O.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-1332907 米国
引用ジャーナル: Chem.Commun.(Camb.) / 年: 2016
タイトル: Structure of a novel 13 nm dodecahedral nanocage assembled from a redesigned bacterial microcompartment shell protein.
著者: Jorda, J. / Leibly, D.J. / Thompson, M.C. / Yeates, T.O.
履歴
登録2016年1月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月13日Group: Database references
改定 1.22016年4月20日Group: Derived calculations
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Permuted PduA
B: Permuted PduA
C: Permuted PduA
D: Permuted PduA
E: Permuted PduA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,9866
ポリマ－43,8905
非ポリマー961
水30617
1
A: Permuted PduA
B: Permuted PduA
C: Permuted PduA
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ヘテロ分子

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D: Permuted PduA
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ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)527,83672
ポリマ－526,68460
非ポリマー1,15312
水1,08160
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation13_456y-1/2,x+1/2,-z+3/21
crystal symmetry operation14_656-y+3/2,-x+1/2,-z+3/21
crystal symmetry operation15_454y-1/2,-x+1/2,z-1/21
crystal symmetry operation16_654-y+3/2,x+1/2,z-1/21
crystal symmetry operation17_546x+1/2,z-1/2,-y+3/21
crystal symmetry operation18_544-x+1/2,z-1/2,y-1/21
crystal symmetry operation19_566-x+1/2,-z+3/2,-y+3/21
crystal symmetry operation20_564x+1/2,-z+3/2,y-1/21
crystal symmetry operation21_445z-1/2,y-1/2,-x+1/21
crystal symmetry operation22_465z-1/2,-y+3/2,x+1/21
crystal symmetry operation23_645-z+3/2,y-1/2,x+1/21
crystal symmetry operation24_665-z+3/2,-y+3/2,-x+1/21
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7890 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area16630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)144.500, 144.500, 144.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number208
Space group name H-MP4232

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要素

#1: タンパク質
Permuted PduA


分子量: 8778.060 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.06 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1.8M Ammonium Sulfate 0.1M Tris pH8.5 1.25% w/v Peg 10000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9717 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9717 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.509→83.43 Å / Num. obs: 18264 / % possible obs: 99.95 % / 冗長度: 10.6 % / Rsym value: 0.1335 / Net I/σ(I): 14.71
反射 シェル解像度: 2.509→2.598 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4PPD

4ppd


解像度: 2.509→83.427 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.64 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2556 1827 10 %
Rwork0.212 --
obs0.2164 18262 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.509→83.427 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2858 0 5 17 2880
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012891
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3523934
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.447970
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06509
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009508
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5086-2.57640.32761390.28841244X-RAY DIFFRACTION100
2.5764-2.65220.33051350.3081220X-RAY DIFFRACTION100
2.6522-2.73780.36351380.28881242X-RAY DIFFRACTION100
2.7378-2.83570.35881370.29291240X-RAY DIFFRACTION100
2.8357-2.94920.2881380.26711239X-RAY DIFFRACTION100
2.9492-3.08350.27791360.27481226X-RAY DIFFRACTION100
3.0835-3.24610.29061390.25011249X-RAY DIFFRACTION100
3.2461-3.44940.31411400.22491251X-RAY DIFFRACTION100
3.4494-3.71580.28161400.21451267X-RAY DIFFRACTION100
3.7158-4.08970.23091420.17871270X-RAY DIFFRACTION100
4.0897-4.68140.19511420.1631275X-RAY DIFFRACTION100
4.6814-5.89790.22961440.18331302X-RAY DIFFRACTION100
5.8979-83.47320.23371570.20491410X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.99431.7068-0.71125.2028-0.68124.065-0.17340.4953-0.2125-0.55310.0649-0.62640.09130.08880.09430.41860.01820.03540.3738-0.01580.372641.437112.9459149.4993
25.45882.56271.6875.72390.65443.84420.1645-0.1528-0.4035-0.3011-0.0406-0.16110.0903-0.1101-0.07640.5554-0.0538-0.07290.69240.00450.451614.889196.7967129.7432
34.7641.4761-0.91864.3499-1.38382.8438-0.0766-0.2387-0.4772-0.05930.0133-0.10690.33770.15330.02390.4770.0451-0.08290.6370.05020.382410.528793.7761151.2873
45.06651.5183-2.10894.75530.08964.3974-0.39040.5129-0.424-0.85980.1628-0.47710.3991-0.16370.25950.763-0.04140.09690.53870.00840.430233.686108.7679128.1747
53.47440.49580.261.6016-0.70095.814-0.0246-0.0601-0.1735-0.02890.0667-0.04620.4683-0.1266-0.09450.41840.0602-0.0540.40840.03650.394826.6694103.915163.1697
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resseq 1:89)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resseq 1:89)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain C and resseq 1:89)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain D and resseq 1:89)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain E and resseq 1:89)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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