[日本語] English
万見
- PDB-5he7: BACE-1 in complex with (4aR,7aS)-7a-(2,4-difluorophenyl)-6-(5-flu... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5he7
タイトルBACE-1 in complex with (4aR,7aS)-7a-(2,4-difluorophenyl)-6-(5-fluoro-4-methoxy-6-methylpyrimidin-2-yl)-2-imino-3-methyloctahydro-4H-pyrrolo[3,4-d]pyrimidin-4-one
要素Beta-secretase 1
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / ALZHEIMER'S / ASPARTYL PROTEASE / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


memapsin 2 / Golgi-associated vesicle lumen / beta-aspartyl-peptidase activity / signaling receptor ligand precursor processing / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / amyloid-beta metabolic process / cellular response to manganese ion / prepulse inhibition ...memapsin 2 / Golgi-associated vesicle lumen / beta-aspartyl-peptidase activity / signaling receptor ligand precursor processing / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / amyloid-beta metabolic process / cellular response to manganese ion / prepulse inhibition / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / cellular response to copper ion / protein serine/threonine kinase binding / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / multivesicular body / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / trans-Golgi network / response to lead ion / protein processing / recycling endosome / cellular response to amyloid-beta / positive regulation of neuron apoptotic process / late endosome / synaptic vesicle / peptidase activity / amyloid-beta binding / endopeptidase activity / amyloid fibril formation / aspartic-type endopeptidase activity / early endosome / lysosome / endosome / endosome membrane / membrane raft / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / axon / neuronal cell body / dendrite / enzyme binding / cell surface / Golgi apparatus / proteolysis / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Beta-secretase BACE1 / Beta-secretase BACE / Memapsin-like / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site ...Beta-secretase BACE1 / Beta-secretase BACE / Memapsin-like / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-60X / Beta-secretase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.71 Å
データ登録者Orth, P.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: Structure-Based Design of an Iminoheterocyclic beta-Site Amyloid Precursor Protein Cleaving Enzyme (BACE) Inhibitor that Lowers Central A beta in Nonhuman Primates.
著者: Mandal, M. / Wu, Y. / Misiaszek, J. / Li, G. / Buevich, A. / Caldwell, J.P. / Liu, X. / Mazzola, R.D. / Orth, P. / Strickland, C. / Voigt, J. / Wang, H. / Zhu, Z. / Chen, X. / Grzelak, M. / ...著者: Mandal, M. / Wu, Y. / Misiaszek, J. / Li, G. / Buevich, A. / Caldwell, J.P. / Liu, X. / Mazzola, R.D. / Orth, P. / Strickland, C. / Voigt, J. / Wang, H. / Zhu, Z. / Chen, X. / Grzelak, M. / Hyde, L.A. / Kuvelkar, R. / Leach, P.T. / Terracina, G. / Zhang, L. / Zhang, Q. / Michener, M.S. / Smith, B. / Cox, K. / Grotz, D. / Favreau, L. / Mitra, K. / Kazakevich, I. / McKittrick, B.A. / Greenlee, W. / Kennedy, M.E. / Parker, E.M. / Cumming, J.N. / Stamford, A.W.
履歴
登録2016年1月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月27日Group: Database references
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Beta-secretase 1
B: Beta-secretase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,3414
ポリマ－92,5002
非ポリマー8412
水16,268903
1
A: Beta-secretase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,6702
ポリマ－46,2501
非ポリマー4201
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Beta-secretase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,6702
ポリマ－46,2501
非ポリマー4201
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.530, 89.270, 131.360
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Beta-secretase 1 / Aspartyl protease 2 / Asp 2 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Beta-site APP ...Aspartyl protease 2 / Asp 2 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Beta-site APP cleaving enzyme 1 / Memapsin-2 / Membrane-associated aspartic protease 2


分子量: 46249.926 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 41-454 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BACE1, BACE, KIAA1149 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56817, memapsin 2
#2: 化合物 ChemComp-60X / (2E,4aR,7aS)-7a-(2,4-difluorophenyl)-6-(5-fluoro-4-methoxy-6-methylpyrimidin-2-yl)-2-imino-3-methyloctahydro-4H-pyrrolo[3,4-d]pyrimidin-4-one / 1,2,3,4,4aβ,5,7,7aβ-オクタヒドロ-2-イミノ-3-メチル-4-オキソ-6-(4-メチル-6-メトキ(以下略)


分子量: 420.388 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H19F3N6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 903 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.32 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 15% PEG 3350, 200mM Na/K tartrate, 100mM Hepes

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.71→20 Å / Num. obs: 106943 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Χ2: 1 / Net I/av σ(I): 17.355 / Net I/σ(I): 12 / Num. measured all: 542173
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.71-1.745.10.552351241194.2
1.74-1.775.10.4713.351511.00194.4
1.77-1.815.10.4023.95181194.8
1.81-1.845.10.3344.451501.00395
1.84-1.885.10.2944.652051.00195.2
1.88-1.935.10.2485.35243195.6
1.93-1.975.10.1946.45220196
1.97-2.035.10.177.15254196
2.03-2.095.10.1437.95287196.5
2.09-2.155.10.1318.45316196.7
2.15-2.235.10.1189.15322197.1
2.23-2.325.10.1079.95336197.4
2.32-2.435.10.09810.55368197.6
2.43-2.555.10.09110.95429198
2.55-2.715.10.07712.45408198.3
2.71-2.925.10.065145447198.5
2.92-3.215.10.05415.45509199
3.21-3.685.10.04319.35541199.3
3.68-4.6250.03423.55621199.5
4.62-204.90.03222.95831199.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
DENZOデータ削減
BUSTER2.11.6精密化
AMoRE位相決定
精密化解像度: 1.71→19.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9557 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9487 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2163 4274 4 %RANDOM
Rwork0.1895 ---
obs0.1905 106848 96.91 %-
原子変位パラメータBiso max: 107.32 Å2 / Biso mean: 21.4985 Å2 / Biso min: 8.37 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.8036 Å20 Å20 Å2
2---4.7276 Å20 Å2
3---0.9239 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.215 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.71→19.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6023 0 60 903 6986
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2073SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes142HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes959HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6252HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion795SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8025SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d6252HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg8521HARMONIC21.01
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.3
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.62
LS精密化 シェル解像度: 1.71→1.75 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2558 279 3.69 %
Rwork0.2209 7275 -
all0.2222 7554 -
obs--93.66 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る