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万見
- PDB-5hde: Crystal Structure of PTPN12 Catalytic Domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hde
タイトルCrystal Structure of PTPN12 Catalytic Domain
要素Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 12
キーワードHYDROLASE / PTPN12 / PTP / protein tyrosine phosphatase / dephosphorylation
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of platelet-derived growth factor receptor-beta signaling pathway / negative regulation of ERBB signaling pathway / regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / tissue regeneration / Signaling by PDGF / Interleukin-37 signaling / podosome / phosphoprotein phosphatase activity / non-membrane spanning protein tyrosine phosphatase activity / peptidyl-tyrosine dephosphorylation ...negative regulation of platelet-derived growth factor receptor-beta signaling pathway / negative regulation of ERBB signaling pathway / regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / tissue regeneration / Signaling by PDGF / Interleukin-37 signaling / podosome / phosphoprotein phosphatase activity / non-membrane spanning protein tyrosine phosphatase activity / peptidyl-tyrosine dephosphorylation / cellular response to epidermal growth factor stimulus / SHC1 events in ERBB2 signaling / Constitutive Signaling by Overexpressed ERBB2 / protein dephosphorylation / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / cell projection / EGFR downregulation / Downregulation of ERBB2 signaling / SH3 domain binding / focal adhesion / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Protein-tyrosine phosphatase, non-receptor type-12 / : / : / Protein tyrosine phosphatase superfamily / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain / PTP type protein phosphatase domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase / Tyrosine-specific protein phosphatase, PTPase domain / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic ...Protein-tyrosine phosphatase, non-receptor type-12 / : / : / Protein tyrosine phosphatase superfamily / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain / PTP type protein phosphatase domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase / Tyrosine-specific protein phosphatase, PTPase domain / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase-like / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 12
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.62 Å
データ登録者Dong, H. / Li, S. / Shi, J.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
the National Natural Science Foundation of China31300601 中国
the PUMC Youth Fund33320140186 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of PTPN12 Catalytic Domain
著者: Dong, H. / Shi, J. / Li, J. / Li, S.
履歴
登録2016年1月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.22017年10月11日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _diffrn_source.source
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4982
ポリマ－36,4031
非ポリマー951
水6,377354
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area14080 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)136.010, 40.967, 75.686
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.63, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 12 / PTP-PEST / Protein-tyrosine phosphatase G1 / PTPG1


分子量: 36403.492 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 1-301 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTPN12 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q05209, protein-tyrosine-phosphatase
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 354 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.41 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.04M potassium phosphate, 16% w/v PEG 8000, 20% v/v glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.62→50 Å / Num. obs: 47713 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.1 % / Net I/σ(I): 37.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0124精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2QCJ

2qcj


解像度: 1.62→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 4.176 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.104 / ESU R Free: 0.088 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21265 2364 5 %RANDOM
Rwork0.16421 ---
obs0.16659 45347 99.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.591 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.21 Å20 Å2-1.1 Å2
2--1.36 Å2-0 Å2
3----0.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.62→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2510 0 5 354 2869
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0192593
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4591.9513509
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3595305
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.28123.504137
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.4315465
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.6181522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2366
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211996
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9911.5171208
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4572.2721511
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5661.8271383
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.41615.0364459
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.68432591
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free28.796588
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded20.35352795
LS精密化 シェル解像度: 1.62→1.662 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.31 187 -
Rwork0.235 3242 -
obs--97.55 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 11.0853 Å / Origin y: 0.9782 Å / Origin z: 12.9253 Å
111213212223313233
T0.0015 Å20.0025 Å20.0045 Å2-0.0428 Å2-0.0078 Å2--0.0684 Å2
L0.0784 °20.0099 °20.0467 °2-0.1183 °2-0.068 °2--0.1042 °2
S0.0015 Å °-0.0083 Å °-0.0053 Å °0.0038 Å °0.0078 Å °0.0017 Å °-0.0073 Å °-0.0272 Å °-0.0093 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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