PDB-5hoq: Apo structure of CalS11, TDP-rhamnose 3'-o-methyltransferase, an ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5hoq

タイトル

Apo structure of CalS11, TDP-rhamnose 3'-o-methyltransferase, an enzyme in Calicheamicin biosynthesis

要素

TDP-rhamnose 3'-O-methyltransferase (CalS11)

キーワード

TRANSFERASE / rhamnose methyltransferase Calicheamicin biosynthesis

機能・相同性

Methyltransferase domain / Macrocin-O-methyltransferase / O-methyltransferase activity / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / CalS11

機能・相同性情報

生物種

Micromonospora echinospora (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.793 Å

データ登録者

Han, L. / Helmich, K.E. / Singh, S. / Thorson, J.S. / Bingman, C.A. / Phillips Jr., G.N. / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis

引用

ジャーナル: Struct Dyn. / 年: 2016
タイトル: Loop dynamics of thymidine diphosphate-rhamnose 3'-O-methyltransferase (CalS11), an enzyme in calicheamicin biosynthesis.
著者: Han, L. / Singh, S. / Thorson, J.S. / Phillips, G.N.

履歴

登録	2016年1月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2016年3月30日	ID: 4PWR
改定 1.0	2016年3月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2023年9月27日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI ..._atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5hoq.cif.gz	708.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5hoq.ent.gz	595.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5hoq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5hoq_validation.pdf.gz	476.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5hoq_full_validation.pdf.gz	481.9 KB	表示
XML形式データ	5hoq_validation.xml.gz	60.5 KB	表示
CIF形式データ	5hoq_validation.cif.gz	93.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ho/5hoq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ho/5hoq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4gf5S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4gf5-2 3tos-d 4gf5-1 3fpz-1 3zug-1 3ih5-1 5fo0-1 4y4l-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: TDP-rhamnose 3'-O-methyltransferase (CalS11)

B: TDP-rhamnose 3'-O-methyltransferase (CalS11)

C: TDP-rhamnose 3'-O-methyltransferase (CalS11)

D: TDP-rhamnose 3'-O-methyltransferase (CalS11)

E: TDP-rhamnose 3'-O-methyltransferase (CalS11)

ヘテロ分子

145 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: TDP-rhamnose 3'-O-methyltransferase (CalS11)

B: TDP-rhamnose 3'-O-methyltransferase (CalS11)

C: TDP-rhamnose 3'-O-methyltransferase (CalS11)

D: TDP-rhamnose 3'-O-methyltransferase (CalS11)

E: TDP-rhamnose 3'-O-methyltransferase (CalS11)

ヘテロ分子

A: TDP-rhamnose 3'-O-methyltransferase (CalS11)

B: TDP-rhamnose 3'-O-methyltransferase (CalS11)

C: TDP-rhamnose 3'-O-methyltransferase (CalS11)

D: TDP-rhamnose 3'-O-methyltransferase (CalS11)

E: TDP-rhamnose 3'-O-methyltransferase (CalS11)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
290 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	148.262, 125.142, 107.152
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 125.12, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-786- HOH
2	1	D-733- HOH

#1: タンパク質	TDP-rhamnose 3'-O-methyltransferase (CalS11) 分子量: 28950.844 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Micromonospora echinospora (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8KNF1
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1746 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.2 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1:1 ratio mixture of 16mg/ml protein and reservoir solution (21% PEG3350, 0.1M LiSO4, 0.1M HEPES pH 7.5), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97857 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.793→47.888 Å / Num. obs: 147725 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 7.4 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.1316 / Net I/σ(I): 10.25
反射シェル	解像度: 1.793→1.86 Å / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 1.234 / Mean I/σ(I) obs: 1.39 / % possible all: 90

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2155: ???)	精密化
XDS	20151015	データ削減
XDS	20151015	データスケーリング
PHENIX	1.10_2155	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4GF5

4gf5

解像度: 1.793→47.888 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.06 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1793	7387	5 %
R_work	0.1461	-	-
obs	0.1477	131836	98.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.793→47.888 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9284	0	25	1746	11055

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	9668
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.006	13176
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.598	5808
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.136	1453
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1730

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7932-1.8136	0.3516	321	0.339	6035	X-RAY DIFFRACTION	65
1.8136-1.8349	0.3199	494	0.2939	9423	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8349-1.8573	0.2978	484	0.2809	9252	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8573-1.8808	0.2839	496	0.2684	9388	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8808-1.9056	0.2683	493	0.2581	9425	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9056-1.9317	0.2843	488	0.2366	9243	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9317-1.9593	0.2412	496	0.2257	9384	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9593-1.9885	0.2607	496	0.2229	9389	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9885-2.0196	0.2379	495	0.2059	9368	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0196-2.0527	0.2215	486	0.1904	9337	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0527-2.0881	0.2208	498	0.1852	9365	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0881-2.1261	0.2294	488	0.1834	9324	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1261-2.167	0.1956	496	0.173	9388	X-RAY DIFFRACTION	100
2.167-2.2112	0.2098	491	0.1643	9325	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2112-2.2593	0.1822	488	0.1511	9358	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2593-2.3118	0.1787	499	0.1455	9418	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3118-2.3696	0.1688	491	0.1324	9273	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3696-2.4337	0.1768	485	0.1361	9358	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4337-2.5053	0.178	490	0.1303	9311	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5053-2.5862	0.1776	493	0.1314	9358	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5862-2.6786	0.1774	498	0.1354	9325	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6786-2.7858	0.1683	494	0.1285	9437	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7858-2.9126	0.1606	492	0.1278	9274	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9126-3.0662	0.1923	492	0.1388	9387	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0662-3.2582	0.1655	500	0.1337	9347	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2582-3.5097	0.1834	490	0.1283	9346	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5097-3.8628	0.1553	490	0.1278	9371	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8628-4.4214	0.1419	488	0.1056	9347	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4214-5.5691	0.121	494	0.1013	9344	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5691-47.9053	0.1613	494	0.1462	9324	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7528	-0.1111	-0.1386	0.4187	-0.0756	0.4426	-0.0313	-0.2124	-0.1466	0.0934	0.0119	0.0639	0.1132	-0.0006	0.0092	0.2593	0.0021	0.0166	0.2347	0.0502	0.1636	-8.5584	-54.3451	22.577
2	0.6576	-0.1102	-0.0092	0.4348	0.1572	0.5397	0.0103	-0.2617	0.2531	0.1092	0.0124	-0.1431	-0.0195	0.1388	-0.0421	0.1912	-0.0138	-0.0289	0.2768	-0.1205	0.2291	22.0372	-20.8086	24.5364
3	0.5464	-0.0214	0.0262	0.4324	-0.072	0.4384	0.0474	-0.0407	0.4517	0.0393	0.0215	0.0437	-0.1574	-0.0783	-0.0525	0.233	0.0373	0.0415	0.1734	-0.011	0.5108	-14.1204	1.382	3.0905
4	0.7858	-0.0309	-0.1725	0.5526	0.0226	0.44	-0.0332	-0.1759	-0.1212	0.0851	0.0392	-0.1235	0.094	0.0905	-0.0092	0.1988	0.0512	-0.0153	0.192	0.0277	0.1645	18.7186	-54.9496	12.6917
5	0.6966	-0.0128	-0.0046	0.3487	0.1316	0.3995	0.0413	-0.3418	0.2418	0.1499	0.0147	0.0748	-0.0047	0.0145	-0.0316	0.2435	0.0042	0.0247	0.3217	-0.1304	0.2213	-5.618	-18.9182	32.299

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain E

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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