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- PDB-5hez: JAK2 kinase (JH1 domain) mutant P1057A in complex with TG101209 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hez
タイトルJAK2 kinase (JH1 domain) mutant P1057A in complex with TG101209
要素Tyrosine-protein kinase JAK2
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / protein kinase / inhibitor / mutation / TYK2 / surrogate / P1104A / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-35-mediated signaling pathway / nuclear receptor-mediated mineralocorticoid signaling pathway / histone H3Y41 kinase activity / symbiont-induced defense-related programmed cell death / regulation of postsynapse to nucleus signaling pathway / positive regulation of growth hormone receptor signaling pathway / positive regulation of growth factor dependent skeletal muscle satellite cell proliferation / mammary gland epithelium development / granulocyte macrophage colony-stimulating factor receptor complex / granulocyte-macrophage colony-stimulating factor signaling pathway ...interleukin-35-mediated signaling pathway / nuclear receptor-mediated mineralocorticoid signaling pathway / histone H3Y41 kinase activity / symbiont-induced defense-related programmed cell death / regulation of postsynapse to nucleus signaling pathway / positive regulation of growth hormone receptor signaling pathway / positive regulation of growth factor dependent skeletal muscle satellite cell proliferation / mammary gland epithelium development / granulocyte macrophage colony-stimulating factor receptor complex / granulocyte-macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / thrombopoietin-mediated signaling pathway / Signaling by Erythropoietin / collagen-activated signaling pathway / interleukin-12 receptor binding / Erythropoietin activates STAT5 / interleukin-5-mediated signaling pathway / activation of Janus kinase activity / response to interleukin-12 / Erythropoietin activates Phospholipase C gamma (PLCG) / positive regulation of leukocyte proliferation / type 1 angiotensin receptor binding / post-embryonic hemopoiesis / interleukin-12 receptor complex / erythropoietin-mediated signaling pathway / interleukin-23 receptor complex / interleukin-23-mediated signaling pathway / Interleukin-23 signaling / positive regulation of T-helper 17 type immune response / positive regulation of MHC class II biosynthetic process / interleukin-12-mediated signaling pathway / positive regulation of NK T cell proliferation / acetylcholine receptor binding / positive regulation of platelet activation / cellular response to interleukin-3 / interleukin-3-mediated signaling pathway / positive regulation of platelet aggregation / Signaling by Leptin / Interleukin-12 signaling / positive regulation of epithelial cell apoptotic process / IL-6-type cytokine receptor ligand interactions / Interleukin-27 signaling / Interleukin-35 Signalling / regulation of nitric oxide biosynthetic process / growth hormone receptor binding / positive regulation of cell-substrate adhesion / axon regeneration / response to hydroperoxide / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / growth hormone receptor signaling pathway / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / negative regulation of cell-cell adhesion / extrinsic component of plasma membrane / IFNG signaling activates MAPKs / Interleukin-20 family signaling / Interleukin-6 signaling / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / peptide hormone receptor binding / interleukin-6-mediated signaling pathway / enzyme-linked receptor protein signaling pathway / MAPK3 (ERK1) activation / response to amine / Prolactin receptor signaling / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / MAPK1 (ERK2) activation / mesoderm development / positive regulation of interleukin-17 production / positive regulation of natural killer cell proliferation / response to tumor necrosis factor / signaling receptor activator activity / insulin receptor substrate binding / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / positive regulation of SMAD protein signal transduction / growth hormone receptor signaling pathway via JAK-STAT / Interleukin receptor SHC signaling / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / cellular response to dexamethasone stimulus / type II interferon-mediated signaling pathway / Regulation of IFNG signaling / Growth hormone receptor signaling / Erythropoietin activates RAS / phosphatidylinositol 3-kinase binding / Signaling by CSF3 (G-CSF) / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / extrinsic apoptotic signaling pathway / actin filament polymerization / positive regulation of T cell proliferation / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / SH2 domain binding / post-translational protein modification / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / positive regulation of apoptotic signaling pathway / positive regulation of interleukin-1 beta production / erythrocyte differentiation / endosome lumen / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak2 / Janus kinase 2, pseudokinase domain / Janus kinase 2, catalytic domain / Tyrosine-protein kinase JAK2, SH2 domain / JAK2, FERM domain C-lobe / Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak/Tyk2 / JAK, FERM F2 lobe domain / FERM F1 lobe ubiquitin-like domain / JAK1-3/TYK2, pleckstrin homology-like domain / : ...Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak2 / Janus kinase 2, pseudokinase domain / Janus kinase 2, catalytic domain / Tyrosine-protein kinase JAK2, SH2 domain / JAK2, FERM domain C-lobe / Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak/Tyk2 / JAK, FERM F2 lobe domain / FERM F1 lobe ubiquitin-like domain / JAK1-3/TYK2, pleckstrin homology-like domain / : / Jak1 pleckstrin homology-like domain / FERM F2 acyl-CoA binding protein-like domain / FERM F1 ubiquitin-like domain / SH2 domain / FERM central domain / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / PH-like domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1M3 / Tyrosine-protein kinase JAK2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.66 Å
データ登録者Ultsch, M. / Eigenbrot, C.
引用ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2016
タイトル: Resolving TYK2 locus genotype-to-phenotype differences in autoimmunity.
著者: Dendrou, C.A. / Cortes, A. / Shipman, L. / Evans, H.G. / Attfield, K.E. / Jostins, L. / Barber, T. / Kaur, G. / Kuttikkatte, S.B. / Leach, O.A. / Desel, C. / Faergeman, S.L. / Cheeseman, J. / ...著者: Dendrou, C.A. / Cortes, A. / Shipman, L. / Evans, H.G. / Attfield, K.E. / Jostins, L. / Barber, T. / Kaur, G. / Kuttikkatte, S.B. / Leach, O.A. / Desel, C. / Faergeman, S.L. / Cheeseman, J. / Neville, M.J. / Sawcer, S. / Compston, A. / Johnson, A.R. / Everett, C. / Bell, J.I. / Karpe, F. / Ultsch, M. / Eigenbrot, C. / McVean, G. / Fugger, L.
履歴
登録2016年1月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月16日Group: Derived calculations
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein kinase JAK2
B: Tyrosine-protein kinase JAK2
C: Tyrosine-protein kinase JAK2
D: Tyrosine-protein kinase JAK2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,15517
ポリマ－141,8414
非ポリマー4,31513
水1,982110
1
A: Tyrosine-protein kinase JAK2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,5805
ポリマ－35,4601
非ポリマー1,1204
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Tyrosine-protein kinase JAK2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,5805
ポリマ－35,4601
非ポリマー1,1204
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Tyrosine-protein kinase JAK2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4803
ポリマ－35,4601
非ポリマー1,0192
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Tyrosine-protein kinase JAK2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,5154
ポリマ－35,4601
非ポリマー1,0553
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
A: Tyrosine-protein kinase JAK2
B: Tyrosine-protein kinase JAK2
C: Tyrosine-protein kinase JAK2
D: Tyrosine-protein kinase JAK2
ヘテロ分子

A: Tyrosine-protein kinase JAK2
B: Tyrosine-protein kinase JAK2
C: Tyrosine-protein kinase JAK2
D: Tyrosine-protein kinase JAK2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)292,31134
ポリマ－283,6828
非ポリマー8,62926
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_445-x-1/2,-y-1/2,z1
Buried area27000 Å2
ΔGint-261 kcal/mol
Surface area96990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)211.813, 215.649, 91.497
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number21
Space group name H-MC222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-1317-

HOH

21D-1309-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Tyrosine-protein kinase JAK2 / Janus kinase 2 / JAK-2


分子量: 35460.219 Da / 分子数: 4 / 変異: P1057A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: JAK2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O60674, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-1M3 / N-tert-butyl-3-[(5-methyl-2-{[4-(4-methylpiperazin-1-yl)phenyl]amino}pyrimidin-4-yl)amino]benzenesulfonamide


分子量: 509.667 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H35N7O2S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.6 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 1.9 M sodium malonate, 10 mM ZnCl2

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月8日
放射モノクロメーター: diamond (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.66→27 Å / Num. obs: 60222 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 67.8 Å2 / Rsym value: 0.151 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 2.66→2.755 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.959 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.5精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4JI9

4ji9


解像度: 2.66→26.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.917 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9105 / SU R Cruickshank DPI: 0.407 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.391 / SU Rfree Blow DPI: 0.253 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.259
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2384 2987 4.96 %RANDOM
Rwork0.2169 ---
obs0.2179 60222 99.64 %-
原子変位パラメータBiso mean: 67.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.8263 Å20 Å20 Å2
2---3.6018 Å20 Å2
3---2.7756 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.412 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.66→26.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9493 0 293 110 9896
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00910136HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.113690HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3640SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes284HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1408HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it10136HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.63
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.29
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1195SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact11185SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.66→2.73 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3104 214 4.98 %
Rwork0.2539 4082 -
all0.2565 4296 -
obs--99.64 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.17121.1681-0.60220.0211-0.80962.28360.0555-0.0549-0.10430.1654-0.0224-0.06560.2359-0.0265-0.0331-0.0085-0.0152-0.0854-0.1389-0.04310.0919-33.8088-64.327333.4886
24.05110.84240.04292.15070.12791.75910.0236-0.0157-0.03410.1061-0.14520.1710.1614-0.01430.1217-0.11370.0506-0.0613-0.0879-0.0177-0.0793-18.5494-55.63936.4058
31.5138-0.13650.6710.9916-0.78232.02730.01160.0490.2731-0.06620.0287-0.1793-0.4047-0.0932-0.0403-0.07740.0327-0.0236-0.0106-0.0003-0.017-10.344-41.220733.9487
42.02180.79790.02070.94120.33942.22940.013-0.0721-0.1585-0.00070.0805-0.16250.05470.2584-0.0935-0.08830.03850.0004-0.1356-0.02630.1391-42.1359-33.852734.9808
52.3915-0.93980.11793.7198-0.54271.42450.0479-0.054-0.2821-0.0138-0.08820.0803-0.15480.1470.0403-0.0845-0.02260.0093-0.163-0.069-0.043-50.8268-18.85137.0044
61.19720.81660.65231.04-0.0852.03560.040.08150.2033-0.0212-0.00910.19660.0707-0.2899-0.0310.0270.0205-0.0239-0.0784-0.07250.0015-65.7407-10.670434.1476
72.368-0.5550.54590.09450.03382.34360.00940.04250.11050.09370.0181-0.0244-0.1526-0.2341-0.0275-0.08060.0180.0217-0.1019-0.01790.1039-44.002-34.03633.9405
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104.54261.1611-0.72683.66161.79312.43240.013-0.0056-0.27880.0480.08560.080.2243-0.1504-0.0987-0.11510.00310.0091-0.14180.06140.0735-73.7777-44.16272.4148
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122.10750.00980.88054.9695-0.09384.6557-0.0009-0.10610.0559-0.4340.04430.1859-0.35990.2702-0.04350.01720.0655-0.0574-0.2947-0.0031-0.0807-68.864-11.59933.6298
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|842 - A|903 }A842 - 903
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|904 - A|1032 A|1204 - A|1204 }A904 - 1032
3X-RAY DIFFRACTION2{ A|904 - A|1032 A|1204 - A|1204 }A1204
4X-RAY DIFFRACTION3{ A|1033 - A|1132 A|1203 - A|1203 }A1033 - 1132
5X-RAY DIFFRACTION3{ A|1033 - A|1132 A|1203 - A|1203 }A1203
6X-RAY DIFFRACTION4{ B|842 - B|903 }B842 - 903
7X-RAY DIFFRACTION5{ B|904 - B|1032 B|1203 - B|1203 }B904 - 1032
8X-RAY DIFFRACTION5{ B|904 - B|1032 B|1203 - B|1203 }B1203
9X-RAY DIFFRACTION6{ B|1033 - B|1132 B|1202 - B|1202 }B1033 - 1132
10X-RAY DIFFRACTION6{ B|1033 - B|1132 B|1202 - B|1202 }B1202
11X-RAY DIFFRACTION7{ C|842 - C|903 }C842 - 903
12X-RAY DIFFRACTION8{ C|904 - C|1032 C|1201 - C|1201 }C904 - 1032
13X-RAY DIFFRACTION8{ C|904 - C|1032 C|1201 - C|1201 }C1201
14X-RAY DIFFRACTION9{ C|1033 - C|1132 C|1202 - C|1202 }C1033 - 1132
15X-RAY DIFFRACTION9{ C|1033 - C|1132 C|1202 - C|1202 }C1202
16X-RAY DIFFRACTION10{ D|842 - D|903 }D842 - 903
17X-RAY DIFFRACTION11{ D|904 - D|1032 D|1203 - D|1203 }D904 - 1032
18X-RAY DIFFRACTION11{ D|904 - D|1032 D|1203 - D|1203 }D1203
19X-RAY DIFFRACTION12{ D|1033 - D|1132 D|1202 - D|1202 }D1033 - 1132
20X-RAY DIFFRACTION12{ D|1033 - D|1132 D|1202 - D|1202 }D1202

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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