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- PDB-5hp2: Human Adenosine Deaminase Acting on dsRNA (ADAR2) bound to dsRNA ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hp2
タイトルHuman Adenosine Deaminase Acting on dsRNA (ADAR2) bound to dsRNA sequence derived from S. cerevisiae BDF2 gene with AU basepair at reaction site
要素
  • Double-stranded RNA-specific editase 1
  • RNA (5'-R(*GP*AP*CP*UP*GP*AP*AP*CP*GP*AP*CP*UP*AP*AP*UP*GP*UP*GP*GP*GP*GP*AP*A)-3')
  • RNA (5'-R(*UP*UP*CP*CP*CP*CP*AP*CP*AP*UP*UP*(8AZ)P*GP*AP*CP*GP*UP*UP*CP*AP*GP*UP*C)-3')
キーワードHYDROLASE/RNA / deaminase / human / hydrolase-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


hypoglossal nerve morphogenesis / muscle tissue morphogenesis / facial nerve morphogenesis / spinal cord ventral commissure morphogenesis / C6 deamination of adenosine / Formation of editosomes by ADAR proteins / double-stranded RNA adenine deaminase / tRNA-specific adenosine deaminase activity / adenosine to inosine editing / negative regulation of protein kinase activity by regulation of protein phosphorylation ...hypoglossal nerve morphogenesis / muscle tissue morphogenesis / facial nerve morphogenesis / spinal cord ventral commissure morphogenesis / C6 deamination of adenosine / Formation of editosomes by ADAR proteins / double-stranded RNA adenine deaminase / tRNA-specific adenosine deaminase activity / adenosine to inosine editing / negative regulation of protein kinase activity by regulation of protein phosphorylation / double-stranded RNA adenosine deaminase activity / base conversion or substitution editing / neuromuscular process controlling posture / neuromuscular synaptic transmission / innervation / motor neuron apoptotic process / motor behavior / RNA processing / positive regulation of viral genome replication / negative regulation of cell migration / multicellular organism growth / mRNA processing / double-stranded RNA binding / defense response to virus / regulation of cell cycle / negative regulation of cell population proliferation / innate immune response / mRNA binding / synapse / nucleolus / RNA binding / nucleoplasm / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ADAR2, first double-stranded RNA binding domain / ADAR2, second double-stranded RNA binding domain / Adenosine deaminase/editase / Adenosine-deaminase (editase) domain / Adenosine to inosine editase domain profile. / tRNA-specific and double-stranded RNA adenosine deaminase (RNA-specific editase) / Cytokine IL1/FGF / Double-stranded RNA binding motif / Double-stranded RNA binding motif / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / RNA / RNA (> 10) / Double-stranded RNA-specific editase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.983 Å
データ登録者Matthews, M.M. / Fisher, A.J. / Beal, P.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM061115 米国
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: Structures of human ADAR2 bound to dsRNA reveal base-flipping mechanism and basis for site selectivity.
著者: Matthews, M.M. / Thomas, J.M. / Zheng, Y. / Tran, K. / Phelps, K.J. / Scott, A.I. / Havel, J. / Fisher, A.J. / Beal, P.A.
履歴
登録2016年1月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月27日Group: Database references
改定 1.22016年5月18日Group: Database references
改定 1.32017年9月13日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52020年10月14日Group: Derived calculations / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / struct_conn / struct_conn_type
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _struct_conn.conn_type_id ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.62021年2月10日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
改定 1.72023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Double-stranded RNA-specific editase 1
B: RNA (5'-R(*UP*UP*CP*CP*CP*CP*AP*CP*AP*UP*UP*(8AZ)P*GP*AP*CP*GP*UP*UP*CP*AP*GP*UP*C)-3')
C: RNA (5'-R(*GP*AP*CP*UP*GP*AP*AP*CP*GP*AP*CP*UP*AP*AP*UP*GP*UP*GP*GP*GP*GP*AP*A)-3')
D: Double-stranded RNA-specific editase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,1778
ポリマ－104,7274
非ポリマー1,4514
水181
1
A: Double-stranded RNA-specific editase 1
B: RNA (5'-R(*UP*UP*CP*CP*CP*CP*AP*CP*AP*UP*UP*(8AZ)P*GP*AP*CP*GP*UP*UP*CP*AP*GP*UP*C)-3')
C: RNA (5'-R(*GP*AP*CP*UP*GP*AP*AP*CP*GP*AP*CP*UP*AP*AP*UP*GP*UP*GP*GP*GP*GP*AP*A)-3')
ヘテロ分子

D: Double-stranded RNA-specific editase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,1778
ポリマ－104,7274
非ポリマー1,4514
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y+1/2,-z+1/21
Buried area9670 Å2
ΔGint-155 kcal/mol
Surface area38120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.320, 106.680, 120.490
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AD

#1: タンパク質 Double-stranded RNA-specific editase 1 / RNA-editing deaminase 1 / RNA-editing enzyme 1 / dsRNA adenosine deaminase


分子量: 45005.383 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 299-701 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ADARB1, ADAR2, DRADA2, RED1 / プラスミド: pSc / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): BCY123
参照: UniProt: P78563, double-stranded RNA adenine deaminase

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RNA鎖 , 2種, 2分子 BC

#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*UP*UP*CP*CP*CP*CP*AP*CP*AP*UP*UP*(8AZ)P*GP*AP*CP*GP*UP*UP*CP*AP*GP*UP*C)-3')


分子量: 7225.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#3: RNA鎖 RNA (5'-R(*GP*AP*CP*UP*GP*AP*AP*CP*GP*AP*CP*UP*AP*AP*UP*GP*UP*GP*GP*GP*GP*AP*A)-3')


分子量: 7490.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

-
非ポリマー , 3種, 5分子

#4: 化合物 ChemComp-IHP / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / MYO-INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / INOSITOL 1,2,3,4,5,6-HEXAKISPHOSPHATE / myo-イノシト-ル六りん酸


分子量: 660.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H18O24P6
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.71 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M ammonium acetate, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 17% PEG10000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年1月5日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.98→80.4 Å / Num. obs: 21442 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 4.787 % / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.144 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 2.98→3.06 Å / 冗長度: 4.562 % / Rmerge(I) obs: 0.863 / Mean I/σ(I) obs: 1.88 / % possible all: 90

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
PHENIX1.9_1692モデル構築
XSCALEデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1ZY7

1zy7


解像度: 2.983→38.526 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2467 1084 5.07 %
Rwork0.1667 --
obs0.1708 21376 97.34 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.983→38.526 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6168 973 74 1 7216
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0097462
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.35910329
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4662928
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0541195
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071146
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9834-3.11910.41651190.30792400X-RAY DIFFRACTION93
3.1191-3.28340.32321340.22852533X-RAY DIFFRACTION99
3.2834-3.4890.31681270.2042467X-RAY DIFFRACTION96
3.489-3.75820.2591250.1832558X-RAY DIFFRACTION99
3.7582-4.1360.25651550.14712539X-RAY DIFFRACTION99
4.136-4.73360.2211360.13512524X-RAY DIFFRACTION97
4.7336-5.96030.21581350.13912618X-RAY DIFFRACTION99
5.9603-38.52880.19451530.14962653X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.28510.04430.22660.26880.02540.1538-0.06690.10630.1697-0.2726-0.28290.6336-0.0658-0.13250.00030.448-0.0380.02140.6689-0.01190.6163-31.6742-21.931632.185
20.3405-0.0479-0.41940.464-0.06890.2156-0.0316-0.219-0.0243-0.08550.0287-0.03270.0465-0.4047-0.00590.3307-0.1348-0.02030.35770.08740.3351-18.9179-27.151741.0945
30.3268-0.07420.51660.53020.33150.7714-0.0343-0.0586-0.123-0.0550.06270.29070.1582-0.25650.0390.4146-0.1110.03730.36090.02750.3933-19.8675-24.324329.4659
40.0359-0.00090.01690.17090.07470.12290.1899-0.1618-0.1964-0.2717-0.0270.2285-0.23070.0167-0.07520.67640.1447-0.15751.05980.34190.9699-26.8113-1.140216.7311
50.09810.0393-0.02150.10620.16570.13650.0893-0.13750.27830.17630.1428-0.03210.52720.3320.01230.32550.03510.02780.32310.03850.3006-11.0388-1.89431.2998
6-0.01870.1561-0.09870.11360.14950.9139-0.0847-0.0690.0110.06250.05840.03580.0834-0.1779-00.2736-0.02950.00780.33980.01290.3484-15.501-18.687437.1331
70.03710.15150.40250.17790.26930.8497-0.04240.20960.0350.14660.0493-0.08190.1751-0.07840.00550.2401-0.03170.03830.25050.01730.3357-0.9718-25.137437.9916
80.00040.00470.0145-0.00190.01740.01470.128-0.33180.032-0.34650.2740.3262-0.02540.03330.00010.8365-0.1489-0.07780.5609-0.15790.6412-12.1268.843517.6914
90.10670.04220.05730.00690.04670.21520.65810.0371-0.00870.20850.72250.1825-0.42010.79140.01051.1973-0.13130.23170.5334-0.04370.7968-19.709615.970629.7148
100.6518-0.42440.8831.0342-1.06281.54860.4205-0.28950.1767-0.06180.14640.5661-0.0181-1.02970.34630.47480.03310.04490.31770.06220.3675-22.174-0.375740.8936
110.04180.03060.0040.026-0.0013-0.0013-0.0290.3610.00370.4677-0.0053-0.0613-0.01890.017800.62690.07640.10110.76530.04360.5084-23.97585.538457.3102
12-0.0054-0.01430.00030.0019-0.00140.0470.4571-0.3780.4796-0.0526-0.1230.3901-0.20810.0598-0.0010.71940.02110.16850.6376-0.04660.7998-34.6131-5.590663.7131
130.00270.01010.00630.00270.00490.00230.5181-0.027-0.0840.0914-0.3043-0.0948-0.56210.03910.00070.78740.08850.08060.59040.09610.6107-27.0266-7.878360.5935
140.0090.01080.01490.009-0.00610.01020.2390.1890.38240.0844-0.0431-0.17880.51650.03730.00040.62830.29860.15291.03850.36460.7561-31.3925.468751.1315
150.14960.04620.1730.0120.05770.21880.092-0.14620.2113-0.16650.10460.68030.1625-0.3083-0.0020.8705-0.03220.1643-0.49810.08930.5871-17.30148.289943.9125
160.06520.0463-0.06520.0136-0.04480.044-0.1676-0.22480.0572-0.256-0.0180.19920.292-0.1306-00.5840.0142-0.050.40860.18010.5506-19.71127.288227.1764
170.0139-0.00580.0043-0.01050.00720.04870.00080.19140.02180.40330.54630.4938-0.2540.1753-0.00081.26570.01410.17750.52940.0450.6842-14.915217.596515.9223
180.7032-0.45150.02950.0221-0.1410.2815-0.14680.08650.0996-0.13090.04030.0610.02930.049800.5279-0.0191-0.03410.5301-0.00150.4388-7.4814-44.6132-1.8197
190.4392-0.53360.06811.63450.34880.15460.23040.5861-0.1115-0.5182-0.39540.2792-0.05390.0559-1.29280.50290.0929-0.06880.50420.02920.4015-17.0255-45.7259-8.3821
202.0023-4.98946.10038.51535.73131.99812.06280.062-3.1661.55250.10290.78863.5031-0.7732-2.22391.00190.2139-0.58260.68010.32951.3305-7.1954-80.4255-5.0655
215.62650.80521.52022.1854-1.88435.72520.3676-0.1123-0.7665-0.2243-0.4067-0.02341.24660.6875-0.3750.59790.1095-0.04110.24050.01910.4245-9.4724-64.621310.587
220.6704-0.3616-0.12471.02730.42861.21180.11440.011-0.1085-0.1234-0.0350.0778-0.0206-0.1066-00.3430.0224-0.10770.3008-0.01870.366-16.4947-49.47862.7238
230.04010.01840.01040.01760.0183-0.0047-0.04860.21680.04240.1202-0.13560.69590.1354-0.2822-0.00090.66380.0479-0.08151.2182-0.1830.9025-35.2015-44.98748.8834
240.12680.03460.07980.1316-0.16320.1034-0.1187-0.3501-0.4592-0.35530.0470.5442-0.0151-0.5392-0.00030.38620.0701-0.08480.568-0.06130.6221-26.9712-55.57777.1765
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 305:349)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 350:422)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 423:464)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 465:470)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 471:498)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 499:637)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 638:700)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 1:4)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain B and resid 5:9)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain B and resid 10:14)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain B and resid 15:18)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain B and resid 19:23)
13X-RAY DIFFRACTION13(chain C and resid 1:5)
14X-RAY DIFFRACTION14(chain C and resid 6:9)
15X-RAY DIFFRACTION15(chain C and resid 10:13)
16X-RAY DIFFRACTION16(chain C and resid 14:18)
17X-RAY DIFFRACTION17(chain C and resid 19:23)
18X-RAY DIFFRACTION18(chain D and resid 304:406)
19X-RAY DIFFRACTION19(chain D and resid 407:464)
20X-RAY DIFFRACTION20(chain D and resid 465:471)
21X-RAY DIFFRACTION21(chain D and resid 472:494)
22X-RAY DIFFRACTION22(chain D and resid 495:652)
23X-RAY DIFFRACTION23(chain D and resid 653:659)
24X-RAY DIFFRACTION24(chain D and resid 660:700)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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