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- PDB-5hpl: System-wide modulation of HECT E3 ligases with selective ubiquiti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hpl
タイトルSystem-wide modulation of HECT E3 ligases with selective ubiquitin variant probes: Rsp5 and UbV R5.4
要素
  • Rsp5
  • Ubiquitin variant R5.4
キーワードLIGASE / HECT E3 / Rsp5 / Ubiquitin / Ubv
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of dolichol biosynthetic process / RSP5-BUL ubiquitin ligase complex / regulation of ribosomal large subunit export from nucleus / regulation of tRNA processing / regulation of tRNA export from nucleus / regulation of ubiquinone biosynthetic process / regulation of phosphate metabolic process / regulation of ergosterol biosynthetic process / RHOQ GTPase cycle / RHOU GTPase cycle ...regulation of dolichol biosynthetic process / RSP5-BUL ubiquitin ligase complex / regulation of ribosomal large subunit export from nucleus / regulation of tRNA processing / regulation of tRNA export from nucleus / regulation of ubiquinone biosynthetic process / regulation of phosphate metabolic process / regulation of ergosterol biosynthetic process / RHOQ GTPase cycle / RHOU GTPase cycle / positive regulation of ubiquitin-dependent endocytosis / regulation of multivesicular body size / ribophagy / ubiquitin-dependent endocytosis / regulation of mRNA export from nucleus / mitochondria-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / regulation of rRNA processing / actin cortical patch / cellular bud tip / late endosome to vacuole transport via multivesicular body sorting pathway / nonfunctional rRNA decay / positive regulation of fatty acid biosynthetic process / regulation of nitrogen utilization / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / HECT-type E3 ubiquitin transferase / poly(A)+ mRNA export from nucleus / Regulation of PTEN stability and activity / Peptide chain elongation / positive regulation of endocytosis / Selenocysteine synthesis / Formation of a pool of free 40S subunits / protein K63-linked ubiquitination / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Eukaryotic Translation Termination / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Viral mRNA Translation / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / cytosolic ribosome / ubiquitin ligase complex / Maturation of protein E / Maturation of protein E / ER Quality Control Compartment (ERQC) / Myoclonic epilepsy of Lafora / FLT3 signaling by CBL mutants / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / Glycogen synthesis / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Membrane binding and targetting of GAG proteins / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / Negative regulation of FLT3 / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD Domain Mutants / Regulation of FZD by ubiquitination / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / NOTCH2 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / p75NTR recruits signalling complexes / Downregulation of ERBB4 signaling / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / Pexophagy / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / InlA-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cells / VLDLR internalisation and degradation / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / NF-kB is activated and signals survival / NRIF signals cell death from the nucleus / Regulation of PTEN localization / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / Regulation of BACH1 activity / Translesion synthesis by REV1 / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / mitochondrion organization / Translesion synthesis by POLK / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / phosphatidylinositol binding / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / Translesion synthesis by POLI / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / Josephin domain DUBs / Regulation of activated PAK-2p34 by proteasome mediated degradation / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle
類似検索 - 分子機能
E3 ubiquitin-protein ligase, SMURF1 type / HECT domain / HECT, E3 ligase catalytic domain / HECT-domain (ubiquitin-transferase) / HECT domain profile. / Domain Homologous to E6-AP Carboxyl Terminus with / C2 domain / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / WW domain / WW/rsp5/WWP domain signature. ...E3 ubiquitin-protein ligase, SMURF1 type / HECT domain / HECT, E3 ligase catalytic domain / HECT-domain (ubiquitin-transferase) / HECT domain profile. / Domain Homologous to E6-AP Carboxyl Terminus with / C2 domain / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / WW domain / WW/rsp5/WWP domain signature. / C2 domain / C2 domain profile. / WW domain superfamily / WW/rsp5/WWP domain profile. / Domain with 2 conserved Trp (W) residues / WW domain / Ribosomal L40e family / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / C2 domain superfamily / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase RSP5 / Ubiquitin-ribosomal protein eL40 fusion protein
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.31 Å
データ登録者Wu, K.-P. / Kamadurai, H.B. / Schulman, B.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM103403 米国
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2016
タイトル: System-Wide Modulation of HECT E3 Ligases with Selective Ubiquitin Variant Probes.
著者: Zhang, W. / Wu, K.P. / Sartori, M.A. / Kamadurai, H.B. / Ordureau, A. / Jiang, C. / Mercredi, P.Y. / Murchie, R. / Hu, J. / Persaud, A. / Mukherjee, M. / Li, N. / Doye, A. / Walker, J.R. / ...著者: Zhang, W. / Wu, K.P. / Sartori, M.A. / Kamadurai, H.B. / Ordureau, A. / Jiang, C. / Mercredi, P.Y. / Murchie, R. / Hu, J. / Persaud, A. / Mukherjee, M. / Li, N. / Doye, A. / Walker, J.R. / Sheng, Y. / Hao, Z. / Li, Y. / Brown, K.R. / Lemichez, E. / Chen, J. / Tong, Y. / Harper, J.W. / Moffat, J. / Rotin, D. / Schulman, B.A. / Sidhu, S.S.
履歴
登録2016年1月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月23日Group: Database references
改定 1.22016年4月20日Group: Database references
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rsp5
B: Rsp5
C: Ubiquitin variant R5.4
D: Ubiquitin variant R5.4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,4824
ポリマ－109,4824
非ポリマー00
水5,134285
1
A: Rsp5
C: Ubiquitin variant R5.4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,7412
ポリマ－54,7412
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1830 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area21680 Å2
手法PISA
2
B: Rsp5
D: Ubiquitin variant R5.4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,7412
ポリマ－54,7412
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1850 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area21610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.486, 92.352, 82.161
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.60, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Rsp5 / Reverses SPT-phenotype protein 5


分子量: 44864.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
プラスミド: pGEX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: P39940
#2: タンパク質 Ubiquitin variant R5.4


分子量: 9876.315 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pRSF-duet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: P62987*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 285 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.01 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: Bis-Tris 0.1M, pH 5.5 ammonium acetate 0.2 M, PEG 3350 14%

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月14日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.31→80.482 Å / Num. obs: 45796 / % possible obs: 98.17 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.134 / Net I/σ(I): 7.72
反射 シェル解像度: 2.31→2.393 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.41 / % possible all: 98.58

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
Cootモデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ND7

1nd7


解像度: 2.31→80.482 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.21 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2538 2320 5.07 %
Rwork0.1912 --
obs0.1944 45787 98.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.31→80.482 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7464 0 0 285 7749
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0097632
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1310296
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2762890
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0441089
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051349
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.31-2.35720.3071490.25922568X-RAY DIFFRACTION98
2.3572-2.40840.33211440.25842553X-RAY DIFFRACTION99
2.4084-2.46450.32571330.24362551X-RAY DIFFRACTION100
2.4645-2.52610.3331310.25342580X-RAY DIFFRACTION99
2.5261-2.59440.31231510.24442551X-RAY DIFFRACTION99
2.5944-2.67080.33641370.24082580X-RAY DIFFRACTION99
2.6708-2.7570.29691370.23322554X-RAY DIFFRACTION99
2.757-2.85550.29591270.22952569X-RAY DIFFRACTION99
2.8555-2.96980.3291240.21482589X-RAY DIFFRACTION99
2.9698-3.1050.29661440.2172560X-RAY DIFFRACTION99
3.105-3.26870.30511320.21562573X-RAY DIFFRACTION98
3.2687-3.47350.29011280.21512531X-RAY DIFFRACTION97
3.4735-3.74170.26141270.18662558X-RAY DIFFRACTION98
3.7417-4.11820.22651590.15972511X-RAY DIFFRACTION97
4.1182-4.71410.18761320.14272517X-RAY DIFFRACTION96
4.7141-5.9390.20821280.15892517X-RAY DIFFRACTION96
5.939-80.53060.17231370.15052605X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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