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万見
- PDB-5hjp: Identification of LXRbeta selective agonists for the treatment of... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hjp
タイトルIdentification of LXRbeta selective agonists for the treatment of Alzheimer's Disease
要素
  • Oxysterols receptor LXR-beta
  • Retinoic acid receptor RXR-beta
キーワードSIGNALING PROTEIN / Agonist / Alzheimer's
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of secretion of lysosomal enzymes / positive regulation of high-density lipoprotein particle assembly / positive regulation of pancreatic juice secretion / phosphatidylcholine acyl-chain remodeling / negative regulation of response to endoplasmic reticulum stress / ventricular cardiac muscle cell differentiation / negative regulation of pinocytosis / maternal placenta development / regulation of lipid storage / positive regulation of triglyceride biosynthetic process ...positive regulation of secretion of lysosomal enzymes / positive regulation of high-density lipoprotein particle assembly / positive regulation of pancreatic juice secretion / phosphatidylcholine acyl-chain remodeling / negative regulation of response to endoplasmic reticulum stress / ventricular cardiac muscle cell differentiation / negative regulation of pinocytosis / maternal placenta development / regulation of lipid storage / positive regulation of triglyceride biosynthetic process / apolipoprotein A-I receptor binding / retinoic acid-responsive element binding / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to triglyceride lipolysis in adipose / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to limit cholesterol uptake / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to gluconeogenesis / positive regulation of lipid storage / positive regulation of fatty acid biosynthetic process / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to lipogenesis / negative regulation of lipid transport / positive regulation of vitamin D receptor signaling pathway / positive regulation of cholesterol transport / negative regulation of cold-induced thermogenesis / Signaling by Retinoic Acid / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of cholesterol storage / nuclear steroid receptor activity / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / positive regulation of cholesterol efflux / cardiac muscle cell proliferation / positive regulation of bone mineralization / nuclear retinoid X receptor binding / retinoic acid receptor signaling pathway / VLDLR internalisation and degradation / intracellular receptor signaling pathway / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / hormone-mediated signaling pathway / cellular response to retinoic acid / negative regulation of proteolysis / cholesterol homeostasis / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / SUMOylation of intracellular receptors / response to nutrient levels / mRNA transcription by RNA polymerase II / chromatin DNA binding / PPARA activates gene expression / Nuclear Receptor transcription pathway / positive regulation of miRNA transcription / negative regulation of inflammatory response / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / nervous system development / ATPase binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / in utero embryonic development / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Liver X receptor / Retinoid X receptor/HNF4 / : / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type ...Liver X receptor / Retinoid X receptor/HNF4 / : / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-668 / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Retinoic acid receptor RXR-beta / Oxysterols receptor LXR-beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Parthasarathy, G. / Klein, D.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: Identification and in Vivo Evaluation of Liver X Receptor beta-Selective Agonists for the Potential Treatment of Alzheimer's Disease.
著者: Stachel, S.J. / Zerbinatti, C. / Rudd, M.T. / Cosden, M. / Suon, S. / Nanda, K.K. / Wessner, K. / DiMuzio, J. / Maxwell, J. / Wu, Z. / Uslaner, J.M. / Michener, M.S. / Szczerba, P. / ...著者: Stachel, S.J. / Zerbinatti, C. / Rudd, M.T. / Cosden, M. / Suon, S. / Nanda, K.K. / Wessner, K. / DiMuzio, J. / Maxwell, J. / Wu, Z. / Uslaner, J.M. / Michener, M.S. / Szczerba, P. / Brnardic, E. / Rada, V. / Kim, Y. / Meissner, R. / Wuelfing, P. / Yuan, Y. / Ballard, J. / Holahan, M. / Klein, D.J. / Lu, J. / Fradera, X. / Parthasarathy, G. / Uebele, V.N. / Chen, Z. / Li, Y. / Li, J. / Cooke, A.J. / Bennett, D.J. / Bilodeau, M.T. / Renger, J.
履歴
登録2016年1月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月20日Group: Database references
改定 1.22016年4月27日Group: Database references
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Retinoic acid receptor RXR-beta
B: Oxysterols receptor LXR-beta
C: Retinoic acid receptor RXR-beta
D: Oxysterols receptor LXR-beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,2798
ポリマ－116,0314
非ポリマー1,2484
水82946
1
A: Retinoic acid receptor RXR-beta
B: Oxysterols receptor LXR-beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,6404
ポリマ－58,0162
非ポリマー6242
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2020 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area21940 Å2
手法PISA
2
C: Retinoic acid receptor RXR-beta
D: Oxysterols receptor LXR-beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,6404
ポリマ－58,0162
非ポリマー6242
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1880 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area20640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.770, 106.028, 139.818
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Retinoic acid receptor RXR-beta / Nuclear receptor subfamily 2 group B member 2 / Retinoid X receptor beta


分子量: 28047.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RXRB, NR2B2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P28702
#2: タンパク質 Oxysterols receptor LXR-beta / Liver X receptor beta / Nuclear receptor NER / Nuclear receptor subfamily 1 group H member 2 / ...Liver X receptor beta / Nuclear receptor NER / Nuclear receptor subfamily 1 group H member 2 / Ubiquitously-expressed nuclear receptor


分子量: 29968.295 Da / 分子数: 2 / Mutation: Q258A,R260G,D261S,R263S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR1H2, LXRB, NER, UNR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P55055
#3: 化合物 ChemComp-668 / 2-chloro-4-{1'-[(2R)-2-hydroxy-3-methyl-2-(trifluoromethyl)butanoyl]-4,4'-bipiperidin-1-yl}-N,N-dimethylbenzamide / N,N-ジメチル-4-[1′-[(R)-2-ヒドロキシ-2-(トリフルオロメチル)-3-メチルブチリル]-4,4′-ビ(以下略)


分子量: 518.012 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H35ClF3N3O3
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 16% to 22% PEG3350, 0.2M K-Na Tartrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 30577 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 3.7 % / Net I/σ(I): 16.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
BUSTER-TNTBUSTER 2.11.5精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.6→35.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9165 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.875 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.366
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2826 1525 5.06 %RANDOM
Rwork0.2358 ---
obs0.2381 30141 96.41 %-
原子変位パラメータBiso max: 98.51 Å2 / Biso mean: 45.38 Å2 / Biso min: 20.78 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.0396 Å20 Å20 Å2
2--0.7196 Å20 Å2
3---0.3199 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.418 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→35.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7549 0 84 46 7679
Biso mean--47.47 32.79 -
残基数----941
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2821SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes193HARMONIC8
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1127HARMONIC8
X-RAY DIFFRACTIONt_it7775HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion999SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact9163SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d7775HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg10502HARMONIC21.09
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion1.75
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.8
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / Total num. of bins used: 15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3462 147 5.03 %
Rwork0.282 2774 -
all0.2852 2921 -
obs--96.41 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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